The last system by Cavalier-Smith

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

At the end of 2022, after the death of T. Cavalier-Smith, his fundamental synthesis under the title “Ciliary transition zone evolution and the root of the eukaryote tree: implications for opisthokont origin and classification of kingdoms Protozoa, Plantae, and Fungi” was published on the “Protoplasma” pages. This work highlights the organization of the transition zone of the eukaryotic flagellum and provides a new author’s system for this domain. Since the analysis of this heuristically important paper was not included in any memorial essay dedicated to Cavalier-Smith published in 2021–2022, this writing is dedicated to attempt of such an analysis. In addition, a glossary is provided containing specific terms introduced by Cavalier-Smith, which will help to better navigate the theoretical heritage of this scientist.

About the authors

Ivan V. Zmitrovich

Komarov Botanical Institute of the Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: iv_zmitrovich@mail.ru

D.Sc. in Biology, Leading Researcher, Laboratory of Systematics and Geography of the Fungi

Russian Federation, St. Petersburg

Vladimir V. Perelygin

Saint Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University

Email: vladimir.pereligin@pharminnotech.com

Dr. Med. Sci., Professor, Head of the Industrial Ecology Department

Russian Federation, St. Petersburg

Mikhail V. Zharikov

Saint Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University

Email: zharikov.mihail@pharminnotech.com

Master of the Department of Industrial Ecology

Russian Federation, St. Petersburg

References

  1. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. To the 80th anniversary of Professor Thomas Cavalier-Smith. Pharmacy Formulas. 2022. М. 4(4). P. 86–96. doi: 10.17816/phf321799. (In. Russ).
  2. Cavalier-Smith T. Ciliary transition zone evolution and the root of the eukaryote tree: implications for opisthokont origin and classification of kingdoms Protozoa, Plantae, and Fungi. Protoplasma. 2022. V. 259. P. 487–593. doi: 10.1007/s00709-021-01665-7
  3. Cavalier-Smith T. Kingdom Chromista and its eight phyla: a new synthesis emphasising periplastid protein targeting, cytoskeletal and periplastid evolution, and ancient divergences. Protoplasma. 2018. V. 255. P. 297–357. doi: 10.1007/s00709-017-1147-3
  4. Cavalier-Smith T., Chao E. E., Lewis R. Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organization of sister phyla Cercozoa and Retaria. Protoplasma. 2018. V. 255. P. 1517–1574. doi: 10.1007/s00709-018-1241-1
  5. Cavalier-Smith T., Chao E. Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (eukaryotes, archaebacteria). Protoplasma. 2020. V. 257 (3). P. 621–753. doi: 10.1007/s00709-019-01442-7
  6. Derelle R., Torruella G., Klimeš V., Eliáš M. Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root. PNAS. 2015. V. 112 (7). P. E693–E699. doi: 10.1073/pnas.1420657112
  7. Gawryluk R. M.R., Tikhonenkov D. V., Hehenberger E., Husnik F., Mylnikov A. P., Keeling P. J. Non-photosynthetic predators are sister to red algae. Nature. 2019. V. 572. P. 240–243. doi: 10.1038/s41586-019-1398-6
  8. Cavalier-Smith T. A revised six-kingdom system of life. Biol. Rev. 1998. V. 73. P. 203–266.
  9. Cavalier-Smith T. Only six kingdoms of life. Proc. Biol. Sci. 2004. V. 271 (1545). P. 1251–1262. doi: 10.1098/rspb.2004.2705
  10. Cavalier-Smith T. Higher classification and phylogeny of Euglenozoa. Eur. J. Protistol. 2016. V. 56. P. 250–276. doi: 10.1016/j.ejop.2016.09.003
  11. Cavalier-Smith T., Chao E. E., Lewis R. Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista. Molec. Phylog. Evol. 2015. 93: 331–362. doi: 10.1016/j.ympev.2015.07.004
  12. Karpov S. A., Cvetkova V. S., Annenkova N. V., Vishnyakov A. E. Kinetid structure of Aphelidium and Paraphelidium (Aphelida) suggests the features of the common ancestor of Fungi and Opisthosporidia. J. Eukaryot. Microbiol. 2019. V. 66. P. 911–924. doi: 10.1111/jeu.12742
