Геоданные гербария МГУ: структура данных и методика геопривязки

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Оцифровка Гербария Московского университета (MW) была начата весной 2015 г., с октября 2016 г. мы стали размещать изображения образцов в открытый доступ на портале Цифрового гербария МГУ (https://plant.depo.msu.ru/). Постепенно на нашем портале стали появляться и расширенные метаданные: полные расшифровки текста этикеток и геопривязки, т.е. значения координат места сбора каждого образца. На 14.01.2023 две трети образцов Гербария МГУ (693168 штук, или 66%) имеют электронные метки на карте, в то время как 359593 образца их пока не имеют. В статье дана характеристика массива геоданных Гербария Московского университета как в географическом аспекте (покрытие геоданных для разных регионов), так и в аспекте точности геопривязок. Приведены общие методические указания по геопривязке гербарных коллекций.

Об авторах

А. П. Серёгин

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова

Автор, ответственный за переписку.
Email: botanik.seregin@gmail.com
Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1

В. Н. Пашкина

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова

Email: botanik.seregin@gmail.com
Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1

И. Н. Поспелов

Институт проблем экологии и эволюции имени А.Н. Северцова РАН

Email: botanik.seregin@gmail.com
Россия, 119071, Москва, Ленинский пр.,

Список литературы

  1. [Belov] Белов М.И. 1959а. История открытия и освоения Северного Морского пути. Т. 3. Советское арктическое мореплавание 1917–1932 гг. Л. 511 с.
  2. [Belov] Белов. М.И. 1959b. История открытия и освоения Северного Морского пути. Т. 4. Научное и хозяйственное освоение Советского Севера. 1933–1945 гг. Л. 616 с.
  3. Bijmoer R., Scherrenberg M., Creuwels J. 2023. Naturalis Biodiversity Center (NL) – Botany. Naturalis Biodiversity Center. Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/ib5ypt accessed via GBIF.org on 2023-01-31.
  4. Catalogue of Life. 2023. https://www.catalogueoflife.org/
  5. Chapman A.D., Wieczorek J.R. 2020. Georeferencing best practices. Version 1.0. Copenhagen, Denmark, GBIF Secretariat. 112 p. https://doi.org/10.15468/doc-gg7h-s853
  6. Drinkwater R.E., Cubey R.W., Haston E.M. 2014. The use of Optical Character Recognition (OCR) in the digitisation of herbarium specimen labels. – PhytoKeys. 19(38): 15–30.
  7. EtoMesto.ru. 2023. http://www.etomesto.ru/
  8. [Glinka et al.] Глинка Г.В., Тхоржевский И.И., Цветков М.А. 1914. Атлас Азиатской России. Издание переселенческого управления главного управления землеустройства и земледелия. СПб. 71 с. http://kartolog.ru/2009/09/atlas-aziatskoj-rossii-1914-g/?ysclid=ld1jlbtnsj906089553
  9. Global Biodiversity Information Facility. 2023. https://www.gbif.org/
  10. Güntsch A., Groom Q., Ernst M., Holetschek J., Plank A., Röpert D., Fichtmüller D., Shorthouse D.P., Hyam R., Dillen M., Trekels M., Haston E., Rainer H. 2021. A botanical demonstration of the potential of linking data using unique identifiers for people. – PLoS ONE. 16(12): e0261130. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0261130
  11. Le Bras G., Pignal M., Jeanson M.L., Muller S., Aupic C., Carré B., Flament G., Gaudeul M., Gonçalves C., Invernón V.R., Jabbour F., Lerat E., Lowry P.P., Offroy B., Pimparé E.P., Poncy O., Rouhan G., Haevermans T. 2017. The French Muséum national d’histoire naturelle vascular plant herbarium collection dataset. – Scientific Data. 4(1): 1–16.
  12. Marcer A., Groom Q., Haston E., Uribe F. 2021. Natural History collections: georeferencing survey report: current georeferencing practices across institutions worldwide. – Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.4644529
  13. Marshruty.ru 2023. https://maps.marshruty.ru/
