Молекулярно-генетическая идентификация грибов арбускулярной микоризы

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Арбускулярная микориза (АМ) представляет собой широко распространенный симбиоз, который формируется большинством наземных растений с грибами подотдела Glomeromycotina. Одной из основных проблем в изучении АМ-грибов является сложность их идентификации, связанная с высоким внутри- и межвидовым генетическим полиморфизмом, а также с облигатным статусом АМ-грибов по отношению к растению-хозяину. Методология идентификации АМ-грибов постоянно претерпевает серьезные изменения. В обзоре дан анализ оптимальных методов молекулярно-генетической идентификации АМ-грибов. Рассматриваются этапы пробоподготовки, обсуждаются выбор маркерных участков, подбор праймеров и различные методы амплификации, включая применение вложенной ПЦР. Анализируется и обосновывается перспективность методов клонирования и секвенирования нового поколения в применении к идентификации АМ-грибов.

Об авторах

Андрей Павлович Юрков

ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии»; ФГБУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет»; ФГБОУ «Российский государственный гидрометеорологический университет»

Автор, ответственный за переписку.
Email: yurkovandrey@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1072-5166
SPIN-код: 9909-4280
https://vk.com/andreyyurkov

доцент, старший научный сотрудник лаборатории №4 ФГБНУ ВНИИСХМ, научный сотрудник кафедры физиологии и биохимии растений СПбГУ, доцент кафедры экологии РГГМУ

Россия, 196608, г. Санкт-Петербург, Пушкин 8, ш. Подбельского, д.3; 199034, г. Санкт-Петербург, Университетская наб., д.7/9; 192007, г. Санкт-Петербург, ул. Воронежская, д. 79

Алексей Анатольевич Крюков

ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии»

Email: rainniar@rambler.ru

кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории №4

Россия, 196608, г. Санкт-Петербург, Пушкин 8, ш. Подбельского, д.3

Анастасия Олеговна Горбунова

ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии»; ФГБУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет»

Email: gorbunova.anastasia93@mail.ru

инженер-исследователь лаборатории №4 ФГБНУ ВНИИСХМ; аспирант кафедры геоботаники и экологии растений СПбГУ

Россия, 196608, г. Санкт-Петербург, Пушкин 8, ш. Подбельского, д.3; 199034, г. Санкт-Петербург, Университетская наб., д.7/9

Андрей Петрович Кожемяков

ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии»

Email: kojemyakov@rambler.ru

кандидат биологических наук, заведующий лаборатории №4

Россия, 196608, г. Санкт-Петербург, Пушкин 8, ш. Подбельского, д.3

Галина Васильевна Степанова

Федеральный научный центр кормопроизводства и агроэкологии им. В.Р. Вильямса

Email: gvstep@yandex.ru

доцент, кандидат сельскохозяйственных наук, заведующая лабораторией селекционных симбиотических технологий

Россия, 141055, г. Лобня, Московская обл., Научный городок, корпус 1

Эдуард Модрисович Мачс

Ботанический институт им. В.Л. Комарова Российской академии наук

Email: emachs@binran.ru

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник, лаборатория биосистематики и цитологии

Россия, 197376, г. Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, 2

Александр Викентьевич Родионов

ФГБУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет»; Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН

Email: avrodionov@mail.ru

профессор, доктор биологических наук, кафедра цитологии и гистологии СПбГУ; заведующий лабораторией, лаборатория биосистематики и цитологии БИН РАН

Россия, 199034, г. Санкт-Петербург, Университетская наб., д.7/9; 197376, г. Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, 2

Мария Федоровна Шишова

ФГБУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет»

Email: mshishova@mail.ru

доцент, доктор биологических наук, профессор кафедры физиологии и биохимии растений

