Влияние COVID-19 на структуру микробиоты респираторного тракта у пациентов с тяжелой пневмонией

Введение. COVID-19, ослабляя иммунную систему организма, предрасполагает к присоединению бактериальных инфекций. Увеличивается количество сообщений об изменении этиологической структуры возбудителей пневмонии вследствие изменения микробиоты легких после перенесенной вирусной пневмонии, влияния SARS-CoV-2 на иммунную систему, приема антибиотиков в рамках профилактики вторичной бактериальной инфекции. Целью нашего исследования было проанализировать динамическое изменение структуры микробиоты дыхательных путей у пациентов с тяжелой пневмонией в период с 2019 по 2023 г. Материалы и методы. В исследовании участвовало 304 пациента с диагнозом «пневмония», установленным после рентгенологической диагностики, с января 2019 г. по декабрь 2023 г. включительно. В период пандемии у всех исследованных пациентов был зарегистрирован положительный результат ПЦР-теста на SARS-CoV-2, а в период после пандемии — отрицательный. Образцы мокроты доставляли в лабораторию, где проводили микробиологический посев с идентификацией методом MALDI-ToF масс-спектрометрии. Результаты. В период до пандемии COVID-19 было проанализировано 62 образца мокроты. Наиболее часто встречались Klebsiella pneumoniae и Stenotrophomonas maltophilia — 21 и 17,7%. В равной степени были выделены Acinetobacter baumannii и Staphylococcus aureus — 14,5%. Streptococcus pneumoniae высевался в 8,1% случаев. В пандемию COVID-19 была проведена оценка 122 анализов, по результатам которых половину от всех выделенных микроорганизмов составил K. pneumoniae (50,8%). Вторым по встречаемости являлся A. baumannii — 23,8%. В период после пандемии было проанализировано 120 образцов, из которых преимущественно высевался вид K. pneumoniae (31,7%). Следующими по частоте выявлений были S. aureus и A. baumannii. — 23,3 и 18,3% соответственно. Таким образом, было выявлено статистически значимое изменение частоты обнаружения грамположительных и грамотрицательных микроорганизмов у пациентов ОРИТ в исследуемые периоды. До пандемии COVID-19 доля грамотрицательных микроорганизмов в структуре возбудителей составляла 67,7%, в период пандемии — 91,0%, в постпандемийный — приблизилась к значениям 2019–2020 гг. и составила 70,0% (p < 0,001). Наиболее часто высевались K. pneumoniae и A. baumannii, однако статистическая значимость изменений была установлена только для K. pneumoniae (p ≤ 0,005). Отмечалось снижение частоты обнаружения пневмококка, однако статистическая значимость не была установлена. Частота выделения стафилококков в период после коронавирусной инфекции превысила допандемийные значения (p < 0,001).