  14. Nelson G., Paul D., Riccardi G., Mast A.R. 2012. Five task clusters that enable efficient and effective digitization of biological collections. – ZooKeys. 209: 19–45. https://doi.org/10.3897/zookeys.209.3135
  15. [OOPT] ООПТ России. 2023. http://www.oopt.aari.ru/
  16. [Pomogator…] Помогатор Цифрового гербария МГУ. 2023.
  17. https://plant.depo.msu.ru/pomogator
  18. Pospelov I.N. 2018. The experience of geographical fixing Central Siberia herbarium collections from the Moscow State University (MW) collection. – In: Abstracts of the conference “Information Technologies in the Research of Biodiversity” (BIT–2018). Irkutsk. P. 105–106.
  19. [Pospelov] Поспелов И.Н. 2020. Уровни географической локализации пространственных данных в информационных ресурсах о биологическом разнообразии. – В кн.: Информационные технологии в исследовании биоразнообразия: материалы III Национальной науч. конф. с междунар. участием, посвященной 100-летию со дня рождения академика РАН П.Л. Горчаковского. – Екатеринбург. С. 448–451.
  20. [Pospelov, Pospelova] Поспелов И.Н., Поспелова Е.Б. 2019. О возможностях исследования флористического разнообразия на основании анализа гербарных сборов (Цифровой гербарий MW). – В кн.: Ботанико-географические исследования. Камелинские чтения: сб. науч. тр. Пермь. С. 134–138.
  21. Ramirez J., Watson K., McMillin L., Gjieli E., Sessa E. 2022. The New York Botanical Garden Herbarium (NY). Version 1.56. The New York Botanical Garden. Occurrence dataset accessed via GBIF.org on 2023-01-31.https://doi.org/10.15468/6e8nje
  22. Ranwashe F. et al. 2022. Botanical Database of Southern Africa (BODATSA): Botanical Collections. Version 1.16. South African National Biodiversity Institute. Occurrence dataset accessed via GBIF.org on 2023-01-31.https://doi.org/10.15468/2aki0q
  23. RetroMap. 2023. RetroMap: Старые карты России и зарубежья. http://retromap.ru/
  24. [Rodnaya…] Родная Вятка. 2023. http://rodnaya-vyatka.ru/
  25. [Seregin] Серегин А.П. 2017. Гербарий Московского университета (MW) сегодня: фонды, онлайн доступ и научная работа. – Бот. журн. 102 (3): 281–308.
  26. Seregin A.P. 2018. The largest digital herbarium in Russia is now available online! – Taxon. 67 (2): 463–467. https://doi.org/10.12705/672.34
  27. Seregin A.P. 2020. Moscow Digital Herbarium: a consortium since 2019 – Taxon. 67 (2): 417–419. https://doi.org/10.1002/TAX.12228
  28. [Seregin] Серегин А.П. 2022. Инструкция по геопривязке образцов Гербария Московского университета (MW). Вариант “Монголия”. Версия 1.0. М. https://doi.org/10.13140/RG.2.2.14879.84645
  29. Seregin A. 2023a. Moscow University Herbarium (MW). Version 1.265. Lomonosov Moscow State University. Occurrence dataset accessed via GBIF.org on 2023-01-31.https://doi.org/10.15468/cpnhcc
  30. Seregin A.P. (Ed.). 2023b. Moscow Digital Herbarium: Electronic resource. Moscow State University, Moscow. https://plant.depo.msu.ru/
  31. Thiers B.M. 2023. Index Herbariorum. https://sweetgum.nybg.org/science/ih/
  32. [Tupitsyna et al.] Тупицына Н.Н., Шауло Д.Н., Гуреева И.И. 2016. Обзор флористических исследований Средней Сибири. Красноярск. 253 с. https://doi.org/10.17223/9785946216371/33 (https://vital.lib.tsu.ru/vital/access/services/Download/vtls:000617746/SOURCE1)
  33. Teisher J., Stimmel H. 2022. Tropicos Specimen Data. Missouri Botanical Garden. Occurrence dataset accessed via GBIF.org on 2023-01-31https://doi.org/10.15468/hja69f
  34. Wittzell H., Shah M. 2022. Lund Botanical Museum (LD). Lund Botanical Museum (LD). Occurrence dataset accessed via GBIF.org on 2023-01-31https://doi.org/10.15468/c4w4co
  35. [Yandex] Яндекс.Карты. 2023. https://yandex.ru/maps/

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© А.П. Серёгин, В.Н. Пашкина, И.Н. Поспелов, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».