2'-O-Methyl Oligoribonucleotide Analogs Used to Change the Temperature Characteristics of Immobilized Probes and to Enhance the Specificity of Hybridization


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

The specificity of interactions between oligonucleotide probes immobilized in a biological microchip (biochip) and target DNA depends on a number of factors, with the main roles being played by the probe length and nucleotide sequence (GC composition primarily). The 2'-O-methyl oligoribonucleotides are known to form more stable duplexes with complementary DNA compared with 2'-deoxyribonucleotide probes. The study tested the possibility of using 2'-O-methyl oligoribonucleotides to increase the specificity of interactions between target DNA and probes immobilized in a biochip. Fluorophore-labeled target DNA was obtained via one-round asymmetric PCR with simultaneous incorporation of a fluorescent label in the PCR product. After hybridization with immobilized probes, fluorescent signals from gel pads with 2'-O-methyl oligoribonucleotide probes were, on average, two times higher than from those with 2'-deoxyribonucleotide probes, with the target DNA sequences and probe concentrations being the same. The increase in fluorescence intensity was greater in the case of perfect versus imperfect (mismatched) duplexes.

Об авторах

A. Ikonnikova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

S. Surzhikov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

V. Pozhitnova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

A. Zasedatelev

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

T. Nasedkina

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Автор, ответственный за переписку.
Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Inc., 2018

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».