Оценка способности штаммов SARS-CoV-2 генетических вариантов B.1.1 и JN.1 уклоняться от нейтрализующих антител реконвалесцентов 2020 и 2023 гг.

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Вирус SARS-CoV-2 обладает высокой изменчивостью за счет спонтанных мутаций, приводящих к возникновению новых генетических вариантов. Их естественный отбор — это в том числе результат воздействия иммунитета носителей на популяционном уровне. Чтобы спрогнозировать эффективность противодействия распространению COVID-19, необходимо изучить возможность сформированного ранее иммунитета противостоять актуальным штаммам вируса для оценки способности новых генетических вариантов уклоняться от нейтрализующих антител к ранее циркулировавшим. Цель работы — сравнение титров нейтрализующих антител у реконвалесцентов после COVID-19 в 2020 и 2023 гг. к штаммам генетических вариантов B.1.1 и JN.1 SARS-CoV-2.

Материалы и методы. Сыворотки крови от 76 и 68 реконвалесцентов соответственно для выборок 2020 и 2023 г. были собраны и хранились при температуре –70°C до эксперимента. Титр антител определяли методом нейтрализации исследуемой сывороткой цитопатического воздействия вируса на монослой чувствительной культуры. Анализ нейтрализующей активности сывороток проводили в отношении двух разновидностей SARS-CoV-2 VOC Ухань и Омикрон. Статистическую значимость разницы титров антител оценивали с помощью F-критерия, достоверной считали разницу при p < 0,01.

Результаты. Достоверны отличия нейтрализующих титров между всеми четырьмя выборками: сыворотки 2020 г. к JN.1, сыворотки 2023 г. к JN.1, сыворотки 2020 г. к B.1.1, сыворотки 2023 г. к B.1.1. Выводы. Антигенные изменения позволяют актуальному варианту JN.1 в ряде случаев ускользать от воздействия нейтрализующих антител, выработанных против штаммов предыдущих генетических вариантов. Выборка 2023 г. показала более высокие значения титров антител при нейтрализации штаммов старого генетического варианта В.1.1 за счет повторной стимуляции при вакцинациях и реинфекции. Спонтанные мутации не привели к изменению критически важных для нейтрализации вируса антигенных детерминант, то есть были не принципиальны. Повторные контакты с измененными генетическими вариантами SARS-CoV-2 повысили протективность против исходного дикого типа.

Об авторах

Степан Александрович Пьянков

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: pyankov_sa@vector.nsc.ru

ведущий научный сотрудник отдела «Коллекция микроорганизмов» 

Россия, Новосибирская область, п. Кольцово

А. В. Зайковская

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: pyankov_sa@vector.nsc.ru

к.б.н., старший научный сотрудник отдела «Коллекция микроорганизмов»

Россия, Новосибирская область, п. Кольцово

А. В. Рыбель

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: pyankov_sa@vector.nsc.ru

младший научный сотрудник отдела «Коллекция микроорганизмов»

Россия, Новосибирская область, п. Кольцово

С. А. Боднев

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: pyankov_sa@vector.nsc.ru

к.м.н., ведущий научный сотрудник, отдел Коллекция микроорганизмов

Россия, Новосибирская область, п. Кольцово

О. В. Пьянков

ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: pyankov@vector.nsc.ru

к.б.н., ведущий научный сотрудник отдела «Коллекция микроорганизмов»

