The ITS1-5.8S rRNA gene -ITS2 sequence variability during the divergence of sweet-grass species (gen us Glyceria R. Br.)


Cite item

Full Text

Abstract

Comparative analysis of the sequence ITS1-5.8S rRNA gene-ITS2 of the nuclear genome of 13 species of genus Glyceria, 4 species of Melica and a species of monotypic genus Pleuropogon showed that the species of the genus Glyceria have 3 haplotypes: 1) Haplotype A was found only in species of the subgenus Glyceria section Glyceria (G. septentrionalis, G. fluitans, G. declinata, G. occidentalis, G. notata, G. borealis, G. leptostachya) and in Pleuropogon sabinii; 2) Haplotype C is characteristic of the subgenus Hydropoa, section Hydropoa (G. grandis, G. х amurensis, G. triflora, G. maxima) and sect. Lithuanicae (G. leptolepis); 3) Haplotype B is found in the species of the subgenus Hydropoa sections Striatae (G. elata, G. striata, G. neogaea, G. canadensis), Scolochloiformes (G. alnasteretum, G. spiculosa) and G. lithuanica of sect. Lithuanicae. Species carring haplotype B are located at the base of the phylogenetic tree of the genus Glyceria and/or clustered with low bootstrap indices. On the phylogenetic trees inferred by the analysis of the sequences ITS and 5.8S rDNA both sect. Glyceria and sect. Hydropoa represented two sister monophyly branches. The species Pleuropogon sabinii belong to the branch of subgenus Glyceria as a sister monotypic branch to the branch of the sect. Glyceria.

Keywords

About the authors

Alexander V Rodionov

V. L. Komarov Botanical Institute RAS, Saint-Petersburg, RF

Email: avrodionov@mail.ru

Armen R Kotsinyan

V. L. Komarov Botanical Institute RAS, Saint-Petersburg, RF

Email: avrodionov@mail.ru Professora Popova st., 2., St.Petersburg, 197376, Russia

Alexander A Gnutikov

V. L. Komarov Botanical Institute RAS, Saint-Petersburg, RF

Email: avrodionov@mail.ru Professora Popova st., 2., St.Petersburg, 197376, Russia

Marina A Dobroradova

Saint-Petersburg State University., Saint-Petersburg, RF

Email: avrodionov@mail.ru 7-9, Universitetskaya nab., St.Petersburg, 199034, Russia

Eduard M Machs

V. L. Komarov Botanical Institute RAS, Saint-Petersburg, RF

Email: Professora Popova st., 2., St.Petersburg, 197376, Russia

References

  1. Ким Е. С., Большева Н. Л., Саматадзе Т. Е. и др., 2009. Уникальный геном двухромосомных злаков Zingeria и Colpodium, его происхождение и эволюция // Генетика. Т. 45. С. 1506-1515.
  2. Комаров В. Л., 1934. Род 176. Манник - Glyceria R. Br. // Флора СССР. Т. 2 / Ред. В. Л. Комаров, Ленинград: Издательство Академии наук СССР. С. 449- 460.
  3. Родионов А. В., Ким Е. С., Носов Н. Н. и др., 2008. Молекулярно-филогенетическое исследование видов рода Colpodium sensu lato (Poeae, Poaceae) // Экологическая генетика. Т. 6. № 4. С. 34-46.
  4. Родионов А. В., Тюпа Н. Б., Ким Е. С. и др., 2005. Геномная конституция автотетраплоидного овса Avena macrostachya, выявленная путем сравнительного анализа последовательностей ITS1 и ITS2: к вопросу об эволюции кариотипов овсов и овсюгов на ранних этапах дивергенции видов рода Avena // Генетика. Т. 41. C. 646-656.
  5. Цвелев Н. Н., 2006. Краткий обзор рода манник Glyceria (Poaceae) // Бот. журн. Т. 91. С. 255-276.
  6. Шнеер В. С., 2009. ДНК штрихкодирование - новое направление в сравнительной геномике растений // Генетика. Т. 54. С. 1436-1448.
  7. Alvarez A. E., Wendel J. F., 2003. Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference // Molec. Phylogenet. Evol. Vol. 29. P. 417-434.
  8. Calonje M., Martin-Bravo S., Dobeš C. et al., 2009. Non-coding nuclear DNA markers in phylogenetic reconstruction // Plant Syst. Evol. Vol. 282. P. 257-280.
  9. Charch G. L., 1949. A cytotaxonomic study of Glyceria and Puccinellia// Am. J. Bot. Vol. 36. P. 155- 165.
  10. Coleman A. W., 2009. Is there a molecular key to the level of "biological species" in eukaryotes? A DNA guide // Molec. Phylogenet. Evol. Vol. 50. P. 197- 203.
  11. Gillespie L. J., Archambault A., Soreng R. J., 2007. Phylogeny of Poa (Poaceae) based on trnT-trnP sequence data: major clades and basal relationships // Monocots: comparative biology and evolution-Poales. /Eds. J. T. Columbus, E. A. Friar, J. M. Porter et al. Claremont, Calif.: Rancho Santa Ana Botanic Garden. P. 420-434.
  12. Koš M., Tollervey D., 2010. Yeast pre-rRNA processing and modification occur cotranscriptionally // Mol. Cell. Vol. 37. P. 809-820.
  13. Mejia-Saules T., Bisby F., 2000. A. preliminary views on the tribe Meliceae (Gramineae: Pooideae) // Grasses: systematics and evolution / Eds. S. W. L. Jacobs, J. Everett. Collingwood, VIC, Australia: CSIRO Publishing. P. 83-88.
  14. Nieto Feliner G., Rosello J. A., 2007. Better the devil you know? Guidelines for insightful utilization of nrDNA ITS in species-level evolutionary studies in plants // Molec. Phylogenet. Evol. Vol. 44. P. 911-919.
  15. Ridgway K. P., Duck J. M., Young J. P. W., 2003. Identification of roots from grass swards using PCR RFLP and FFLP of the plastid trnL (UAA) intron // BMC Ecol. Vol. 3. P. 8.
  16. Schneider J., Doring E., Hilu K. W., Roser M. 2009. Phylogenetic structure of the grass subfamily Pooideae based on comparison of plastid matK gene-3' trnK exon and nuclear ITS sequences // Taxon. Vol. 58. P. 405- 424.
  17. Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S., 2007. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) soft ware version 4.0 // Mol. Biol. Evol. Vol. 24. P. 1596- 1599.
  18. Tzvelev N. N., 1989. The system of Grasses (Poaceae) and their evolution // Botanical Review. Vol. 55. P. 141- 203.
  19. Whipple I. G., Barkworth M. E., Bushman B. S., 2007. Molecular insights into the taxonomy of Glyceria (Poaceae: Meliceae) in North America // Am. J. Bot. Vol. 94. P. 551-557.
  20. White T. J., Bruns T., Lee S., Taylor J., 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics // PCR Protocols: a Guide to Methods and Applications / Eds M. A. Innis, D. H. Gelfand,J. J. Sninsky, T. J. White. San Diego: Academic Press Inc. P. 315-322.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2011 Rodionov A.V., Kotsinyan A.R., Gnutikov A.A., Dobroradova M.A., Machs E.M.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».