Biochips in the diagnosis of tuberculosis and mycobacteriosis


Cite item

Full Text

Abstract

The use of molecular biochips has been shown to considerably accelerate the laboratory diagnosis of tuberculosis and mycobacteriosis and, when used with an automated BACTEC MGIT 960 system, to obtain a result in 90% of the examinees within 10 days irrespective of bacillary burden. The biochips make it possible to study the genetic diversity of mutations and their combinations in the rpoB, katG, inhA, oxyR, and gyrA genes and to rapidly detect drug-resistant Mycobacterium strains and may serve as additional genetic markers for Mycobacterium tuberculosis strains circulating in the Moscow Region.

About the authors

Vitaliy Il'ich Litvinov

Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

Email: MNPCBTLV@yandex.ru
акад. РАМН, проф., главный фтизиатр ДЗМ, дир. Московского городского научно-практического центра борьбы с туберкулезом ДЗМ; Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

Elena Yur'evna Nosova

Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

канд. мед. наук, вед. науч. сотр. отд. проблем лаб. диагностики Московского городского научно-практического центра борьбы с туберкулезом ДЗМ; Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

Aleksandrovna Krasnova

Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

канд. мед. наук, вед. науч. сотр. отд. проблем лаб. диагностики Московского городского научно-практического центра борьбы с туберкулезом ДЗМ; Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

Kseniya Yur'evna Galkina

Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

канд. биол. наук, вед. науч. сотр., отд. проблем лаб. диагностики Московского городского научно-практического центра борьбы с туберкулезом ДЗМ; Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

Anastasiya Aleksandrovna Bukatina

Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

науч. сотр., отд. проблем лаб. диагностики Московского городского научно-практического центра борьбы с туберкулезом ДЗМ; Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

Arkadiy Maksovich Moroz

Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

д-р мед. наук, проф. зав. отд. проблем лаб. диагностики Московского городского научно-практического центра борьбы с туберкулезом ДЗМ; Московский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезом Департамента здравоохранения Москвы

