Using the SSAP analysis for the primary localization of the cdt (cadmium tolerance) mutation in pea linkage group VI


Cite item

Full Text

Abstract

To localize the cdt mutation leading to an increased cadmium tolerance in the pea mutant and an increased cadmium accumulation in the biomass, F2 and F3 progenies from crosses between the mutant SGECdt line and the JI 281 line were analyzed. The joint inheritance of 89 SSAP (sequence specific amplified polymorphism) markers, by which the analyzed lines differed, and the mutant trait of cadmium tolerance was performed. The linkage between the trait of cadmium tolerance and 4 SSAP markers: Tps1/146+, Tps1/167+,Tps1/44+ and Tps1/58+, localized in VI pea linkage group, was shown. Thus, prospects of using SSAP analysis for primary localization of a mutation in the linkage group were demonstrated.

Keywords

About the authors

Viktor E Tsyganov

All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Saint-Petersburg, RF

Email: viktor_tsyganov@arriam.spb.ru

Olga A Kulaeva

All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Saint-Petersburg, RF

Email: koa1983@yandex.ru Podbelskiy chausse, 3, Saint-Petersburg, Pushkin, 196608, Russia

Maggie Knox

 John Innes Centre, Norwich, UK

Email: maggie.knox@bbsrc.ac.uk

Aleksey U Borisov

All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Saint-Petersburg, RF

Email: ayborisov@yandex.ru

Igor A Tikhonovich

All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Saint-Petersburg, RF

Email: arriam@arriam.spb.ru. contact@arriam.spb.ru Podbelskiy Ch., 3, Saint-Petersburg, Pushkin-8

Tomas N Ellis

Institute of Biological, Environmental and Rural Sciences, Aberystwyth, UK

Email: noe2@aber.ac.uk

References

  1. Кулаева О. А., Цыганов В. Е., 2010. Молекулярно-генетические основы устойчивости высших растений к кадмию и его аккумуляции//Экол. генетика. Т. 8. С. 3-15.
  2. Чегамирза К., Ковеза О. В., Коновалов Ф. А., Гостимский С. А., 2004. Идентификация и локализация гена chi115 и сцепленных с ним ДНК-маркеров у гороха посевного (Pisum sativum L.)//Генетика. Т. 40. С. 909-915.
  3. Konovalov F., Toshchakova E., Gostimsky S., 2005. A CAP S marker set for mapping in linkage group III of pea (Pisum sativum L.)//Cell. Mol. Biol. Lett. V. 10. P. 163-171.
  4. Kumar A., Pearce S. R., McLean K., et al., 1997. The Tyl copia group of retrotransposons in plants: genomic organisation, evolution, and use as molecular markers//Genetica. Vol. 100. P. 205-217.
  5. Rozov S. M., Borisov A. Y., Tsyganov V. E., Kosterin O. E., 1999. The history of the pea gene map: last revolutions and the new symbiotic genes//Pisum Genet. Vol. 31. P. 55-57.
  6. Sambrook J., Fritsch E. F., Maniatis T., 1989. Molecular cloning: a laboratory manual (2nd edn.). Cold Spring Harbor N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
  7. SanMiguel P., Tikhonov A., Jin Y. K. et al., 1996. Nested retrotransposons in the intergenic regions of the maize genome//Science. Vol. 274. P. 765-768.
  8. Schulman A. H., Flavell A. J., Ellis T. H., 2004. The application of LTR retrotransposons as molecular markers in plants//Methods Mol. Biol. Vol. 260. P. 145-173.
  9. Suoniemi A., Anamthawat Jonsson K., Arna T., Schulman A. H., 1996. Retrotransposon BARE-1 is a major, dispersed component of the barley (Hordeum vulgare L.) genome//Plant Mol. Biol. Vol. 30, P. 1321-1329.
  10. Tsyganov V. E., Pavlova Z. B., Kravchenko L. V. et al., 2000. New gene Crt (curly roots) controlling pea (Pisum sativum L.) root development//Ann. Bot. Vol. 86. P. 975 981.
  11. Tsyganov V., Belimov A., Borisov A. et al., 2007. A chemically induced new pea (Pisum sativum) mutant SGECdt with increased tolerance to, and accumulation of, cadmium//Ann. Bot. Vol. 99. P. 227-237.
  12. Vershinin A.V., Allnutt T.R., Knox M.R. et al., 2003. Transposable elements reveal the impact of introgression, rather than transposition, in Pisum diversity, evolution, and domestication//Mol. Biol. Evol. Vol. 20. P. 2067-2075.
  13. Vos P., Hogers R., Bleeker M. et al., 1995. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting//Nucl. Acid Res. Vol. 23. P. 4407-4414.
  14. Watanabe A., Ito H., Chiba M. et al., 2010. Isolation of novel types of Arabidopsis mutants with altered reactions to cadmium: cadmium gradient agar plates are an effective screen for the heavy metal related mutants//Planta. Vol. 232. P. 825-836.
  15. Waugh, R., McLean K., Flavell A. J. et al., 1997. Genetic distribution of Bare-1-like retrotransposable elements in the barley genome revealed by sequence specific amplification polymorphisms (SSAP)//Mol. Gen. Genet. Vol. 253. P. 687-694.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2012 Tsyganov V.E., Kulaeva O.A., Knox M., Borisov A.U., Tikhonovich I.A., Ellis T.N.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».