Россия, Новосибирская область, п. Кольцово

Список литературы

  1. Зайковская А.В., Евсеенко В.А., Олькин С.Е., Пьянков О.В. Изучение антигенных свойств штаммов коронавируса SARS-CoV-2, выделенных на территории РФ В 2020–2022 гг., в реакции нейтрализации с использованием гипериммунных сывороток мышей // Инфекция и иммунитет. 2023. Т. 13, № 1. C. 37–45. [Zaykovskaya A.V., Evseenko V.A., Olkin S.E., Pyankov O.V. Investigating antigenic features of the SARS-CoV-2 isolated in Russian Federation in 2021–2022 by hyperimmune mouse serum neutralisation. Infektsiya i mmunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2023, vol. 13, no. 1, pp. 37–45. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-IAF-1998
  2. Зайковская А.В., Евсеенко В.А., Олькин С.Е., Пьянков О.В. Изучение антигенных свойств штаммов коронавируса SARS-CoV-2, относящихся к разным сублиниям Омикрон-варианта, в реакции нейтрализации с использованием гипериммунных сывороток мышей // Инфекция и иммунитет. 2024. Т. 14, № 5. C. 881–890. [Zaykovskaya A.V., Evseenko V.A., Olkin S.E., Pyankov O.V. Antigenic features of the strains SARS-CoV-2 of omicron sublines assessed by hyperimmune mouse serum neutralisation. Infektsiya i mmunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2024, vol. 14, no. 5, pp. 881–890. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220- 7619-AFO-17591
  3. Brangel P., Tureli S., Mühlemann B., Liechti N., Zysset D., Engler O., Hunger-Glaser I., Ghiga I., Mattiuzzo G., Eckerle I., Bekliz M., Rössler A., Schmitt M.M., Knabl L., Kimpel J., Tort L.F.L., de Araujo M.F., de Oliveira A.C.A., Caetano B.C., Siqueira M.M., Budt M., Gensch J.M., Wolff T., Hassan T., Selvaraj F.A., Hermanus T., Kgagudi P., Crowther C., Richardson S.I., Bhiman J.N., Moore P.L., Cheng S.M.S., Li J.K.C., Poon L.L.M., Peiris M., Corman V.M., Drosten C., Lai L., Hunsawong T., Rungrojcharoenkit K., Lohachanakul J., Sigal A., Khan K., Thiel V., Barut G.T., Ebert N., Mykytyn A.Z., Owusu Donkor I., Aboagye J.O., Nartey P.A., Van Kerkhove M.D., Cunningham J., Haagmans B.L., Suthar M.S., Smith D., Subissi L. A Global Collaborative Comparison of SARS-CoV-2 Antigenicity Across 15 Laboratories. Viruses, 2024, vol. 16, no. 12: 1936. doi: 10.3390/v16121936
  4. Geurtsvan Kessel C.H., Geers D., Schmitz K.S., Mykytyn A.Z., Lamers M.M., Bogers S., Scherbeijn S., Gommers L., Sablerolles R.S.G., Nieuwkoop N.N., Rijsbergen L.C., van Dijk L.L.A., de Wilde J., Alblas K., Breugem T.I., Rijnders B.J.A., de Jager H., Weiskopf D., van der Kuy P.H.M., Sette A., Koopmans M.P.G., Grifoni A., Haagmans B.L., de Vries R.D. Divergent SARS-CoV-2 Omicron-reactive T and B cell responses in COVID-19 vaccine recipients. Sci. Immunol., 2022, vol. 7, no. 69: eabo2202. doi: 10.1126/sciimmunol.abo2202
  5. Jassat W., Abdool Karim S.S., Mudara C., Welch R., Ozougwu L., Groome M.J., Govender N., von Gottberg A., Wolter N., Wolmarans M., Rousseau P., DATCOV author group, Blumberg L., Cohen C. Clinical severity of COVID-19 in patients admitted to hospital during the omicron wave in South Africa: a retrospective observational study. Lancet Glob. Health, 2022, vol. 10, no. 7, pp. 961–969. doi: 10.1016/S2214-109X(22)00114-0
  6. Karim S.S.A., Karim Q.A. Omicron SARS-CoV-2 variant: a new chapter in the COVID-19 pandemic. Lancet, 2021, vol. 398, no. 10317, pp. 2126–2128. doi: 10.1016/S0140-6736(21)02758-6
  7. Khoury D.S., Cromer D., Reynaldi A., Schlub T.E., Wheatley A.K., Juno J.A., Subbarao K., Kent S.J., Triccas J.A., Davenport M.P. Neutralizing antibody levels are highly predictive of immune protection from symptomatic SARS-CoV-2 infection. Nat. Med., 2021, vol. 27, no. 7, pp. 1205–1211. doi: 10.1038/s41591-021-01377-8
  8. Markov P.V., Ghafari M., Beer M., Lythgoe K., Simmonds P., Stilianakis N.I., Katzourakis A. The evolution of SARS-CoV-2. Nat. Rev. Microbiol., 2023, vol. 21, no. 6, pp. 361–379. doi: 10.1038/s41579-023-00878-2
  9. Mazzotti L., Borges de Souza P., Azzali I., Angeli D., Nanni O., Sambri V., Semprini S., Bravaccini S., Cerchione C., Gaimari A., Nicolini F., Ancarani V., Martinelli G., Pasetto A., Calderon H., Juan M., Mazza M. Exploring the Relationship Between Humoral and Cellular T Cell Responses Against SARS-CoV-2 in Exposed Individuals From Emilia Romagna Region and COVID-19 Severity. HLA, 2025, vol. 105, no. 1: e70011. doi: 10.1111/tan.70011