V I Litvinov

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

E Yu Nosova

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

M A Krasnova

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

K Yu Galkina

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

A A Bukatina

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

A M Moroz

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

Moscow City Center for Tuberculosis Control, Moscow Healthcare Department

References

  1. Дорожкова И. Р., Фрейман Г. Е., Абрамова З. П. и др. Новая технология для скрининга туберкулеза легких.// Рос. мед. журн. - 2007. - № 2. - С. 12-15.
  2. Макарова М. В., Краснова М. А., Фрейман Г. Е., Литвинов В. И. Частота обнаружения разных видов нетуберкулезных микобактерий в Москве // Туберкулез и бол. легких. - М. - 2009. - № 9. - С. 29-32.
  3. Мирзабеков А. Д. Биочипы в биологии и медицине XXI века. Вестн. РАН. - 2003. - Т. 73, № 5. - С. 412.
  4. Носова Е. Ю., Галкина К. Ю., Антонова О. В. и др. Молекулярно-биологический микрочип ТБ-БИОЧИП-2 для определения чувствительности Mycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью к фторхинолонам у больных с впервые выявленным и хроническим течением туберкулеза // Вестн. РАМН. - 2008. - № 3 - С. 16-19.
  5. Скотникова О. И., Соболев А. Ю., Демкин В. В. и др. Использование метода нестед-ПЦР в диагностике туберкулеза // Бюлл. экспер. биол. и мед. - 2000. - № 6. - С. 717-720.
  6. Скотникова О. И., Галкина К. Ю., Носова Е. Ю. Характеристика чувствительности M. tuberculosis к рифампицину и изониазиду посредством определения мутаций в генах rpoB, katG, inhA, oxyR, kasA различными молекулярно-биологическими методами // Пробл. туб. - 2005. - № 8. - С. 42-45.
  7. Хоменко А. Г., Голышевская В. И., Корнеев М. А. и др. Распространенность и микробиологическая характеристика штаммов M.tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью // В сб.: Туберкулез. - М., 1999. - С. 1-6.
  8. Черноусова Л. Н., Ларионова Е. Е., Севастьянова Э. В. Роль ПЦР-анализа в комплексных бактериологических исследованиях во фтизиатрии // Пробл. туб. - 2001. - № 3. - С. 58-60.
  9. Antonova O. V., Gryadunov D. A, Lapa S. A. et al. Detection of mutations in Mycobacterium tuberculosis genome determining resistance to fluoroquinolones by hybridization on biological microchips// Bull Exp Biol Med.- 2008. - Vol. 145. - P. 108-113.
  10. Blakemore R., Story E., Helb D. et al. Evaluation of the analytical performance of the Xpert MTB/RIF assay // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48. - P. 2495-2501.
  11. Brossier F., Veziris N., Truffot-Pernot C. et al. Performance of the genotype MTBDR line probe assay for detection of resistance to rifampin and isoniazid in strains of Mycobacterium tuberculosis with low- and high-level resistance // J Clin Microbiol. - 2006. - Vol. 44. - P. 3659-3664.
  12. Brossier F., Veziris N., Aubry A. et al. Detection by GenoType MTBDRsl test of complex mechanisms of resistance to second-line drugs and ethambutol in multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis complex isolates // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48. - P. 1683-1689.
  13. C. Updated Guidelines for the Use of Nucleic Acid Amplification Tests in the Diagnosis of Tuberculosis. MMWR: CDC. - 2000. - P. 7-10.
  14. Chakrabarti P. Drug targets and drug resistance in mycobacteria. // Proc. Natl Acad. Sci. India, B. - 1997. - Vol. 67. - P. 169-179.
  15. Chang H., Heo S., Yoo K. et al. Detection of mycobacterium tuberculosis complex using real-time polymerase chain reaction // Korean J. Lab. Med. - 2008. - Vol. 28. - P. 103-108.
  16. Gryadunov D., Mikhailovich V., Lapa S. et al. Evaluation of hybridisation on oligonucleotide microarrays for analysis of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis // Clin. Microbiol. Infect. - 2005. - Vol. 11. - P. 531-539.
  17. Heifets L. Mycobacterial infections caused by nontuberculous mycobacteria // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 2004. - Vol. 25. - P. 283-295.
  18. Lee H., Bang H-E., Bai G-H. et al. Novel polymorphic region of the rpoB gene containing Mycobacterium species-specific sequences and its use in identification of mycobacteria // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41. - P. 2213-2218.
  19. Migliori G., Richardson M. Multidrug-resistant and Extensively Drug- resistant tuberculosis in the West. Europe and United States:Epidemiology, surveillance, and control // Clin. Chest. Med. - 2009. - Vol. 30. - P. 637-665.
  20. Mikhailovich V., Gryadunov D., Kolchinsky A. et al. DNA microarrays in the clinic: infectious diseases // Bioessays. - 2008. - Vol. 30. - P. 673-682.
  21. Mokrousov I., Narvskaya O., Otten T. High prevalence of katG Ser315Thr substitution among isoniazid resistant M.tuberculosis clinical isolates from Northwestern Russia,1996 to 2001 // Antimicrob. Agents Chemother. - 2002. - Vol. 46. - P. 1417- 1424.
  22. Musser J. Antimicrobial agent resistance in mycobacteria: molecular genetic insights // Clin. Microbiol. Rev. - 1995. - Vol. 8. - P. 496-514.
  23. Nyendak M. R., Lewinsohn D. A., Lewinsohn D. M. New diagnostic methods for tuberculosis // Curr. Opin. Infect Dis. - 2009. - Vol. 22. - P. 174-182.
  24. Pai M., Minion J., Sohn H. et al. Novel and improved technologies for tuberculosis diagnosis: progress and challenges // Clin Chest Med. - 2009. - Vol. 30. - P. 701-716.
  25. Safianowska A., Walkiewicz R., Nejman-Gryz P. et al. The comparison between two methods for typing of nontuberculous mycobacteria: high pressure liquid chromatography and molecular assay GenoType Mycobacterium CM/AS // Pneumonol. Alergol. Pol. - 2010. - Vol. 78. - P. 363-368.
  26. Shinnick T., Jonas V. Molecular approaches to the diagnosis of tuberculosis // Tuberculosis: Pathogenesis, Protection and Control. - Washington. D. C., 1994. - Ch. 30. - P. 517-527.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2011 Eco-vector


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».