MULTILOCUS ANALYSIS OF PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS IN THE  CROCIDURA SUAVEOLENS  SENSU LATO SPECIES COMPLEX: COMPARISON WITH MITOCHONDRIAL DATA

V. A. Gritsyshin; Грицышин В. А.; A. A. Lisenkova; Лисенкова А. А.; A. S. Speranskaya; Сперанская А. С.; I. V. Artyushin; Артюшин И. В.; B. I. Sheftel; Шефтель Б. И.; V. S. Lebedev; Лебедев В. С.; A. A. Bannikova; Банникова А. А.

doi:10.31857/S2686738922600820

Мультилокусный анализ филогенетических отношений в видовом комплексе Crocidura suaveolens sensu lato: сравнение с митохондриальными данными

Авторы: Грицышин В.А.¹, Лисенкова А.А.¹, Сперанская А.С.², Артюшин И.В.¹, Шефтель Б.И.³, Лебедев В.С.⁴, Банникова А.А.¹
Учреждения:
1. Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
2. НИИ системной биологии и медицины Роспотребнадзора
3. Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук
4. Зоологический музей МГУ им. М.В. Ломоносова
Выпуск: Том 509, № 1 (2023)
Страницы: 147-154
Раздел: Статьи
URL: https://journals.rcsi.science/2686-7389/article/view/135638
DOI: https://doi.org/10.31857/S2686738922600820
EDN: https://elibrary.ru/LZGICT
ID: 135638

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Предпринята первая попытка изучения филогении видового комплекса малая белозубка с помощью мультилокусного анализа. Данные секвенирования 16 ядерных генов указывают на существование в рамках С. suaveolens s. l. нескольких обособленных форм, при этом структура видового комплекса в основных чертах не противоречит митохондриальной филогении. Сибирская белозубка характеризуется определенным своеобразием ядерного генома, но уровень ее генетического отличия не соответствует видовому. Прояснены связи Crocidura aff. suaveolens из южного Ганьсу и Сычуани с другими формами видового комплекса. Белозубки из Бурятии и Хэнтэя также относятся к этой форме, но их мтДНК, по-видимому, заимствована от C. shantungensis. В недавнее время происходила также гибридизация C. suaveolens s.str. с C. aff. suaveolens и C. güeldenstaedtii. Ввиду неоднократных событий интрогрессии в истории C. suaveolens s.l., анализ филогении комплекса в целом требует значительного расширения выборки генетических локусов.

Ключевые слова

Ключевые слова: видовой комплекс, малая белозубка, межвидовая гибридизация, мультигенный анализ, Crocidura