  13. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. Nomenclature and rank correlation of higher taxa of eukaryotes: monograph. Moscow: INFRA-M, 2022. 183 p. (Folia Cryptogamica Petropolitana, No. 8)
  14. Cavalier-Smith T. Cell diversification in heterotrophic flagellates. In: D. J. Patterson, J. Larsen (eds). The Biology of free-living heterotrophic flagellates. Oxford University Press, 1991, pp. 113–131.
  15. Cavalier-Smith T., Chao E. E., Stechmann A., Oates B., Nikolaev S. Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): ultrastructural affinity with Micronuclearia podoventralis and deep divergences within Planomonas gen. nov. Protist. 2008. V. 159 (4):535–562. doi: 10.1016/j.protis.2008.06.002
  16. Cavalier-Smith T. Eukaryotes with no mitochondria. Nature. 1987. V. 326 (6111). P. 332–333. doi: 10.1038/326332a0
  17. Cavalier-Smith T. Amoeboflagellates and mitochondrial cristae in eukaryote evolution: megasystematics of the new protozoan subkingdoms Eozoa and Neozoa. Archiv für Protistenkunde 1997. V. 147(3–4). P. 237–258. doi: 10.1016/S0003-9365(97)80051-6
  18. Cavalier-Smith T. Megaphylogeny, cell body plans, adaptive zones: causes and timing of eukaryote basal radiations. J. Eukaryot. Microbiol. 2009. V. 56 (1). P. 26–33. doi: 10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x
  19. Cavalier-Smith T. Eukaryote kingdoms: seven or nine? Biosystems. 1981. V. 14(3–4). P. 461–481. doi: 10.1016/0303-2647(81)90050-2
  20. Cavalier-Smith T., Chao, Ema E.-Y., Oates B. Molecular phylogeny of Amoebozoa and the evolutionary significance of the unikont Phalansterium. European Journal of Protisto logy. 2004. V. 40. P. 21–48. doi: 10.1016/j.ejop.2003.10.001
  21. Cavalier-Smith T. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2002. V. 52(Pt 2). P. 297–354. doi: 10.1099/00207713-52-2-297
  22. Cavalier-Smith T. The kingdom Chromista. In: The chromophyte algae: problems and perspectives. Clarendon Press, Oxford, 1989, pp. 379–405.
  23. Cavalier-Smith T. The excavate protozoan phyla Metamonada Grassé emend. (Anaeromonadea, Parabasalia, Carpediemonas, Eopharyngia) and Loukozoa emend. (Jakobea, Malawimonas): their evolutionary affinities and new higher taxa. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003. V. 53(Pt 6). P. 1741–1758. doi: 10.1099/ijs.0.02548-0
  24. Cavalier-Smith T. Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa. European Journal of Protistology. 2013. V. 49 (2). P. 115–178. doi: 10.1016/j.ejop.2012.06.001
  25. Cavalier-Smith T., Chao E. E., Lewis R. Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista. Molecular Phylogenetics and Evolution. 2015. V. 93. P. 331–362. doi: 10.1016/j.ympev.2015.07.004
  26. Cavalier-Smith T. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. Biol Lett. 2010. V. 6(3). P. 342–345 doi: 10.1098/rsbl.2009.0948
  27. Cavalier-Smith T. Kingdom Protozoa and its 18 phyla. Microbiol. Rev. 1993. V. 57. P. 953–994. doi: 10.1128/mr.57.4.953-994.199
  28. Cavalier-Smith T. The kingdom Chromista: origin and systematic. In: F. E. Round, D. J. Chapman (eds). Progress in Phycological Research. V. 4. Bristol, 1986, pp. 309–347.
  29. Cavalier-Smith T., Chao E., Snell E. A., Berney Cédric, Fiore-Donno A. M., Lewis R. Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 2014. V. 81. P. 71–85. doi: 10.1016/j.ympev.2014.08.012
  30. Jewari C. A. I., Baldauf S. L. An excavate root for the eukaryote tree of life. Sci. Adv. 2023. V. 9, eade4973. doi: 10.1126/sciadv.ade4973
  31. Yazaki E., Yabuki A., Imaizumi A. et al. The closest lineage of the Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris. Open Biology. 2022. V. 12. P. 210376. doi: 10.1098/rsob.210376

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. Five kingdoms of eukaryotes (Protozoa, Animalia, Fungi, Chromista, Plantae) and the main events in their evolution (cross bars) in the last Cavalier-Smith system [2]

Download (231KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2024 Eco-Vector

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».