Россия, 199034, г. Санкт-Петербург, Университетская наб., д.7/9

Список литературы

  1. Stockinger H, Peyret-Guzzon M, Koegel S, et al. The largest subunit of RNA polymerase II as a new marker gene to study assemblages of arbuscular mycorrhizal fungi in the field. PloS one. 2014;9(9):e107783. doi: 10.1371/journal.pone.0107783.
  2. Öpik M, Davison J, Moora M, Zobel M. DNA-based detection and identification of Glomeromycota: the virtual taxonomy of environmental sequences. Botany. 2014;92(2):135-147. doi: 10.1139/cjb-2013-0110.
  3. Amf-phylogeny.com [Internet]. Glomeromycota species list [cited 2018 Mar 1]. Available from: http://www.amf-phylogeny.com.
  4. Spatafora JW, Chang Y, Benny GL, et al. A phylum-level phylogenetic classification of zygomycete fungi based on genome-scale data. Mycologia. 2017;108(5):1028-46. doi: 10.3852/16-042.
  5. Lee E-H, Eo J-K, Ka K-H, Eom A-H. Diversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi and Their Roles in Ecosystems. Mycobiology. 2018;41(3):121-125. doi: 10.5941/myco.2013.41.3.121.
  6. Stockinger H, Krüger M, Schüßler A. DNA barcoding of arbuscular mycorrhizal fungi. New Phytol. 2010;187(2):461-474. doi: 10.1111/j.1469-8137.2010.03262.x.
  7. Крюков А.А., Юрков А.П. Оптимизация процедуры молекулярно-генетической идентификации грибов арбускулярной микоризы в симбиотическую фазу на примере двух близкородственных штаммов // Микология и фитопатология. – 2018. – Т. 52. – № 1. – С. 38–48. [Kryukov AA, Yurkov AP. Optimization procedures for molecular-genetic identification of arbuscular mycorrhizal fungi in symbiotic phase on the example of two closely kindred strains. Mikologiia i fitopatologiia. 2018;52(1):38-48. (In Russ.)]
  8. Thiéry O, Moora M, Vasar M, et al. Inter- and intrasporal nuclear ribosomal gene sequence variation within one isolate of arbuscular mycorrhizal fungus, Diversispora sp. Symbiosis. 2012;58(1-3):135-147. doi: 10.1007/s13199-012-0212-0.
  9. Daubois L, Beaudet D, Hijri M, de la Providencia I. Independent mitochondrial and nuclear exchanges arising in Rhizophagus irregularis crossed-isolates support the presence of a mitochondrial segregation mechanism. BMC Microbiology. 2016;16(1). doi: 10.1186/s12866-016-0627-5.
  10. Hosny M, Gianinazzi-Pearson V, Dulieu H. Nuclear DNA content of 11 fungal species in Glomales. Genome. 1998;41(3):422-428. doi: 10.1139/g98-038.
  11. Savary R, Masclaux FG, Wyss T, et al. A population genomics approach shows widespread geographical distribution of cryptic genomic forms of the symbiotic fungus Rhizophagus irregularis. ISME J. 2017;12(1):17-30. doi: 10.1038/ismej.2017.153.
  12. Schenck NC, Pérez Y. Manual for the identification of VA mycorrhizal fungi. 3rd ed. Gainesville: Synergistic Publications; 1990.
  13. Fungi.invam.wvu.edu [Internet]. Species descriptions from reference cultures. West Virginia University [ci¬ted 2018 Mar 1]. Available from: http://fungi.invam.wvu.edu.
  14. Stockinger H, Walker C, Schüßler A. ‘Glomus intraradicesDAOM197198’, a model fungus in arbuscular mycorrhiza research, is notGlomus intraradices. New Phytol. 2009;183(4):1176-1187. doi: 10.1111/j.1469-8137.2009.02874.x.
  15. Schussler A, Kruger M, Walker C. Revealing natural relationships among arbuscular mycorrhizal fungi: culture line BEG47 represents Diversispora epigaea, not Glomus versiforme. PloS one. 2011;6(8):e23333. doi: 10.1371/journal.pone.0023333.
  16. Koske RE. Glomus aggregatum Emended: A Distinct Taxon in the Glomus fasciculatum Complex. Mycologia. 1985;77(4):619. doi: 10.2307/3793360.
