Conformational particularities of beta-amyloid peptide 25-35

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

In Alzheimer's disease, beta-amyloid peptide (Ав) plays an important role in the mechanism of neurodegeneration. A small fragment of Лв(25-35) (with the sequence GSNKGAIIGLLM) is regarded to be the functional domain of Лв, responsible for its neurotoxic properties and represents the biological active region of Лв. Conformational analysis of each C-terminal segment of the peptide by the method of molecular mechanics revealed a limited number of most probable conformations and quite clearly helped to clarify what forces stabilize the structures. The obtained results showed that Лв(25-35) energetically has a propensity for adopting alpha-helix conformation of the C-terminal octapeptide segment. A molecular dynamics method was used to build a model of intramolecular mobility in the Лв(25-35) molecule. It was demonstrated that in low-energy conformations, Лв(25-35), the orientation of flexible structures of the N-terminal region with respect to the structures of the C-terminal region is different.

作者简介

G. Agaeva

Baku State University

Email: gulshen@mail.ru
Baku, Azerbaijan

G. Najafova

French-Azerbaijani University

Baku, Azerbaijan

参考

  1. L. N. Zhao, L. Lu, L. Y. Chew, and Y. Mu, Int. J. Mol. Sci., 15, 12631 (2014).
  2. E. Cerf, R. Sarroukh, S. Tamamizu-Kato, et al., Biochem. J., 421, 415 (2009).
  3. R. Sultana, H. F. Poon, J. Cai, et al., Neurobiol. Dis., 22, 76 (2006).
  4. T. Kohno, K. Kobayashi, T. Maeda, et al., Biochemistry, 35, 16094 (1996).
  5. M. Coles, W. Bicknell, A. A. Watson, et al., Biochemistry, 37, 11064 (1998).
  6. O. M. A. El-Agnaf, G. B. Irvine, G. Fitzpatrick, et al., Biochem. J., 336 (Pt 2), 419 (1998)
  7. G. Shanmugam and R. Jayakumar, Biopolymers, 33, 421 (2004).
  8. G. Shanmugam, P. L. Polavarapu, Biophys. J., 87, 622 (2004).
  9. A. M. D'Ursi, M. R. Armenante, R. Guerrini, et al., J. Med. Chem, 12, 4231 (2004).
  10. G. Wei and J. E. Shea, Biophys. J., 91, 1638 (2006).
  11. S. Lee and Y. Kim, Bull. Korean Chem. Soc., 25, 838 (2004).
  12. L. Millucci, L. Ghezzi, G. Bernardini, and A. Santucci, Curr. Prot. Peptide Sci., 11, 54 (2010).
  13. B. Ma and R. Nussinov, Biophys. J., 90, 3365 (2006).
  14. E. Terzi, G. Holzemann, and J. Seelig, Biochemistry, 33, 1345 (1994).
  15. Y. Song, P. Li, L. Liu, et al., Sci. Rep., 8, 765 (2018).
  16. R. F. McGuire, F. A. Momany, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 76, 375 (1972).
  17. F. A. Momany, R. F. McGuire, A. W. Burgess, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 79, 2361 (1975).
  18. H.A. Scheraga, Biopolymers, 22, 1 (1983).
  19. G. Nemethy, M. S. Pottle, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 87, 1883 (1983).
  20. E. M. Popov, Int. J. Quant. Chem., 16, 707 (1979).
  21. I. S. Maksumov, L. I. Ismailova, and N. M. Godjaev, J. Sruct. Khim., 24, 147 (1983).
  22. J. Jr. Hermans and D. Ferro, Biopolymers, 10, 1121 (1971).
  23. W. C. Davidon, AEC Res. Develop. Rep., ANL-5990 (1959).
  24. R. Fletcher and M. J. D. Powell, J.Computer, 6, 163 (1963).
  25. IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature Abbreviations and symbols for description of conformation of polypeptide chains, Pure Appl. Chem., 40, 291 (1974).
  26. S. Weiner, P. Kollman, D. T. Nguyen, and D. A. Case, J.Comput. Chem., 7, 230 (1986).
  27. N. L. Allinger and Y. Yuh, MM2 Program, QCPE 395 (Indiana University, Indiana, 1982).
  28. D. White, J. Kuddock, and P. Edgington, in CHEM-MIN Program in Computer Aided Molecular Design, Ed. by W. G. Richards (IBC Technical Services, 1989).
  29. W. C. Still, MacroModel (Columbia University, NY, USA).
  30. Quanta/CHARMm, Molecular Simulations (Warmshurst, Mass., USA).
  31. J. W. Pitera, M. Falta, and W. F. van Gunsteren, Biophys. J., 80, 2546 (2001).
  32. G. A. Agaeva, U. T. Agaeva, and N. M. Godjaev, Biophysics (Springer), 60, 365 (2015).
  33. M. D. Kirkitadze, M. M. Condron, and D. B. Teplow, J. Mol. Biol., 312, 1103 (2001).
  34. Y. Fezoui, D. M. Hartley, D. M. Walsh, et al., Nature Struct. Biol, 7, 1095 (2000).

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».