Исследование генетического разнообразия риновирусов человека на территории Санкт-Петербурга в 2021–2022 гг.

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. Риновирусы — одни из наиболее распространенных респираторных патогенов, поэтому необходимо постоянно исследовать циркуляции их видов и типов.

Цель статьи — изучение циркуляции различных видов и типов риновирусов в Санкт-Петербурге.

Материалы и методы. Детекцию риновирусов проводили методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени коммерческими наборами «АмплиСенс ОРВИ-скрин-FL» (Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва); исследование генетического разнообразия риновирусов осуществляли секвенированием по методу Сэнгера; применяли программы: выравнивание полученных последовательностей — MAFFT, построение филогенетического дерева — RAxML, визуализация — FigTree.

Результаты. На территории Санкт-Петербурга определен наиболее распространенный вид риновируса — HRV-A; типы риновирусов практически не повторяются.

Заключение. На территории Санкт-Петербурга генетическое разнообразие риновирусов представлено очень широко. С декабря 2020 по октябрь 2021 г. было типировано 70 риновирусов, самыми распространенными оказались риновирусы вида HRV-A (38 риновирусов, или 54 %). HRV-C и HRV-B детектированы в равном количестве (по 16 риновирусов, или 23 % каждый). Построены филогенетические деревья генетических типов риновирусов видов A, B и C. Типы риновирусов высоко вариабельны, что осложняет их изучение и разработку вакцин против них. Тем не менее риновирусы существенно влияют на эпидемиологическую ситуацию, риновирусные инфекции могут приводить к серьезным последствиям для здоровья, поэтому их необходимо изучать.

Об авторах

Андрей Дмитриевич Ксенафонтов

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Автор, ответственный за переписку.
Email: ksenandrey@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-4532-6210

аспирант, лаборант-исследователь

Россия, Санкт-Петербург

Мария Михайловна Писарева

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Email: maria.pisareva@influenza.spb.ru
ORCID iD: 0000-0002-1499-9957
SPIN-код: 9662-5361
Scopus Author ID: 6506831021

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Вероника Анатольевна Едер

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Email: veronika.eder@influenza.spb.ru
ORCID iD: 0000-0002-9970-3325
SPIN-код: 4793-1377

д-р биол. наук, старший научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Тамила Даировна Мусаева

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Email: tamilamusaeva94@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3050-1936
SPIN-код: 3767-2899
Scopus Author ID: 57189459858

младший научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Ирина Васильевна Киселева

Институт экспериментальной медицины; Санкт-Петербургский государственный университет

Email: irina.v.kiseleva@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3892-9873
SPIN-код: 7857-7306
Scopus Author ID: 7102041346