  17. Walker C, Koske RE. Taxonomic concepts in the Endogonaceae: IV. Glomus fasciculatum redescribed. Mycotaxon. 1987;(30):253-262.
  18. Kruger M, Stockinger H, Kruger C, Schussler A. DNA-based species level detection of Glomeromycota: one PCR primer set for all arbuscular mycorrhizal fungi. New Phytol. 2009;183(1):212-223. doi: 10.1111/j.1469-8137.2009.02835.x.
  19. Senes-Guerrero C, Torres-Cortes G, Pfeiffer S, et al. Potato-associated arbuscular mycorrhizal fungal communities in the Peruvian Andes. Mycorrhiza. 2014;24(6): 405-17. doi: 10.1007/s00572-013-0549-0.
  20. Bruns TD, Corradi N, Redecker D, et al. Glomeromycotina: what is a species and why should we care? New Phytol. 2017. doi: 10.1111/nph.14913.
  21. Kivlin SN, Hawkes CV, Treseder KK. Global diversity and distribution of arbuscular mycorrhizal fungi. Soil Biol Biochem. 2011;43(11):2294-2303. doi: 10.1016/j.soilbio.2011.07.012.
  22. Kohout P, Sudová R, Janoušková M, et al. Comparison of commonly used primer sets for evaluating arbuscular mycorrhizal fungal communities: Is there a universal solution? Soil Biol Biochem. 2014;68:482-493. doi: 10.1016/j.soilbio.2013.08.027.
  23. Ncbi.nlm.nih.gov [Internet]. National Center for Biotechnology Information [updated 2018 Mar 1; cited 2018 Mar 1]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov.
  24. Neilan B, Op De Beeck M, Lievens B, et al. Comparison and Validation of Some ITS Primer Pairs Useful for Fungal Metabarcoding Studies. PloS one. 2014;9(6):e97629. doi: 10.1371/journal.pone.0097629.
  25. Senes-Guerrero C, Schussler A. DNA-Based Characterization and Identification of Arbuscular Mycorrhizal Fungi Species. Methods Mol Biol. 2016;1399:101-123. doi: 10.1007/978-1-4939-3369-3_6.
  26. Öpik M, Metsis M, Daniell TJ, et al. Large-scale parallel 454 sequencing reveals host ecological group specificity of arbuscular mycorrhizal fungi in a boreonemoral forest. New Phytol. 2009;184(2):424-37. doi: 10.1111/j.1469-8137.2009.02920.x.
  27. Quail M, Smith ME, Coupland P, et al. A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion torrent, pacific biosciences and illumina MiSeq sequencers. BMC Genomics. 2012;13(1):341. doi: 10.1186/1471-2164-13-341.
  28. Senés-Guerrero C, Schüßler A. A conserved arbuscular mycorrhizal fungal core-species community colonizes potato roots in the Andes. Fungal Divers. 2015;77(1): 317-33. doi: 10.1007/s13225-015-0328-7.
  29. Millner PD, Kitt DG. The Beltsville method for soilless production of vesicular-arbuscular mycorrhizal fungi. Mycorrhiza. 1992;2(1):9-15. doi: 10.1007/bf00206278.
  30. Vassilev N, Nikolaeva I, Vassileva M. Polymer-based Preparation of Soil Inoculants: Applications to Arbuscular Mycorrhizal Fungi. Rev Environ Sci Biotechnol. 2005;4(4):235-243. doi: 10.1007/s11157-005-2098-2.
  31. Yurkov AP, Jacobi LM, Gapeeva NE, et al. Development of arbuscular mycorrhiza in highly responsive and mycotrophic host plant–black medick (Medicago lupulina L.). Russ J Dev Biol. 2015;46(5):263-275. doi: 10.1134/s1062360415050082.
  32. Becard G, Fortin JA. Early events of vesicular-arbuscular mycorrhiza formation on Ri T-DNA transformed roots. New Phytol. 1988;108(2):211-218. doi: 10.1111/j.1469-8137.1988.tb03698.x.
  33. I-beg.eu [Internet]. The International Bank for the Glomeromycota [updated 2016 Aug 18; cited 2018 Mar 1]. Available from: http://www.i-beg.eu.
