PHYLOGENY OF THE  DIPUS SAGITTA  SPECIES COMPLEX BASED ON THE SEQUENCING OF NUCLEAR GENES

A. A. Lisenkova; Лисенкова А. А.; G. I. Shenbrot; Шенброт Г. И.; A. V. Surov; Суров А. В.; K. A. Rogovin; Роговин К. А.; R. A. Nazarov; Назаров Р. А.; M. N. Melnikova; Мельникова М. Н.; V. Yu. Bogatyreva; Богатырева В. Ю.; E. Undrakhbayar; Ундрахбаяр Э.; V. S. Lebedev; Лебедев В. С.; A. A. Bannikova; Банникова А. А.

doi:10.31857/S2686738922700159

Филогения видового комплекса Dipus sagitta по результатам секвенирования ядерных генов

Авторы: Лисенкова А.А.¹, Шенброт Г.И.², Суров А.В.³, Роговин К.А.³, Назаров Р.А.⁴, Мельникова М.Н.¹, Богатырева В.Ю.⁴, Ундрахбаяр Э.⁵, Лебедев В.С.⁴, Банникова А.А.¹
Учреждения:
1. Биологический факультет Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова
2. Mitrani Department of Desert Ecology, Jacob Blaustein Institutes for Desert Research, Ben-Gurion University of the Negev
3. Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук
4. Зоологический музей Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова
5. Институт общей и экспериментальной биологии Монгольской Академии Наук
Выпуск: Том 509, № 1 (2023)
Страницы: 155-160
Раздел: Статьи
URL: https://journals.rcsi.science/2686-7389/article/view/135639
DOI: https://doi.org/10.31857/S2686738922700159
EDN: https://elibrary.ru/NBKKVY
ID: 135639

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Мохноногий тушканчик Dipus sagitta длительное время считался единым политипическим видом. Ранее на основании митохондриальных и нескольких ядерных генов было выявлено высокое генетическое разнообразие D. sagitta и выдвинута гипотеза о существовании в его пределах нескольких видов. Однако небольшое число ядерных генов не позволило установить взаимоотношения между выявленными филогенетическими линиями. Мы значительно расширили набор используемых локусов ядерной ДНК, что привело к достаточно высокому разрешению филогенетического дерева для 10 форм D. sagitta. Выявленная структура вида в основном подтвердила характер и взаимоотношения линий мтДНК. Вместе с тем нельзя говорить о полном соответствии митохондриальной и ядерной филогений, часть генетических линий D. sagitta является, вероятно, продуктом ретикулярных процессов. Таким образом, этот таксон представляет собой сложный видовой комплекс D. sagitta sensu lato, в котором давно разошедшиеся линии не всегда репродуктивно изолированы.

Ключевые слова

тушканчиковые, видовой комплекс Dipus sagitta, филогения, ядерная ДНК, Dipodidae

Список литературы

Шенброт Г.И. Географическая изменчивость мохноногого тушканчика Dipus Sagitta (Rodenita, Didodidae). Подвидовая дифференциация на территории Восточного Казахстана, Тувы и Монголии // Зоологический журнал. 1991. V. 70. № 7. P. 91–97.
Шенброт Г.И. Географическая изменчивость мохноногого тушканчика Dipus Sagitta (Rodenita, Didodidae). Общий характер внутривидовой изменчивости и подвидовая дифференциация в западной части видового ареала // Зоологический журнал. 1991. V. 70. № 5. P. 101–110.
Lebedev V.S., Bannikova A.A., Lu L., et al. Phylogeographical study reveals high genetic diversity in a widespread desert rodent, Dipus sagitta (Dipodidae: Rodentia) // Biological Journal of Linnean Society. 2018. V. 123. № 2. P. 445–462.
Cheng J., Ge D., Xia L., et al. Phylogeny and taxonomic reassessment of jerboa, Dipus (Rodentia, Dipodinae), in inland Asia // Zoologica Scripta. 2018. V. 47. № 6. P. 630–644.
Cheng J., Lv, X., Xia L., et al. Impact of orogeny and environmental change on genetic divergence and demographic history of Dipus sagitta (Dipodoidea, Dipodinae) since the Pliocene in Inland East Asia // Journal of Mammalian Evolution. 2019. V. 26. № 2. P. 253–266.
Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular cloning – a laboratory manual. Sec. ed. N.Y.k: Cold Spring Harbor Lab. Press, 1989. 385 p.
Lebedev V.S., Shenbrot G.I., Krystufek B., et al. Phylogenetic relations and range history of jerboas of the Allactaginae subfamily (Dipodidae, Rodentia) // Scientific Reports. 2022. V. 12. № 1. P. 842.
Tamura K., Stecher G., Peterson D., et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0 // Molecular Biology and Evolution. 2013. V. 30. № 12. P. 2725–2729.
Nguyen L.-T., Schmidt H.A., Haeseler von A., et al. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies // Molecular Biology and Evolution. 2015. V. 32. № 1. P. 268–274.
Chernomor O., von Haeseler A., Minh B.Q. Terrace aware data structure for phylogenomic inference from supermatrices // Systematic Biology. 2016. V. 65. № 6. P. 997–1008.
Huson D.H., Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies // Molecular Biology and Evolution. 2006. V. 23. № 2. P. 254–267.
Suchard M.A., Lemey P., Baele G., et al. Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10 // Virus Evolution. 2018. V. 4. № 1. vey016.
Swofford D.L. PAUP*: Phylogenetic analysis using parsimony (* and other methods), version 40b10: 40b10. Sunderland: Sinauer, 2003.