Chloroplast microsatellites in barley: the reduction of variability spectrum in cultivated forms


Cite item

Full Text

Abstract

The chloroplast genomes of 67 accessions of Hordeum vulgare L were surveyed for simple sequence repeat polymorphism. Seven SSR loci were investigated, trnL/trnF and psbI-trnS intergenic regions, as well as two regions 3' trnS genes were polymorphic. The rare variants of these loci were revealed and five rare accessions were found. Our results show an extremely low level of cpDNA polymorphism of cultivated barley.

About the authors

Natalia V Lukhanina

Institute of Genetics and Cytology of the NASB, Minsk, Republic of Belarus

Email: cytoplasmic@mail.ru

Marina G Sinyavskaya

Institute of Genetics and Cytology of the NASB, Minsk, Republic of Belarus

Email: cytoplasmic@mail.ru

Inessa M Goloenko

Institute of Genetics and Cytology of the NASB, Minsk, Republic of Belarus

Email: cytoplasmic@mail.ru

Oleg G Davydenko

Institute of Genetics and Cytology of the NASB, Minsk, Republic of Belarus

Email: cytoplasmic@mail.ru

References

  2. Давыденко О.Г. Роль цитоплазматической изменчивости в эволюции и селекции растений.//Цитология и генетика. -1989. -Т. 24. -С. 66-76.
  3. Даниленко Н.Г., Давыденко О.Г. Миры геномов органелл. -Минск: Технология, 2003. -494 с.
  4. Рыжова Н.Н., Кочиева Е.З. Анализ микросателлитных локусов хлоропластного генома перца (род Capsicum).//Генетика. -2004. -T. 40, № 8. -C. 1093-1098.
  5. Aoki K., Suzuki T., Murakami N. Intraspecific sequence variation of chloroplast DNA among the component species of evergreen broad-leaved forests in Japan.//J. Plant Res. -2003. -Vol. 116. -P. 337-344.
  6. Chen J., Tauer C.G., Huang Y. Paternal chloroplast inheritance patterns in pine hybrids detected with trnL-trnF intergenic region polymorphism.//Theoretical and Applied Genetics. -2002. -Vol. 104. -P. 1307-1311.
  7. Dane F., Lang P., Bakhtiyarova R. Comparative analysis of chloroplast DNA variability in wild and cultivated Citrullus speciaes.//Theoretical and Applied Genetics. -2003. -Vol. 108. -P. 958-966.
  8. Edwards K., Johnstone C., Thompson C. A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis.//Nucleic Acids Res. -1991. -Vol. 19. -P. 1349.
  9. Goloenko I.M., Teljatnicova A.A., Lukhanina N.V., Davydenko O.G. Some nuclei-cytoplasmic combinations of barley substituted lines collection change the productivity characteristics.//In Genetic Collection, Isogenic and Alloplasmic Lines: Proc. Intern. Conf. Jul 30-Aug 3, 2001. -Novosibirsk, 2001 -P. 70-74.
  10. Ishii T., Mori N., Ogihara Y. Evaluation of allelic diversity at chloroplast microsatellite loci among common wheat and its ancestral species.//Theoretical and Applied Genetics. -2001. -Vol. 103. -P. 896-904.
  11. Molina-Cano J.-L., Russell J.R., Moralejo M.A. et al. Cloroplast DNA microsatellite analysis supports a polyphyletic origin for barley.//Theoretical and Applied Genetics. -2005. -Vol. 110. -P. 613-619.
  12. Nei M. Definition and estimation of fixation indices.//Evolution -1986. -Vol. 40. -P. 643-645.
  13. Nesbitt T.C., Tanksley S.D. Comparative sequencing in the genus Lycopersicon: Implications for the evolution of fruit size in the domestication of cultivated tomatoes.//Genetics. -2002. -Vol. 162. -P. 365-379.
  14. Nevo E., Beharav A., Meyer R.C. et al. Genomic microsatellite adaptive divergence of wild barley by microclimatic stress in Evolution Canyon, Israel.//Biological Journal of the Linnean Society. -2005. -Vol. 84. -P. 205-224.
  15. Ogihara Y., Isono K., Kojima T. et al. Structural features of a wheat plastome as reveald by complete sequencing of chloroplast DNA.//Mol. Genet. Genomics. -2002. -Vol. 266. -P. 740-746.
  16. Provan J., Pamela M. Biss, Darragh Mc Meel et al. Universal primers for the amplification of chloroplast microsatellites in grasses (Poaceae).//Molecular Ecology Notes. -2004. -Vol.4. -P. 262-264.
  17. Provan J., Powell W., Dewar H. et al. An extreme cytoplasmic bottleneck in the modern European cultivated potato (Solanum tuberosum) is not reflected in decreased levels of nuclear diversity.//Genetics. -1999a. -Vol. 266. -P. 633-639.
  18. Provan J., Russell J.R., Booth A., Powell W. Polymorphic chloroplast simple sequence repeat primers for systematic and population studies in the genus Hordeum.//Molecular Ecology. -1999b. -Vol. 8. -P. 505-511.
  19. Russell J.R., Booth A., Fuller J.D. et al. Patterns of polymorphism detected in the chloroplast and nuclear genomes of barley landraces sampled from Syria and Iordan.//Theoretical and Applied Genetics. -2003. -Vol. 107, N 3. -P. 413-421.
  20. Tsunewaki K. Genetic diversity of the cytoplasm in Triticum and Aegilops. -Tokyo: Japan. Soc. Prom. Sci., 1980. -190 p.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2006 Lukhanina N.V., Sinyavskaya M.G., Goloenko I.M., Davydenko O.G.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».