Исследование генетического разнообразия риновирусов человека на территории Санкт-Петербурга в 2021–2022 гг.
- Авторы: Ксенафонтов А.Д.1, Писарева М.М.1, Едер В.А.1, Мусаева Т.Д.1, Киселева И.В.2,3
-
Учреждения:
- Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева
- Институт экспериментальной медицины
- Санкт-Петербургский государственный университет
- Выпуск: Том 22, № 2 (2022)
- Страницы: 89-96
- Раздел: Оригинальные исследования
- URL: https://journals.rcsi.science/MAJ/article/view/108734
- DOI: https://doi.org/10.17816/MAJ108734
- ID: 108734
Цитировать
Аннотация
Обоснование. Риновирусы — одни из наиболее распространенных респираторных патогенов, поэтому необходимо постоянно исследовать циркуляции их видов и типов.
Цель статьи — изучение циркуляции различных видов и типов риновирусов в Санкт-Петербурге.
Материалы и методы. Детекцию риновирусов проводили методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени коммерческими наборами «АмплиСенс ОРВИ-скрин-FL» (Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва); исследование генетического разнообразия риновирусов осуществляли секвенированием по методу Сэнгера; применяли программы: выравнивание полученных последовательностей — MAFFT, построение филогенетического дерева — RAxML, визуализация — FigTree.
Результаты. На территории Санкт-Петербурга определен наиболее распространенный вид риновируса — HRV-A; типы риновирусов практически не повторяются.
Заключение. На территории Санкт-Петербурга генетическое разнообразие риновирусов представлено очень широко. С декабря 2020 по октябрь 2021 г. было типировано 70 риновирусов, самыми распространенными оказались риновирусы вида HRV-A (38 риновирусов, или 54 %). HRV-C и HRV-B детектированы в равном количестве (по 16 риновирусов, или 23 % каждый). Построены филогенетические деревья генетических типов риновирусов видов A, B и C. Типы риновирусов высоко вариабельны, что осложняет их изучение и разработку вакцин против них. Тем не менее риновирусы существенно влияют на эпидемиологическую ситуацию, риновирусные инфекции могут приводить к серьезным последствиям для здоровья, поэтому их необходимо изучать.
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Андрей Дмитриевич Ксенафонтов
Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева
Автор, ответственный за переписку.
Email: ksenandrey@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-4532-6210
аспирант, лаборант-исследователь
Россия, Санкт-ПетербургМария Михайловна Писарева
Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева
Email: maria.pisareva@influenza.spb.ru
ORCID iD: 0000-0002-1499-9957
SPIN-код: 9662-5361
Scopus Author ID: 6506831021
канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник
Россия, Санкт-ПетербургВероника Анатольевна Едер
Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева
Email: veronika.eder@influenza.spb.ru
ORCID iD: 0000-0002-9970-3325
SPIN-код: 4793-1377
д-р биол. наук, старший научный сотрудник
Россия, Санкт-ПетербургТамила Даировна Мусаева
Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева
Email: tamilamusaeva94@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3050-1936
SPIN-код: 3767-2899
Scopus Author ID: 57189459858
младший научный сотрудник
Россия, Санкт-ПетербургИрина Васильевна Киселева
Институт экспериментальной медицины; Санкт-Петербургский государственный университет
Email: irina.v.kiseleva@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3892-9873
SPIN-код: 7857-7306
Scopus Author ID: 7102041346
д-р биол. наук, профессор, заведующая лабораторией
Россия, Санкт-Петербург; Санкт-ПетербургСписок литературы
- Chonmaitree T., Alvarez-Fernandez P., Jennings K. et al. Symptomatic and asymptomatic respiratory viral infections in the first year of life: association with acute otitis media development // Clin. Infect. Dis. 2015. Vol. 60, No. 1. P. 1–9. doi: 10.1093/cid/ciu714