  34. Mycorrhizae.org.in [Internet]. Centre for Mycorrhizal Culture Collection [updated 2017 Jun 01; cited 2018 Mar 1]. Available from: http://mycorrhizae.org.in.
  35. Mycorrhizae.org.in [Internet]. The Glomeromycetes in vitro Collection, Canada [updated 2018 Feb 26; cited 2018 Mar 1]. Available from: http://mycorrhizae.org.in.
  36. Agroscope.admin.ch [Internet]. Swiss Collection of Arbuscular Mycorrhizal Fungi [updated 2015 Nov 24; cited 2018 Mar 1]. Available from: https://www.agroscope.admin.ch.
  37. Mycorrhiza.be [Internet]. Glomeromycota in vitro Collection, Belgium [updated 2018 Jan 15; cited 2018 Mar 1]. Available from: http://www.mycorrhiza.be.
  38. Bccm.belspo.be [Internet]. Mycothèque de l’Université Catholique de Louvain: Belgian Coordinated Collections of Microorganisms [cited 2018 Mar 1]. Available from: http://bccm.belspo.be.
  39. Furb.br [Internet]. International Culture Collection of Glomeromycota [updated 2015 Feb 18; cited 2018 Mar 1]. Available at: http://www.furb.br.
  40. Hung LL, Sylvia DM. Production of vesicular-arbuscular mycorrhizal fungus inoculum in aeroponic culture. Appl Environ Microbiol. 1988;54(2):353-357.
  41. de Boulois HD, Voets L, Delvaux B, et al. Transport of radiocaesium by arbuscular mycorrhizal fungi to Medicago truncatula under in vitro conditions. Environ Microbiol. 2006;8(11):1926-1934. doi: 10.1111/j.1462-2920.2006.01070.x.
  42. Ijdo M, Cranenbrouck S, Declerck S. Methods for large-scale production of AM fungi: past, present, and future. Mycorrhiza. 2011;21(1):1-16. doi: 10.1007/s00572-010-0337-z.
  43. Verma A, Aldholea A. Cost-economics of existing methodologies for inoculum production of vesicular-arbuscular mycorrhizal fungi. In: KG Mukerji, editor. Concepts in Mycorrhizal Research. Dodrecht: Kluwer Academic; 1996. p.179-194.
  44. Naturalcommunities.net [Internet]. Natural Communities [updated 2018 Jan 15; cited 2018 Mar 1]. Available from: https://naturalcommunities.net.
  45. Reforest.com [Internet]. Reforestation Technologies International [updated 2018 Jan 25; cited 2018 Mar 1]. Available from: https://www.reforest.com.
  46. Opik M, Zobel M, Cantero JJ, et al. Global sampling of plant roots expands the described molecular diversity of arbuscular mycorrhizal fungi. Mycorrhiza. 2013;23(5):411-430. doi: 10.1007/s00572-013-0482-2.
  47. Gollotte A, Van Tuinen D, Atkinson D. Diversity of arbuscular mycorrhizal fungi colonising roots of the grass species Agrostis capillaris and Lolium perenne in a field experiment. Mycorrhiza. 2004;14(2):111-117. doi: 10.1007/s00572-003-0244-7.
  48. Saghai-Maroof MA, Soliman KM, Jorgensen RA, Allard RW. Ribosomal DNA spacer length polymorphism in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location and population dynamics. Proc Natl Acad Sci USA. 1984;81(24):8014-8018. doi: 10.1073/pnas.81.24.8014.
  49. Diédhiou AG, Borges WL, Sadio O, De Faria SM. Assessment of DNA extraction methods for detection of arbuscular mycorrhizal fungi in plant roots by nested-PCR. Acta Sci Biol Sci. 2014;36(4):433. doi: 10.4025/actascibiolsci.v36i4.21689.
  50. Osmundson TW, Eyre CA, Hayden KM, et al. Back to basics: an evaluation of NaOH and alternative rapid DNA extraction protocols for DNA barcoding, genotyping, and disease diagnostics from fungal and oomycete samples. Mol Ecol Resour. 2013;13(1):66-74. doi: 10.1111/1755-0998.12031.
  51. de Lamballerie X, Zandotti C, Vignoli C, et al. A one-step microbial DNA extraction method using “Chelex 100” suitable for gene amplification. Res Microbiolo. 1992;143(8):785-790. doi: 10.1016/0923-2508(92)90107-y.
