To the 80th anniversary of Professor Thomas Cavalier-Smith (1942–2021)

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

The present essay is dedicated to one of the most famous evolutionary biologists of recent decades, Thomas Cavalier-Smith, one of the founders of eukaryotic megasystematics. His theoretical work was devoted to various aspects of the origin of the cell and the evolution of the genome, and the main thing was the improvement of eukaryotic megasystematics. Cavalier-Smith’s thinking style was characterized by a detailed elaboration of data from various disciplines, including cell biology, biochemistry, molecular evolution, protistology, microbiology, and paleontology. He had an encyclopedic outlook, a lively mind and was alien to dogmatism. His peculiar cognitive method was to put forward and then test extravagant evolutionary hypotheses. The theoretical heritage of Cavalier-Smith has influenced several generations of researchers and the landscape of modern theoretical biology. The life of Cavalier-Smith is a perfect example of endless dedication and a sense of professional duty.

Full Text

##article.viewOnOriginalSite##

About the authors

Ivan V. Zmitrovich

Komarov Botanical Institute of the Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: iv_zmitrovich@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3927-2527
SPIN-code: 4155-3190
Scopus Author ID: 56521442400
ResearcherId: I-1523-2013
https://binran.ru/sotrudniki/4926/

D.Sc. in Biology, Leading Researcher, Laboratory of Systematics and Geography of the Fungi

Russian Federation, St. Petersburg

Vladimir V. Perelygin

Saint Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University

Email: vladimir.pereligin@pharminnotech.com
ORCID iD: 0000-0002-0999-5644
Scopus Author ID: 13105602000
ResearcherId: AAV-6556-2020
https://sites.google.com/a/pharminnotech.com/pesocnica-pe/sotrudniki-kafedry/perlygin-vladimir-veniaminovich

Doctor of Medicine (MD), Professor, Head of the Industrial Ecology Department

Russian Federation, Saint Petersburg

Mikhail V. Zharikov

Saint Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University

Email: zharikov.mihail@pharminnotech.com
ORCID iD: 0000-0003-0720-501X
SPIN-code: 7818-7228
ResearcherId: AAS-9156-2021

