DEVELOPMENT OF MOLECULAR MARKER FOR ASSESSMENT OF INTRASPECIFIC POLYMORPHISM OF RC GENE CONDITIONING RED PERICARP IN RICE ORYZA SATIVA L.


Cite item

Full Text

Abstract

Red rice is the worst field weed in all rice-cultivation areas. Early diagnosis of red rice in primary seed breeding program is an overriding task, which solution directly influences the quality of the rice seeds. Red and red-brown colors of pericarp are determined by two loci at least: Rc and Rd, expressing in conjunction with the Rc gene. In this study we have developed an intragenic codominant molecular marker for the Rc gene and tested it with contrasting as to the seed colour rice varieties examined feature. The efficacy of the marker has been shown for 1142 families of rice, each sample containing 120 plants. 

About the authors

Sergey V Tokmakov

All Russian Rice Research Institute, Krasnodar, Krasnodar Krai, RF

Email: ad-a-m@mail.ru; into-the-void@mail.ru

Zhanna M Mukhina

Krasnodar’s regional institute of agrobusiness, Krasnodar, Krasnodar Krai, RF

Email: agroplazma@gmail.com

Denis I Bogomaz

Saint-Petersburg State University., Saint-Petersburg, RF

Email: bogomazden@mail.ru

Tatyana V Matveeva

Saint-Petersburg State University., Saint-Petersburg, RF

Email: olgunja_@mail.ru 199034, Saint-Petersburg, Universitetskaya nab, 7/9. Russia

References

  1. ГОСТ 6293-90, 2008. Рис. Требования при заготовках и поставках. Дата введения 01.07.91 г. Официальное издание. Москва, Стандартинформ. 2. ГОСТ Р 52325-2005. Семена сельскохозяйственных растений. Сортовые и посевные качества. Общие технические условия. Дата введения -2006-01-01. Официальное издание. Москва, Стандартинформ, 2005.
  2. Апрод А. И., Гненная В. В., Зинник А. Н., 1986. Комплексная система эффективных мер борьбы с крас-нозёрными формами риса. Рекомендации. -Краснодар: Агропромышленный комитет Краснодарского края, ВАСХНИЛ, ВНИИ риса, 19 с.
  3. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж., 1984. Молекулярное клонирование. М.: Мир. 480с.
  4. Остерман Л. А. 1981 Методы исследования нуклеи-новых кислот. М.: Наука, 1981. 288 с.
  5. Brooks S. A., Yan W., Jackson A. K., Deren C. W., 2008. A natural mutation in rc reverts white-rice-pericarp to red and results in a new, dominant, wild-type allele: Rc-g//Theor. Appl. Genet Vol. 117. P. 575-580.
  6. Dieffenbach C. W., Lowe T. M., Deksler G. S., 1995. General Concepts for PCR Primer Design//Nucleic Acids Res. Vol. 18. P. 999-1005.
  7. Hall T. A., 1999. BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor And Analysis Program for Windows 95/98/NT // Nucleic Acid Symposium. Ser. 41. P. 95-98. 9. International Rice Genome Sequencing Project, 2005. The map-based sequence of the rice genome // Nature. Vol. 436. P. 793-800.
  8. Murray M. G., Thompson W. F., 1980. Rapid isolation of high molecular weight plant DNA//Nucleic Acids Research. Vol. 10. P. 4321-4325.
  9. Nagao S., Takahashi M. E. 1962. Genetical studies on rice plants/XXVI. Mode of inheritance and casual genes for one type of anthocyanin color character in foreign rice varieties/J. Fac. Agric. Hokkaido Univ. Vol. 52. P. 20-50.
  10. Kato S., Ishikawa, J., 1921. On The Inheritance of the Pigment of Red Rice. Japan: Japan Genetic, 1. Vol. 1. P. 1-7.
  11. Kondo A., 1961. Fundamental studies on rice breeding through hybridization between Japanese and foreign varieties // V. Genetical studies on seed-coat color, etc. // Jap. Jour. Genet. Vol. 36. P. 276-284.
  12. SantaLucia J. Jr., 1998. A Unified View of Polymer, Dumbbell, and Oligonucleotide DNA Nearest-Neighbor Thermodynamics//Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, P. 1460-1465.
  13. Sasaki R., 1922. Inheritance of rice blast resistance//J. Genet. Vol. 1. P. 81-85.
  14. Sweeney M. T., Thompson M. J., Pfeil B. E., McCouch S., 2006. Caught Red-Handed: Rc Encodes a Basic Helix-Loop-Helix Protein Conditioning Red Pericarp in Rice//The Plant Cell. Vol. 18. P. 283-294.
  15. Takahashi M., Mori T., Kinoshita T., Mori K., 1972. Genetic constitution on red coloration in rice grains of an Indian variety, Surjamkhi//Genetical studies on rice plant, L. Res. Bull. Univ. Farm. Hokkaido Univ. Vol. 18. P. 47-53.
  16. World Agricultural Supply and Demand Estimates WASDE-486//United States Department of Agriculture, World Agricultural Outlook Board, September 10, 2010, p. 24.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2011 Tokmakov S.V., Mukhina Z.M., Bogomaz D.I., Matveeva T.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».