  52. Hiraishi A. Direct automated sequencing of 16S rDNA amplified by polymerase chain reaction from bacterial cultures without DNA purification. Lett Appl Microbiol. 1992;15(5):210-213. doi: 10.1111/j.1472-765X.1992.tb00765.x.
  53. Wang H, Qi M, Cutler AJ. A simple method of preparing plant samples for PCR. Nucleic Acids Research. 1993;21(17):4153-4154. doi: 10.1093/nar/21.17.4153.
  54. Redecker D. Specific PCR primers to identify arbuscular mycorrhizal fungi within colonized roots. Mycorrhiza. 2000;10(2):73-80. doi: 10.1007/s005720000061.
  55. Błaszkowski J, Czerniawska B, Wubet T, et al. Glomus irregulare, a new arbuscular mycorrhizal fungus in the Glomeromycota. Mycotaxon. 2008;106:247-267. doi: 10.1139/B09-104.
  56. Lee J, Lee S, Young JP. Improved PCR primers for the detection and identification of arbuscular mycorrhizal fungi. FEMS Microbiol Ecol. 2008;65(2):339-349. doi: 10.1111/j.1574-6941.2008.00531.x.
  57. Schwarzott D, Schüßler A. A simple and reliable method for SSU rRNA gene DNA extraction, amplification, and cloning from single AM fungal spores. Mycorrhiza. 2001;10(4):203-207. doi: 10.1007/pl00009996.
  58. Borriello R, Bianciotto V, Orgiazzi A, et al. Sequencing and comparison of the mitochondrial COI gene from isolates of Arbuscular Mycorrhizal Fungi belonging to Gigasporaceae and Glomeraceae families. Mol Phylogen Evol. 2014;75:1-10. doi: 10.1016/j.ympev.2014.02.012.
  59. Sanders IR, Alt M, Groppe K, et al. Identification of ribosomal DNA polymorphisms among and within spores of the Glomales: application to studies on the genetic diversity of arbuscular mycorrhizal fungal communities. New Phytol. 1995;130(3):419-427. doi: 10.1111/j.1469-8137.1995.tb01836.x.
  60. Butler G, Lin K, Limpens E, et al. Single Nucleus Genome Sequencing Reveals High Similarity among Nuclei of an Endomycorrhizal Fungus. PLoS Genet. 2014;10(1):e1004078. doi: 10.1371/journal.pgen.1004078.
  61. Pawlowska TE, Taylor JW. Organization of genetic variation in individuals of arbuscular mycorrhizal fungi. Nature. 2004;427(6976):733-737. doi: 10.1038/nature02290.
  62. Ehinger MO, Croll D, Koch AM, Sanders IR. Significant genetic and phenotypic changes arising from clonal growth of a single spore of an arbuscular mycorrhizal fungus over multiple generations. New Phytol. 2012;196(3):853-861. doi: 10.1111/j.1469-8137.2012.04278.x.
  63. Hijri M, Sanders IR. Low gene copy number shows that arbuscular mycorrhizal fungi inherit genetically different nuclei. Nature. 2005;433(7022):160-163. doi: 10.1038/nature03069.
  64. Tisserant E, Malbreil M, Kuo A, et al. Genome of an arbuscular mycorrhizal fungus provides insight into the oldest plant symbiosis. Proc Natl Acad Sci USA. 2013;110(50):20117-20122. doi: 10.1073/pnas.1313452110.
  65. Maarjam.botany.ut.ee [Internet]. Database for studies on the diversity of arbuscular mycorrhizal fungi [updated 2010 Jun 01; cited 2018 Mar 1]. Available from: https://maarjam.botany.ut.ee.
  66. Unite.ut.ee [Internet]. Unified system for the DNA based fungal species linked to the classification Ver. 7.2 [updated 2017 May 04; cited 2018 Mar 1]. Available from: URL:https://unite.ut.ee.
  67. Yahr R, Schoch CL, Dentinger BTM. Scaling up discovery of hidden diversity in fungi: impacts of barcoding approaches. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2016;371(1702):20150336. doi: 10.1098/rstb.2015.0336.
