Массовые вычисления карт молекулярных поверхностей спиральных белков и нуклеиновых кислот

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Разработан подход для организации массового расчёта карт молекулярной поверхности спирализованных белков и нуклеиновых кислот в распределённых вычислительных средах. Три программы SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact и DNA-RNAZcompact, представляющие собой модифицированные Linux версии программных кодов SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA-Z, были разработаны для расчёта карт поверхностей спиральных белковых молекул и спиральных ДНК/РНК-молекул. Для того, чтобы организовать массовый счёт большого набора карт, из программных кодов SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA-Z были исключены графический интерфейс и ввод управляющих параметров в диалоговом режиме. Ввод управляющих параметров и запуск программ SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact и DNA-RNA-Zcompact был реализован с помощью специальной скрипт-программы. Для графического представления и дальнейшего анализа полученных таким образом карт используются соответствующие полные версии программ SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA.

Об авторах

Олег Александрович Афанасьев

Объединённый институт ядерных исследований

Email: olegafan@jinr.ru
Лаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований

Пётр Валентинович Зрелов

Объединённый институт ядерных исследований

Email: zrelov@jinr.ru
Лаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований

Виктор Владимирович Иванов

Объединённый институт ядерных исследований

Email: ivanov@jinr.ru
Лаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований

Виктор Алексеевич Степаненко

Объединённый институт ядерных исследований

Email: vstep@jinr.ru
Лаборатория информационных технологийОбъединённый институт ядерных исследований; Объединённый институт ядерных исследований

Роберт Валентинович Полозов

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Email: polrob@mail.ru
Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Юрий Николаевич Чиргадзе

Институт белка РАН

Email: chir@vega.protres.ru
Институт белка РАН

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».