Master of the Department of Industrial Ecology

Russian Federation, Saint Petersburg

References

  1. Cavalier-Smith T. Organelle development in Chlamydomonas reinhardii. PhD thesis. Cambridge, 1967.
  2. Cavalier-Smith T. Electron microscopic evidence for chloroplast fusion in zygotes of Chamydomonas reinchardii. Nature. 1970. V. 228. P. 333–335.
  3. Smirnov A. V., Zlatogursky V. V., Karpov S. A. et al. In Memoriam: Professor Thomas Cavalier-Smith, FRS, FRSC (1942 – 2021). Protistology. 2021. 15(1): 46–48.
  4. Takhtadjan A. L. Four kingdoms of the organic world. Priroda. 1973. N 2. P. 22–32 (in Russ.).
  5. Cavalier-Smith T. The origin of nuclei and eukaryotic cells. Nature. 1975. V. 256. P. 463–468.
  6. Cavalier-Smith T. Eukaryote kingdoms: seven or nine? Bio Systems. 1981. V. 14. P. 461–484.
  7. Cavalier-Smith T. The origin and early evolution of the eukaryotic cell. In: Carlile M. J., Collins J., Moseley B. E. B. (eds). Molecular and cellular aspects of microbial evolution. Cambridge University Press, 1981, Cambridge, pp. 33–84.
  8. Starobogatov Ya.I. The position of flagellated protists in the system of lower eukaryotes. Cytology. 1995. V. 37. P. 1030–1035.
  9. Cavalier-Smith T. Deep phylogeny, ancestral groups and the four ages of life. Philosophical Transactions of the Royal Society. 2010. V. 365. P. 111–132. https://doi.org/10.1098/rstb.2009.0161
  10. Cavalier-Smith T., Chao E. Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (eukaryotes, archaebacteria). Protoplasma. 2020. V. 257 (3). P. 621–753. https://doi.org/10.1007/s00709-019-01442-7
  11. Jeffrey C. Thallophytes and kingdoms – a critique. Kew. Bull. 1971. V. 25. P. 291–299.
  12. Edwards P. A classification of plants into higher taxa based on cytological and biochemical criteria. Taxon. 1976. V. 25. P. 529–542.
  13. Taylor F. G. R. Problems in the development of an explicit hypothetical phylogeny of the lower eukaryotes. BioSystems. 1978. Vol. 10. P. 67–89.
  14. Cavalier-Smith T. The evolutionary origin and phylogeny of microtubules spindles and eukaryotic flagella. BioSystems. 1978. V. 1. P. 93–114.
  15. Demoulin V. The origin of Ascomycetes and Basidiomycetes. The case for a red algal ancestry. Bot. Rev. 1974. V. 40. P. 315–345.
  16. Cavalier-Smith T. Eukaryote kingdoms: seven or nine? Bio Systems. 1981. V. 14. P. 461–484.
  17. Vasiliev A. E. On the primitive features of fungal cell organization and the origin of eukaryotes. Botanicheskiy zhurnal. 1985. V. 70 (9). P. 1145–1156 (in Russ.).
  18. Cavalier-Smith T. A 6-kingdom classification and a unified phylogeny. In: H. E. A. Schenk, W. Schwemmler (eds). Endocytobi-ology II. De Gruyter, Berlin, 1983, pp. 1027–1034.
  19. Cavalier-Smith T. Kingdom Protozoa and its 18 phyla. Microbiol. Rev. 1993. V. 57. P. 953–994. https://doi.org/10.1128/mr.57.4.953-994.199
  20. Doolittle W.F. Genes in pieces: Were they ever together? Nature. 1978. V. 272. P. 581–582. https://doi.org/10.1038/272581a0.
  21. Darnell J.E.J. Implications of RNA-RNA splicing in evolution of eukaryotic cells. Science. 1978. V. 202. P. 1257–1260.
  22. Gilbert W. The exon theory of genes. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1987. V. 52. P. 901–905.
  23. Cavalier-Smith T. Intron phylogeny: a new hypothesis. Trends Genet. 1991. V. 7. P. 145–148.
  24. Huff J., Zilberman D., Roy S. Mechanism for DNA transposons to generate introns on genomic scales. Nature. 2016. V. 538. P. 533–536. https://doi.org/10.1038/nature20110
  25. Woese C. R., Kandler O., Wheelis M. L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eukarya. PNAS. 1990. V. 87(12). P. 4576–4579. https://doi.org/10.1073/pnas.87.12.4576
  26. Cavalier-Smith T. Bacteria and eukaryotes. Nature. 1992. V. 356. P. 570. https://doi.org/10.1038/356570a0
  27. Cavalier-Smith T. Evolution of the eukaryotic genome. In: Broda P., Oliver S. G., Sims P. (eds). The eukaryo tic genome. Cambridge: Cambridge University Press, 1993а, 333–385.
  28. Cavalier-Smith T. A revised six-kingdom system of life. Biol. Rev. 1998. V. 73. P. 203–266.
  29. Chadefaud M. Les cellules nageuses des Algues dans l’embranchement des Chromophycées. Comptes rendus hebdomadaires des séances de l’Académie des Sciences. 1950. V. 231. P. 788–790.
  30. Cavalier-Smith T. Megaphylogeny, cell body plans, adaptive zones: causes and timing of eukaryote basal radiations. J. Eukaryot. Microbiol. 2009. V. 56 (1). P. 26–33. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x
  31. Cavalier-Smith T. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. Biol. Lett. 2010. V. 6 (3). P. 342–345. https://doi.org/10.1098/rsbl.2009.0948
  32. Cavalier-Smith T., Chao E.E., Lewis R. Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista. Molec. Phylog. Evol. 2015. 93: 331–362. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2015.07.004
  33. Roger A. J. Thomas Cavalier-Smith (1942–2021). Current Biology. 2021. V. 31. N 16. P. R977–R981. https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.07.009
  34. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. Nomenclature and rank correlation of higher taxa of eukaryo tes: monograph. INFRA-M, Moscow, 2022. 183 p. (Folia Cryptogamica Petropolitana N 8).

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. Cavalier-Smith (1942 – 2021). Painter – Mustafayeva Olga

Download (299KB)
Indexing metadata
3. Fig. 2. Diversification of cell body plans of prokaryotic cells and the main life boundary (prokaryotes/eukaryotes) according to Cavalier-Smith [9]. The gray vertical line indicates an informal (non-phylogenetic) “neomura” grouping, the arrows indicate the direct phyliation of taxa and organelles (symbiogenesis), and the cross-strokes indicate the main progressive events in evolution

Download (218KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2022 Eco-Vector

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».