  68. Börstler B, ThiéRy O, Sýkorová Z, et al. Diversity of mitochondrial large subunit rDNA haplotypes of Glomus intraradicesin two agricultural field experiments and two semi-natural grasslands. Mol Ecol. 2010;19(7): 1497-1511. doi: 10.1111/j.1365-294X.2010.04590.x.
  69. James TY, Kauff F, Schoch CL, et al. Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny. Nature. 2006;443(7113):818-822. doi: 10.1038/nature05110.
  70. Sokolski S, Dalpé Y, Piché Y. Phosphate Transporter Genes as Reliable Gene Markers for the Identification and Discrimination of Arbuscular Mycorrhizal Fungi in the GenusGlomus. Appl Environ Microbiol. 2011;77(5):1888-1891. doi: 10.1128/aem.00919-10.
  71. Sokolski S, Dalpé Y, Séguin S, et al. Conspecificity of DAOM 197198, the model arbuscular mycorrhizal fungus, with Glomus irregulare: molecular evidence with three protein-encoding genes. Botany. 2010;88(9):829-838. doi: 10.1139/b10-050.
  72. Msiska Z, Morton JB. Phylogenetic analysis of the Glomeromycota by partial β-tubulin gene sequences. Mycorrhiza. 2008;19(4):247-254. doi: 10.1007/s00572-008-0216-z.
  73. Helgason T, Watson IJ, Young JPW. Phylogeny of the Glomerales and Diversisporales (Fungi: Glomeromycota) from actin and elongation factor 1-alpha sequences. FEMS Microbiol Lett. 2003;229(1):127-132. doi: 10.1016/s0378-1097(03)00802-4.
  74. Öpik M, Vanatoa A, Vanatoa E, et al. The online database MaarjAM reveals global and ecosystemic distribution patterns in arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota). New Phytol. 2010;188(1):223-241. doi: 10.1111/j.1469-8137.2010.03334.x.
  75. Родионов А.В., Гнутиков A.А., Коцинян А.Р., и др. Последовательность ITS1–5.8S рДНК–ITS2 в генах 35S рРНК как маркер при реконструкции филогении злаков (сем. Poaceae) // Уcпехи современной биологии. – 2016. – Т. 136. – № 5. – С. 419–437. [Rodionov AV, Gnutikov AA, Kotsinyan AR, et al. Sequence ITS1–5.8S rDNA–ITS2 in 35S рRNA genes as a marker in grasses (Poaceae) molecular phylogeny. Uspekhi sovremennoy biologii. 2016;136(5):419-437. (In Russ.)]
  76. Wubet T, Weiβ M, Kottke I, et al. Phylogenetic analysis of nuclear small subunit rDNA sequences suggests that the endangered African Pencil Cedar, Juniperus procera, is associated with distinct members of Glomeraceae. Mycol Res. 2006;110(9):1059-1069. doi: 10.1016/j.mycres.2006.04.005.
  77. Jiang S, Shi G, Mao L, et al. Comparison of different PCR primers on detecting arbuscular mycorrhizal communities inside plant roots. Wei Sheng Wu Xue Bao. 2015;55(7):916-925.
  78. White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: MA Innis, DH Gelfand, JJ Sninsky, TJ White, editors. PCR protocols, a guide to methods and applications. San Diego: Academic; 1990. p. 315-322.
  79. Gardes M, Bruns TD. ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes – application to the identification of mycorrhizae and rusts. Mol Ecol. 1993;2(2):113-118. doi: 10.1111/j.1365-294X.1993.tb00005.x.
  80. Helgason T, Daniell TJ, Husband R, et al. Ploughing up the wood-wide web? Nature. 1998;394(6692):431-431. doi: 10.1038/28764.
  81. Redecker D, Schüßler A, Stockinger H, et al. An evidence-based consensus for the classification of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota). Mycorrhiza. 2013;23(7):515-531. doi: 10.1007/s00572-013-0486-y.
  82. Krüger M, Krüger C, Walker C, et al. Phylogenetic reference data for systematics and phylotaxonomy of arbuscular mycorrhizal fungi from phylum to species level. New Phytol. 2012;193(4):970-984. doi: 10.1111/j.1469-8137.2011.03962.x.