Список литературы

Графодатский А.С., Раджабли С.И., Шаршов А.В., и др. Кариотипы пяти видов землероек-белозубок фауны СССР // Цитология. 1988. Т. 30. № 10. С. 1247–1251.
Catzeflis F., Maddalena T., Hellwing S., et al. Unexpected findings on the taxonomic status of East Mediterranean Crocidura russula auct. (Mammalia, Insectivora) // Zeitschrift für Säugetierkd. 1985. V. 50. № 4. P. 185–201.
Vogel P., Maddalena T., Catzeflis F. A contribution to the taxonomy and ecology of shrews (Crocidura zimmermanni and C. suaveolens) from Crete and Turkey // Acta Theriol. 1986. V. 31. № 39. P. 537–545.
Зайцев М.В. Видовой состав и вопросы систематики землероек-белозубок (Mammalia, Insectivora) фауны СССР // Труды Зоологического института Академии наук СССР. 1991. Т. 243. С. 3–46.
Jiang X.L., Hoffmann R.S. A revision of the white-toothed shrews (Crocidura) of Southern China // Journal of Mammalogy. 2001. V. 82. №4. P. 1059–1079.
Vogel P., Cosson J.-F., Jurado L.F.L. Taxonomic status and origin of the shrews (Soricidae) from the Canary islands inferred from a mtDNA comparison with the European Crocidura species // Molecular Phylogenetics and Evolution. 2003. V. 27. № 2. P. 271–282.
Ohdachi S.D., Iwasa M.A., Nesterenko V.A., et al. Molecular Phylogenetics of Crocidura Shrews (Insectivora) in East and Central Asia // Journal of Mammalogy. 2004. V. 85. № 3. P. 396–403.
Bannikova A.A., Lebedev V.S., Kramerov D.A., et al. Phylogeny and systematics of the Crocidura suaveolens species group: corroboration and controversy between nuclear and mitochondrial DNA markers / Phylogénie et systématique du groupe d’espèces Crocidura suaveolens: coordination et contradiction des marqu // Mammalia. 2006. V. 70. № 1–2. P. 106–119.
Dubey S., Zaitsev M., Cosson J.-F., et al. Pliocene and Pleistocene diversification and multiple refugia in a Eurasian shrew (Crocidura suaveolens group) // Molecular Phylogenetics and Evolution. 2006. V. 38. № 3. P. 635–647.
Dubey S., Cosson J.F., Magnanou E., et al. Mediterranean populations of the lesser white-toothed shrew (Crocidura suaveolens group): an unexpected puzzle of Pleistocene survivors and prehistoric introductions // Molecular Ecology. 2007. V. 16. № 16. P. 3438–3452.
Burgin C.J., He K., Haslauer R., et al. Family Soricidae (shrews). In: Wilson D.E., Mittermeier R.A. (Eds.), Vol. 8. Insectivores, Sloths and Colugos. Handbook of the Mammals of the World. Barcelona, Lynx Edicions; 2018. P. 332–551.
Грицышин В.А., Артюшин И.В., Бурская В.О., и др. Филогеография малой Crocidura suaveolens и сибирской Crocidura sibirica белозубок: В поисках географической родины // Известия Российской академии наук. Серия Биологическая. 2022. № 2. С. 1–14.
Bannikova A.A., Zemlemerova E.D., Lebedev V.S., et al. The phylogenetic relationships within the Eastern Afromontane clade of Crocidura based on mitochondrial and nuclear data // Mammalian Biology. 2021. V. 101. № 6. P. 1005–1018.
Esselstyn J.A., Achmadi A.S., Siler C.D., et al. Carving out turf in a biodiversity hotspot:multiple, previously unrecognized shrew species co-occur on Java Island, Indonesia //Molecular ecology. 2013. V. 22. № 19. P. 4972–4987.
Igea J., Juste J., Castresana J. Novel intron markers to study the phylogeny of closely related mammalian species // BMC evolutionary biology. 2010. V. 10. № 369.
Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. 2014. V. 30. № 15. P. 2114–2120.
Langmead B., Salzberg S.L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 // Nature Methods. 2012. V. 9. P. 357.
Li H., Handsaker B., Wysoker A., et al. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools // Bioinformatics. 2009. V. 25. № 16. P. 2078–2079.
Van der Auwera G.A., O’Connor B.D. Genomics in the Cloud: Using Docker, GATK, and WDL in Terra (1st Edition). O’Reilly Media, 2020.
Narasimhan V., Danecek P., Scally A., et al. BCFtools/RoH: a hidden Markov model approach for detecting autozygosity from next-generation sequencing data // Bioinformatics. 2016. V. 32. № 11. P. 1749–1751.
Robinson J.T., Thorvaldsdóttir H., Winckler W., et al. Integrative Genomics Viewer // Nature Biotechnology. 2011. V. 29. № 1. P. 24–26.
Librado P., Rozas J. DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data // Bioinformatics. 2009. V. 25. № 11. P. 1451–1452.
Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data // Genetics. 2000. V. 155. № 2. P. 945–959.
Earl D.A., von Holdt B.M. STRUCTURE HARVESTER: a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method // Conservation Genetics Resources. 2012. V. 4. № 2. P. 359–361.
Nguyen L.-T., Schmidt H.A., von Haeseler A., et al. IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies // Molecular Biology and Evolution. 2015. V. 32. № 1. P. 268–274.
Ronquist F., Teslenko M., van der Mark P., et al. MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and model choice across a large model space // Systematic Biology. 2012. V. 61. № 3. P. 539–542.
Chao Z., Rabiee M., Sayyari E., et al. ASTRAL-III: Polynomial Time Species Tree Reconstruction from Partially Resolved Gene Trees // BMC Bioinformatics. 2018. V. 19. № 6. P. 15–30.