PCR Analysis of the Absolute Number of Copies of Human Chromosome 18 Transcripts in the Liver and HepG2 Cells


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Using reverse transcription in conjunction with the quantitative real-time PCR or digital droplet PCR, the transcriptome profiling of human chromosome 18 has been carried out in liver hepatocytes and hepatoblastoma cells (HepG2 cell line) in terms of the absolute number of each transcript per cell. The transcript abundance varied within the range of 0.006 to 9635 and 0.011 to 4819 copies per cell for the HepG2 cell line and hepatocytes, respectively. There was significant correlation between expression profiles of chromosome 18 genes in hepatocytes and HepG2 cells: the Spearman’s correlation coefficient was 0.81. The frequency distribution of transcripts by their abundance was bimodal for HepG2 cells and unimodal for liver hepatocytes. Bioinformatic analysis of the differential gene expression has shown that chromosome 18 genes, overexpressed in HepG2 cells compared to hepatocytes, are associated with cell division and cell adhesion processes. It is suggested that enhanced expression of these genes is related to proliferative activity of cultured HepG2 cells. The differences in transcriptome profiles should be taken into consideration when cultured HepG2 cells are used as a model of liver hepatocytes.

Об авторах

Y. Kiseleva

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

K. Ptitsyn

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

O. Tikhonova

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

S. Radko

Institute of Biomedical Chemistry

Автор, ответственный за переписку.
Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

L. Kurbatov

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

I. Vakhrushev

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

V. Zgoda

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

E. Ponomarenko

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

A. Lisitsa

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

A. Archakov

Institute of Biomedical Chemistry

Email: radkos@yandex.ru
Россия, ul. Pogodinskaya 10, Moscow, 119121

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Ltd., 2018

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».