  10. Pons S., Uhel F., Frapy E., Sérémé Y., Zafrani L., Aschard H., Skurnik D. How Protective are Antibodies to SARS-CoV-2, the Main Weapon of the B-Cell Response? Stem Cell Rev. Rep., 2023, vol. 19, no. 3, pp. 585–600. doi: 10.1007/s12015-022-10477-y
  11. Sievers C., Zacher B., Ullrich A., Huska M., Fuchs S., Buda S., Haas W., Diercke M., An der Heiden M., Kröger S. SARS-CoV-2 Omicron variants BA.1 and BA.2 both show similarly reduced disease severity of COVID-19 compared to Delta, Germany, 2021 to 2022. Euro Surveill., 2022, vol. 27, no. 22: 2200396. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2022.27.22.2200396
  12. Stephenson E., Reynolds G., Botting R.A., Calero-Nieto F.J., Morgan M.D., Tuong Z.K., Bach K., Sungnak W., Worlock K.B., Yoshida M., Kumasaka N., Kania K., Engelbert J., Olabi B., Spegarova J.S., Wilson N.K., Mende N., Jardine L., Gardner L.C.S., Goh I., Horsfall D., McGrath J., Webb S., Mather M.W., Lindeboom R.G.H., Dann E., Huang N., Polanski K., Prigmore E., Gothe F., Scott J., Payne R.P., Baker K.F., Hanrath A.T., Schim van der Loeff I.C.D., Barr A.S., Sanchez-Gonzalez A., Bergamaschi L., Mescia F., Barnes J.L., Kilich E., de Wilton A., Saigal A., Saleh A., Janes S.M., Smith C.M., Gopee N., Wilson C., Coupland P., Coxhead J.M., Kiselev V.Y., van Dongen S., Bacardit J., King H.W., Cambridge Institute of Therapeutic Immunology and Infectious Disease-National Institute of Health Research (CITIID-NIHR) COVID-19 BioResource Collaboration, Rostron A.J., Simpson A.J., Hambleton S., Laurenti E., Lyons P.A., Meyer K.B., Nikolić M.Z., Duncan C.J.A., Smith K.G.C., Teichmann S.A., Clatworthy M.R., Marioni J.C., Göttgens B., Haniffa M. Single-cell multi-omics analysis of the immune response in COVID-19. Nat. Med., 2021, vol. 27, no. 5, pp. 904–916. doi: 10.1038/s41591-021-01329-2
  13. Strong M.J. SARS-CoV-2, aging, and post-COVID-19 neurodegeneration. J. Neurochem., 2023, vol. 165, no. 2, pp. 115–130. doi: 10.1111/jnc.15736
  14. Trimbake D., Singh D., K Y.G., Babar P., S V.D., Tripathy A.S. Durability of Functional SARS-CoV-2-Specific Immunological Memory and T Cell Response up to 8–9 Months Postrecovery From COVID-19. J. Immunol. Res., 2025, vol. 2025: 9743866. doi: 10.1155/jimr/9743866
  15. World Health Organization. Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States. Geneva: WHO, 2021. URL: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/2021-12-17-technical-brief-and-priority-action-on-omicron-en.pdf
  16. World Health Organization. World Health Organization COVID-19 Epidemiological Update — 13 February 2025. Edition 176, Emergency Situational Updates. Geneva: WHO, 2025. URL: https://www.who.org/publications/m/item/covid-19-epidemiological-update-edition-176
  17. Yuan M., Wilson I.A. Structural Immunology of SARS-CoV-2. Immunol. Rev., 2025, vol. 329, no. 1: e13431. doi: 10.1111/imr.13431
  18. Zhou P., Yang X.L., Wang X.G., Hu B., Zhang L., Zhang W., Si H.R., Zhu Y., Li B., Huang C.L., Chen H.D., Chen J., Luo Y., Guo H., Jiang R.D., Liu M.Q., Chen Y., Shen X.R., Wang X., Zheng X.S., Zhao K., Chen Q.J., Deng F., Liu L.L., Yan B., Zhan F.X., Wang Y.Y., Xiao G.F., Shi Z.L. Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature, 2020, vol. 588, no. 7836: E6. doi: 10.1038/s41586-020-2951-z
  19. Zhu N., Zhang D., Wang W., Li X., Yang B., Song J., Zhao X., Huang B., Shi W., Lu R., Niu P., Zhan F., Ma X., Wang D., Xu W., Wu G., Gao G.F., Tan W., China Novel Coronavirus Investigating and Research Team. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. N. Engl. J. Med., 2020, vol. 382, no. 8, pp. 727–733. doi: 10.1056/NEJMoa2001017

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рисунок 1. Половозрастная структура групп доноров исследуемых образцов сыворотки крови, количество человек

Скачать (235KB)
Метаданные
3. Рисунок 2. Способность образцов сывороток крови реконвалесцентов 2020 и 2023 гг. нейтрализовать штаммы SARS-CoV-2 субвариантов В.1.1 и JN.1 в порядке регрессии Примечание. * — Статистически значимые различия между группами по F-критерию при p < 0,01.

Скачать (749KB)
Метаданные

© Пьянков С.А., Зайковская А.В., Рыбель А.В., Боднев С.А., Пьянков О.В., 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».