ИCПОЛЬЗОВАНИЕ ПАТТЕРНОВ АМИНОКИСЛОТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДЛЯ ПОИСКА И ДИЗАЙНА АНТИМИКРОБНЫХ ПЕПТИДОВ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Природные антимикробные пептиды (АМП) чрезвычайно разнообразны, однако все они имеют общие структурные и функциональные характеристики. В попытке определить, что именно лежит в основе схожего механизма действия негомологичных молекул, мы провели детальный анализ паттернов в аминокислотных последовательностях АМП. Мы обнаружили что аминокислотные последовательности природных АМП обладают характерными паттернами, и эти паттерны различны для пептидов с α-спиральной and β-листовой структурой. Мы показали, как паттерны могут быть эффективно использованы для поиска последовательностей новых АМП в базах данных. Затем мы использовали паттерны для дизайна новых пептидов, которые были синтезированы и экспериментально исследованы. Наиболее активный из синтетических пептидов проявил антимикробную активность по отношению к Грам(+) и Грам(-) патогенам на уровне лучших природных АМП.

Об авторах

И Е Елисеев

Лаборатория нанобиотехнологий, ФГБУ ВОН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет РАН»

И Н Тертеров

Лаборатория нанобиотехнологий, ФГБУ ВОН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет РАН»

О В Шамова

ФГБНУ «Институт экспериментальной медицины»

Список литературы

  1. Zelezetsky I, Tossi A. Alpha-helical antimicrobial peptides - using a sequence template to guide structure-activity relationship studies. Biochim. Biophys. Acta. 2006;1758:1436-1449.
  2. Yount NY, Yeaman MR. Multidimensional signatures in antimicrobial peptides. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004;101:7363-7368.
  3. Rigoutsos I, Floratos A. Combinatorial pattern discovery in biological sequences: the TEIRESIAS algorithm. Bioinformatics. 1998;14:55-67.
  4. Loose C, Jensen K, Rigoutsos I, Stephanopoulos G. A linguistic model for the rational design of antimicrobial peptides. Nature. 2006;443:867-869.
  5. Wang G, Li X, Wang Z. APD2: the updated antimicrobial peptide database and its application in peptide design. Nucleic Acids Res. 2009;37:D933-D937.
  6. Eliseev IE, Terterov IN, Yudenko AN, Shamova OV. Linking sequence patterns and functionality of alpha-helical antimicrobial peptides. Bioinformatics. 2018. bty1048 (epub ahead of print).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Елисеев И.Е., Тертеров И.Н., Шамова О.В., 2019

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».