  83. Nilsson RH, Abarenkov K, Veldre V, et al. An open source chimera checker for the fungal ITS region. Mol Ecol Resour. 2010;10(6):1076-1081. doi: 10.1111/j.1755-0998.2010.02850.x.
  84. Redecker D, Hijri I, Wiemken A. Molecular identification of arbuscular mycorrhizal fungi in roots: Perspectives and problems. Folia Geobotanica. 2003;38(2):113-124. doi: 10.1007/bf02803144.
  85. Ihrmark K, Bödeker ITM, Cruz-Martinez K, et al. New primers to amplify the fungal ITS2 region – evaluation by 454-sequencing of artificial and natural communities. FEMS Microbiol Ecol. 2012;82(3):666-677. doi: 10.1111/j.1574-6941.2012.01437.x.
  86. Badger JH, Wang Y, Huang Y, et al. Flooding Greatly Affects the Diversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi Communities in the Roots of Wetland Plants. PloS one. 2011;6(9):e24512. doi: 10.1371/journal.pone.0024512.
  87. Edgar RC, Haas BJ, Clemente JC, et al. UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection. Bioinformatics. 2011;27(16):2194-2200. doi: 10.1093/bioinformatics/btr381.
  88. Beaudet D, de la Providencia IE, Labridy M, et al. Intraisolate Mitochondrial Genetic Polymorphism and Gene Variants Coexpression in Arbuscular Mycorrhizal Fungi. Genome Biol Evol. 2015;7(1):218-227. doi: 10.1093/gbe/evu275.
  89. Liu L, Li Y, Li S, et al. Comparison of Next-Generation Sequencing Systems. J Biomed Biotechnol. 2012;2012:1-11. doi: 10.1155/2012/251364.
  90. Van Geel M, Busschaert P, Honnay O, Lievens B. Evaluation of six primer pairs targeting the nuclear rRNA operon for characterization of arbuscular mycorrhizal fungal (AMF) communities using 454 pyrosequencing. J Microbiol Methods. 2014;106:93-100. doi: 10.1016/j.mimet.2014.08.006.
  91. Sato K, Suyama Y, Saito M, Sugawara K. A new primer for discrimination of arbuscular mycorrhizal fungi with polymerase chain reaction-denature gradient gel electrophoresis. Grassl Sci. 2005;51(2):179-81. doi: 10.1111/j.1744-697X.2005.00023.x.
  92. Lekberg Y, Schnoor T, Kjøller R, et al. 454-sequen¬cing reveals stochastic local reassembly and high disturbance tolerance within arbuscular mycorrhizal fungal communities. J Ecol. 2012;100(1):151-160. doi: 10.1111/j.1365-2745.2011.01894.x.
  93. Van Tuinen D, Jacquot E, Zhao B, et al. Characterization of root colonization profiles by a microcosm community of arbuscular mycorrhizal fungi using 25S rDNA-targeted nested PCR. Mol Ecol. 1998;7(7):879-87. doi: 10.1046/j.1365-294x.1998.00410.x.
  94. Ebi.ac.uk [Internet]. The European Bioinformatics Institute [updated 2018 Feb 10; cited 2018 Mar 1]. Available from: https://www.ebi.ac.uk.
  95. Ddbj.nig.ac.jp [Internet]. DNA Data Bank of Japan [updated 2018 Feb 23; cited 2018 Mar 1]. Available from: https://www.ddbj.nig.ac.jp.
  96. Vasar M, Andreson R, Davison J, et al. Increased sequencing depth does not increase captured diversity of arbuscular mycorrhizal fungi. Mycorrhiza. 2017;27(8):761-773. doi: 10.1007/s00572-017-0791-y.
  97. Berruti A, Borriello R, Orgiazzi A, et al. Arbuscular Mycorrhizal Fungi and their Value for Ecosystem Management. 2014. doi: 10.5772/58231.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Схема молекулярно-генетической идентификации АМ-грибов

Скачать (260KB)
Метаданные

© Юрков А.П., Крюков А.А., Горбунова А.О., Кожемяков А.П., Степанова Г.В., Мачс Э.М., Родионов А.В., Шишова М.Ф., 2018

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах