Конформационные особенности бета-амилоидного пептида 25-35

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

При болезни Альцгеймера в механизме нейродегенерации важную роль играет бета-амилоидный пептид (Ав). Отдельный фрагмент бета-амилоидного пептида Ав(25-35) (с последовательностью GSNKGAIIGLM) считается функциональным доменом амилоидного пептида Ae, ответственным за его нейротоксические свойства и биологически активной областью Ав. Конформационный анализ методом молекулярной механики каждого пептидного сегмента С-концевой части пептида выявил ограниченное число наиболее вероятных конформаций и достаточно четко определил силы, стабилизирующие структуры. Полученные результаты показали, что пептид Ав(25-35) энергетически предпочтительно принимает a-спиральную конформацию на С-концевом октапептидном сегменте. Для моделирования картины внутримолекулярной подвижности молекулы пептида Ав(25-35) был применен метод молекулярной динамики. Показано, что в низкоэнергетических конформациях пептида Ав(25-35) гибкие структуры в его N-концевой области по-разному ориентированы по отношению к структурам в C-концевой части.

Об авторах

Г. А Агаева

Бакинский государственный университет

Email: gulshen@mail.ru
Баку, Азербайджан

Г. З Наджафова

Азербайджано-французский университет

Баку, Азербайджан

Список литературы

  1. L. N. Zhao, L. Lu, L. Y. Chew, and Y. Mu, Int. J. Mol. Sci., 15, 12631 (2014).
  2. E. Cerf, R. Sarroukh, S. Tamamizu-Kato, et al., Biochem. J., 421, 415 (2009).
  3. R. Sultana, H. F. Poon, J. Cai, et al., Neurobiol. Dis., 22, 76 (2006).
  4. T. Kohno, K. Kobayashi, T. Maeda, et al., Biochemistry, 35, 16094 (1996).
  5. M. Coles, W. Bicknell, A. A. Watson, et al., Biochemistry, 37, 11064 (1998).
  6. O. M. A. El-Agnaf, G. B. Irvine, G. Fitzpatrick, et al., Biochem. J., 336 (Pt 2), 419 (1998)
  7. G. Shanmugam and R. Jayakumar, Biopolymers, 33, 421 (2004).
  8. G. Shanmugam, P. L. Polavarapu, Biophys. J., 87, 622 (2004).
  9. A. M. D'Ursi, M. R. Armenante, R. Guerrini, et al., J. Med. Chem, 12, 4231 (2004).
  10. G. Wei and J. E. Shea, Biophys. J., 91, 1638 (2006).
  11. S. Lee and Y. Kim, Bull. Korean Chem. Soc., 25, 838 (2004).
  12. L. Millucci, L. Ghezzi, G. Bernardini, and A. Santucci, Curr. Prot. Peptide Sci., 11, 54 (2010).
  13. B. Ma and R. Nussinov, Biophys. J., 90, 3365 (2006).
  14. E. Terzi, G. Holzemann, and J. Seelig, Biochemistry, 33, 1345 (1994).
  15. Y. Song, P. Li, L. Liu, et al., Sci. Rep., 8, 765 (2018).
  16. R. F. McGuire, F. A. Momany, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 76, 375 (1972).
  17. F. A. Momany, R. F. McGuire, A. W. Burgess, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 79, 2361 (1975).
  18. H.A. Scheraga, Biopolymers, 22, 1 (1983).
  19. G. Nemethy, M. S. Pottle, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 87, 1883 (1983).
  20. E. M. Popov, Int. J. Quant. Chem., 16, 707 (1979).
  21. I. S. Maksumov, L. I. Ismailova, and N. M. Godjaev, J. Sruct. Khim., 24, 147 (1983).
  22. J. Jr. Hermans and D. Ferro, Biopolymers, 10, 1121 (1971).
  23. W. C. Davidon, AEC Res. Develop. Rep., ANL-5990 (1959).
  24. R. Fletcher and M. J. D. Powell, J.Computer, 6, 163 (1963).
  25. IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature Abbreviations and symbols for description of conformation of polypeptide chains, Pure Appl. Chem., 40, 291 (1974).
  26. S. Weiner, P. Kollman, D. T. Nguyen, and D. A. Case, J.Comput. Chem., 7, 230 (1986).
  27. N. L. Allinger and Y. Yuh, MM2 Program, QCPE 395 (Indiana University, Indiana, 1982).
  28. D. White, J. Kuddock, and P. Edgington, in CHEM-MIN Program in Computer Aided Molecular Design, Ed. by W. G. Richards (IBC Technical Services, 1989).
  29. W. C. Still, MacroModel (Columbia University, NY, USA).
  30. Quanta/CHARMm, Molecular Simulations (Warmshurst, Mass., USA).
  31. J. W. Pitera, M. Falta, and W. F. van Gunsteren, Biophys. J., 80, 2546 (2001).
  32. G. A. Agaeva, U. T. Agaeva, and N. M. Godjaev, Biophysics (Springer), 60, 365 (2015).
  33. M. D. Kirkitadze, M. M. Condron, and D. B. Teplow, J. Mol. Biol., 312, 1103 (2001).
  34. Y. Fezoui, D. M. Hartley, D. M. Walsh, et al., Nature Struct. Biol, 7, 1095 (2000).

© Российская академия наук, 2023

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах