Разработка программы автоматизированного учёта результатов ПЦР-исследований в режиме реального времени в условиях массового поступления биологического материала в период пандемии COVID-19

В связи со стремительным распространением новой коронавирусной инфекции (COVID-19) в Российской Федерации в 2020 г. на базе ФКУЗ «Противочумный центр» Роспотребнадзора были организованы 70 рабочих мест и прикомандированы специалисты научно-исследовательских противочумных институтов Роспотребнадзора. Однако круглосуточный трёхсменный режим работы существенно затрудняет организацию и учёт проведённых исследований и увеличивает риск возникновения ошибок.

В связи с этим на базе ФКУЗ «Противочумный центр» Роспотребнадзора была проведена работа по автоматизации наиболее проблемных этапов выполнения исследований на новую коронавирусную инфекцию методом полимеразной цепной реакции и разработан новый алгоритм отслеживания результатов в режиме реального времени.

Разработку собственных программных решений проводили на языке Python 3.8.2.

Исходными данными для автоматизации явились файлы xlsx, автоматически генерируемые программным обеспечением амплификатора, и типовые табличные шаблоны, заполняемые на этапах разбора проб и выделения РНК.

Разработанное нами программное обеспечение проводило консолидацию данных в единый файл-реестр с одновременным выявлением возможных ошибок (наличие дублей, различия в перечнях проб на разных этапах и т.п.). Использование скриптового языка Python обеспечивает возможность работы в любой операционной системе и позволяет легко и быстро модифицировать систему при изменении каких-либо параметров или структуры входных файлов. Так, на разработку и ввод в эксплуатацию данного программного комплекса было затрачено 7 дней, что особенно актуально при работе в условиях чрезвычайной ситуациии и режима повышенной готовности на фоне текущей пандемии СОVID-19.

Таким образом, использование разработанного нами подхода обеспечило возможность более быстрого выявления технических ошибок, дискордантных результатов и проб, требующих повторного исследования, что в свою очередь сократило время выдачи результатов.