д-р биол. наук, профессор, заведующая лабораторией

Россия, Санкт-Петербург; Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Chonmaitree T., Alvarez-Fernandez P., Jennings K. et al. Symptomatic and asymptomatic respiratory viral infections in the first year of life: association with acute otitis media development // Clin. Infect. Dis. 2015. Vol. 60, No. 1. P. 1–9. doi: 10.1093/cid/ciu714
  2. Cho G.S., Moon B.J., Lee B.J. et al. High rates of detection of respiratory viruses in the nasal washes and mucosae of patients with chronic rhinosinusitis // J. Clin. Microbiol. 2013. Vol. 51, No. 3. P. 979–984. doi: 10.1128/JCM.02806-12
  3. Miller E.K., Gebretsadik T., Carroll K.N. et al. Viral etiologies of infant bronchiolitis, croup and upper respiratory illness during 4 consecutive years // Pediatr. Infect. Dis. J. 2013. Vol. 32, No. 9. P. 950–955. doi: 10.1097/INF.0b013e31829b7e43
  4. Jain S., Self W.H., Wunderink R.G. et al. CDC EPIC Study Team. Community-acquired pneumonia requiring hospitalization among U.S. adults // N. Engl. J. Med. 2015. Vol. 373, No. 5. P. 415–427. doi: 10.1056/NEJMoa1500245
  5. Jain S., Williams D.J., Arnold S.R. et al. CDC EPIC Study Team. Community-acquired pneumonia requiring hospitalization among U.S. children // N. Engl. J. Med. 2015. Vol. 372, No. 9. P. 835–845. doi: 10.1056/NEJMoa1405870
  6. Greve J.M., Davis G., Meyer A.M. et al. The major human rhinovirus receptor is ICAM-1 // Cell. 1989. Vol. 56, No. 5. P. 839–847. doi: 10.1016/0092-8674(89)90688-0
  7. Jensen L.M., Walker E.J., Jans D.A., Ghildyal R. Proteases of human rhinovirus: role in infection // Methods Mol. Biol. 2015. Vol. 1221. P. 129–141. doi: 10.1007/978-1-4939-1571-2_10
  8. Tam J.C., Bidgood S.R., McEwan W.A., James L.C. Intracellular sensing of complement C3 activates cell autonomous immunity // Science. 2014. Vol. 345, No. 6201. P. 1256070. doi: 10.1126/science.1256070
  9. Jacobs S.E., Lamson D.M., St George K., Walsh T.J. Human rhinoviruses // Clin. Microbiol. Rev. 2013. Vol. 26, No. 1. P. 135–162. doi: 10.1128/CMR.00077-12
  10. Bochkov Y.A., Watters K., Ashraf S. et al. Cadherin-related family member 3, a childhood asthma susceptibility gene product, mediates rhinovirus C binding and replication // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2015. Vol. 112, No. 17. P. 5485–5490. doi: 10.1073/pnas.1421178112
  11. Zlateva K.T., van Rijn A.L., Simmonds P. et al. Molecular epidemiology and clinical impact of rhinovirus infections in adults during three epidemic seasons in 11 European countries (2007–2010) // Thorax. 2020. Vol. 75, No. 10. P. 882–890. doi: 10.1136/thoraxjnl-2019-214317
  12. Demirkan E., Kırdar S., Ceylan E. et al. Genotypes of rhinoviruses in children and adults patients with acute respiratory tract infections // Mikrobiyol. Bul. 2017. Vol. 51, No. 4. P. 350–360. (In Turkish). doi: 10.5578/mb.61820
  13. Panda S., Mohakud N.K., Panda S., Kumar S. Epidemiology and phylogenetic analysis of human rhinovirus/Enterovirus in Odisha, Eastern India // Indian J. Med. Microbiol. 2019. Vol. 37, No. 4. P. 569–573. doi: 10.4103/ijmm.IJMM_20_23
  14. Da Costa Souza L., Bello E.J.M., Dos Santos E.M., Nagata T. Molecular and clinical characteristics related to rhinovirus infection in Brasília, Brazil // Braz. J. Microbiol. 2021. Vol. 52, No. 1. P. 289–298. doi: 10.1007/s42770-020-00411-0
  15. Esposito S., Daleno C., Baggi E. et al. Circulation of different rhinovirus groups among children with lower respiratory tract infection in Kiremba, Burundi // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2012. Vol. 31, No. 11. P. 3251–3256. doi: 10.1007/s10096-012-1692-9
  16. Turunen R., Jartti T., Bochkov Y.A. et al. Rhinovirus species and clinical characteristics in the first wheezing episode in children // J. Med. Virol. 2016. Vol. 88, No. 12. P. 2059–2068. doi: 10.1002/jmv.24587
  17. Zhao Y., Shen J., Wu B. et al. Genotypic diversity and epidemiology of human rhinovirus among children with severe acute respiratory tract infection in Shanghai, 2013–2015 // Front. Microbiol. 2018. Vol. 9. P. 1836. doi: 10.3389/fmicb.2018.01836
  18. Baillie V.L., Moore D.P., Mathunjwa A. et al. Molecular subtyping of human rhinovirus in children from three Sub-Saharan African countries // J. Clin. Microbiol. 2019. Vol. 57, No. 9. P. e00723–19. doi: 10.1128/JCM.00723-19

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Строение генома риновирусов [9]. VPg — прайминговый протеин; 5ʹUTR — 5ʹ-нетранслируемая поверхность, цель для молекулярной детекции риновирусов; протеины капсида P1: VP4 — регион, кодирующий белок, который располагается под капсидом и прикрепляет вирусную РНК к капсиду; VP2, VP3, VP1 — располагаются на поверхности вириона, по ним определяется антигенное разнообразие; неструктурные протеины P2, P3: 2A и 3C протеазы — расщеплют вирусный полипротеин; 2B — освобождает вирусные частицы от клетки посредством увеличения пропускной способности клеточной мембраны и оттока кальция из эндоплазматического ретикула; 2C, 2B и 3A — заякоривают репликативный комплекс на мембранной структуре клетки-хозяина; 3B (VPg) — закодированная последовательность праймингового протеина; 3C — расщепляет хозяйский комплемент C3, который предотвращает передачу сигнала комплемента; 3D — РНК-зависимая РНК-полимераза

Скачать (143KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Филогенетическое дерево, генетическое разнообразие типов риновирусов A

Скачать (309KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Филогенетическое дерево, генетическое разнообразие типов риновирусов B

Скачать (249KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Филогенетическое дерево, генетическое разнообразие типов риновирусов C

Скачать (413KB)
Метаданные

© Эко-Вектор, 2022



Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».