- Cho G.S., Moon B.J., Lee B.J. et al. High rates of detection of respiratory viruses in the nasal washes and mucosae of patients with chronic rhinosinusitis // J. Clin. Microbiol. 2013. Vol. 51, No. 3. P. 979–984. doi: 10.1128/JCM.02806-12
- Miller E.K., Gebretsadik T., Carroll K.N. et al. Viral etiologies of infant bronchiolitis, croup and upper respiratory illness during 4 consecutive years // Pediatr. Infect. Dis. J. 2013. Vol. 32, No. 9. P. 950–955. doi: 10.1097/INF.0b013e31829b7e43
- Jain S., Self W.H., Wunderink R.G. et al. CDC EPIC Study Team. Community-acquired pneumonia requiring hospitalization among U.S. adults // N. Engl. J. Med. 2015. Vol. 373, No. 5. P. 415–427. doi: 10.1056/NEJMoa1500245
- Jain S., Williams D.J., Arnold S.R. et al. CDC EPIC Study Team. Community-acquired pneumonia requiring hospitalization among U.S. children // N. Engl. J. Med. 2015. Vol. 372, No. 9. P. 835–845. doi: 10.1056/NEJMoa1405870
- Greve J.M., Davis G., Meyer A.M. et al. The major human rhinovirus receptor is ICAM-1 // Cell. 1989. Vol. 56, No. 5. P. 839–847. doi: 10.1016/0092-8674(89)90688-0
- Jensen L.M., Walker E.J., Jans D.A., Ghildyal R. Proteases of human rhinovirus: role in infection // Methods Mol. Biol. 2015. Vol. 1221. P. 129–141. doi: 10.1007/978-1-4939-1571-2_10
- Tam J.C., Bidgood S.R., McEwan W.A., James L.C. Intracellular sensing of complement C3 activates cell autonomous immunity // Science. 2014. Vol. 345, No. 6201. P. 1256070. doi: 10.1126/science.1256070
- Jacobs S.E., Lamson D.M., St George K., Walsh T.J. Human rhinoviruses // Clin. Microbiol. Rev. 2013. Vol. 26, No. 1. P. 135–162. doi: 10.1128/CMR.00077-12
- Bochkov Y.A., Watters K., Ashraf S. et al. Cadherin-related family member 3, a childhood asthma susceptibility gene product, mediates rhinovirus C binding and replication // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2015. Vol. 112, No. 17. P. 5485–5490. doi: 10.1073/pnas.1421178112
- Zlateva K.T., van Rijn A.L., Simmonds P. et al. Molecular epidemiology and clinical impact of rhinovirus infections in adults during three epidemic seasons in 11 European countries (2007–2010) // Thorax. 2020. Vol. 75, No. 10. P. 882–890. doi: 10.1136/thoraxjnl-2019-214317
- Demirkan E., Kırdar S., Ceylan E. et al. Genotypes of rhinoviruses in children and adults patients with acute respiratory tract infections // Mikrobiyol. Bul. 2017. Vol. 51, No. 4. P. 350–360. (In Turkish). doi: 10.5578/mb.61820
- Panda S., Mohakud N.K., Panda S., Kumar S. Epidemiology and phylogenetic analysis of human rhinovirus/Enterovirus in Odisha, Eastern India // Indian J. Med. Microbiol. 2019. Vol. 37, No. 4. P. 569–573. doi: 10.4103/ijmm.IJMM_20_23
- Da Costa Souza L., Bello E.J.M., Dos Santos E.M., Nagata T. Molecular and clinical characteristics related to rhinovirus infection in Brasília, Brazil // Braz. J. Microbiol. 2021. Vol. 52, No. 1. P. 289–298. doi: 10.1007/s42770-020-00411-0
- Esposito S., Daleno C., Baggi E. et al. Circulation of different rhinovirus groups among children with lower respiratory tract infection in Kiremba, Burundi // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2012. Vol. 31, No. 11. P. 3251–3256. doi: 10.1007/s10096-012-1692-9
- Turunen R., Jartti T., Bochkov Y.A. et al. Rhinovirus species and clinical characteristics in the first wheezing episode in children // J. Med. Virol. 2016. Vol. 88, No. 12. P. 2059–2068. doi: 10.1002/jmv.24587
- Zhao Y., Shen J., Wu B. et al. Genotypic diversity and epidemiology of human rhinovirus among children with severe acute respiratory tract infection in Shanghai, 2013–2015 // Front. Microbiol. 2018. Vol. 9. P. 1836. doi: 10.3389/fmicb.2018.01836
- Baillie V.L., Moore D.P., Mathunjwa A. et al. Molecular subtyping of human rhinovirus in children from three Sub-Saharan African countries // J. Clin. Microbiol. 2019. Vol. 57, No. 9. P. e00723–19. doi: 10.1128/JCM.00723-19
Дополнительные файлы
