Conformational aspects in the formation of structures of the backbone of polypeptide chains in proteins. Relationship between conformational stability/lability and β-turns

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

To assess the nature of the relationship between the integral conformational stability of tetrapeptides and the main types of β-turns (which are also tetrapeptides), calculations were performed using spectrum diagrams and asymmetry in the distribution of conformationally stable and unstable tetrapeptides. It was shown that type I', II, and II' β-turns are comprised of predominantly conformationally labile peptides, that is consistent with the predetermined nature of their structure as described earlier. As previously shown in our study, in this case the conformation is imposed by external conditions (namely the cycle closuring) and the prevalence of conformationally labile peptides facilitates the formation of the structure by virtue of external factors. Type I β-turn is an exception: peptides with different conformational lability are fairly evenly distributed. Most likely, this indicates that the formation of the type I β-turn is not predetermined.

About the authors

Yu. Yu Torshin

Dorodnicyn Computing Centre, Russian Academy of Sciences

Email: tiy135@yahoo.com
Moscow, Russia

I. V Filatov

Moscow Institute of Physics and Technology

Moscow, Russia

A. V Batyanovskii

Institute of Biophysics and Cell Engineering, National Academy of Sciences of Belarus

Minsk, Belarus

K. V Smirnov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, Russia

A. A Anashkina

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, Russia

N. G Esipova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, Russia

V. G Tumanyan

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, Russia

References

  1. W. Kabsch and C. Sander, Biopolymers, 22 (12), 2577 (1983).
  2. X. de la Cruz, E. G. Hutchinson, A. Shepherd, and J. M. Thornton, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99 (17), 11157 (2002).
  3. M. Kumar, M. Bhasin, N. K. Natt, and G. P. S. Raghava, Nucl. Acids Res., 33, W154 (2005).
  4. M. K. Elbashir, J. Wang, F. X. Wu, et al., Proteome Sci., 11 (Suppl. 1), S5 (2013).
  5. C. Fang, Y. Shang, and D. Xu, Proteins, 88 (1), 143 (2020).
  6. A. G. de Brevern, Sci. Reports, 6, 33191 (2016).
  7. Л. А. Уpошлев, И. Ю. Тоpшин, А. В. Батяновcкий и др., Биофизика, 60 (1), 5 (2015).
  8. Л. А. Уpошлев, И. Ю. Тоpшин, А. В. Батяновcкий и др., Биофизика, 64 (2), 272 (2019).
  9. И. Ю. Тоpшин, А. В. Батяновcкий, Л. А. Уpошлев и др., Биофизика, 64 (2), 256 (2019).
  10. Ю. И. Журавлёв, К. В. Рудаков и И. Ю. Торшин, Труды МФТИ, 3 (4), 45 (2011).

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2023 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».