Study of the influence of pH on the conformation of a modified aptamer to nucleolin protein

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The search for agents for targeted delivery of anticancer drugs remains a crucial challenge for medicine. For this reason, DNA aptamers targeting cancer cell-specific proteins have medical use. At the same time, the additional fine-tuning of aptamer properties to lower affinity of aptamers for target cells that are not surrounding cancerous tissues makes the aptamers promising tools in clinical applications due to reduced immunogenicity and fewer side effects. One of the approaches is to use acidity disruption in cancer cells and tissues. In this work, aptamer AS1411 was modified to increase affinity for nucleolin by attaching a nucleotide sequence to its binding site to create a pH-sensitive linker. UV melting and fluorescence methods were employed to demonstrate that the conformation of the new aptamer depends on pH of the medium.

Keywords

About the authors

P. V Gabrusenok

Saint-Petersburg State University

Petersburg, Russia

R. R Ramasanoff

Sevastopol State University

Sevastopol, Russia

A. S Buchelnikov

Sevastopol State University

Sevastopol, Russia

P. A Sokolov

Saint-Petersburg State University;Sevastopol State University

Email: p.a.sokolov@spbu.ru
Petersburg, Russia;Sevastopol, Russia

References

  1. F. Mongelard and P. Bouvet, Trends Cell Biol., 17 (2), 80 (2007).
  2. S. Christian, J. Pilch, M. E. Akerman, et al., J. Cell Biol., 163 (4), 871 (2003).
  3. J. Mosafer and A. Mokhtarzadeh, Curr. Drug Delivery, 15 (9), 1323 (2018).
  4. C. Brignole, V. Bensa, N. A. Fonseca, et al., J. Exp. Clin. Cancer Res., 40 (1), 180 (2021).
  5. J. BalQa-Silva, A. do Carmo, H. Tao, et al., Exp. Cell Res., 370 (1), 68 (2018).
  6. V. Moura, M. Lacerda, P. Figueiredo, et al., Breast Cancer Res. Treat., 133 (1), 61 (2012).
  7. J. Carvalho, A. Paiva, M. P. Cabral Campello, et al., Sci. Rep., 9 (1), 7945 (2019).
  8. N. F. Hosseini, R. Amini, M. Ramezani, et al., Biomed. Pharmacother., 155, 113690 (2022).
  9. С. П. Радько, С. Ю. Рахметова, Н. В. Бодоев и др., Биомед. химия, 53 (1), 5 (2007).
  10. С. А. Лапа, В. Е. Шершов, Г. С. Краснов и др., Биоорг. химия, 46 (4), 411 (2020).
  11. Z. Fu and J. Xiang, Int. J. Mol. Sci., 21 (8), 2793 (2020).
  12. R. Yazdian-Robati, P. Bayat, F. Oroojalian, et al., Int. J. Biol. Macromol., 155, 1420 (2020).
  13. B. A. Webb, M. Chimenti, M. P. Jacobson, et al., Nat. Rev. Cancer, 11 (9), 671 (2011).
  14. M. Damaghi, J. W. Wojtkowiak, and R. J. Gillies, Front. Physiol. 4, 370 (2013).
  15. I. A. P. Thompson, L. Zheng, M. Eisenstein, et al., Nat.Commun., 11 (1), 2946 (2020).
  16. M. Debiais, A. Lelievre, M. Smietana, et al., Nucl. Acids Res., 48 (7), 3400 (2020).
  17. https://eu.idtdna.com/calc/analyzer.
  18. P. A. Rachwal and K. R. Fox, Methods, 43 (4), 291 (2007).
  19. J. A. Lee and M. C. DeRosa, Chem.Commun., 46 (3), 418 (2010).
  20. L. Bie, Y. Wang, F. Jiang, et al., Front. Mol. Biosci., 9, 1025313 (2022).
  21. F. C. Simmel, B. Yurke, and H. R. Singh, Chem. Rev., 119 (10), 6326 (2019).
  22. S. E. Morse and D. E. Draper, Nucl. Acids Res., 23 (2), 302 (1995).

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2023 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».