Single Nucleotide Polymorphisms in hsp65 and MACPPE12 Genes of Mycobacterium avium subsp. hominissuis


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Mycobacterium avium subsp. hominissuis (MAH) are typical inhabitants of the environment, which are known as opportunistic pathogens of animals and humans. The aim of our study was to analyze single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the hsp65 and MACPPE12 genes to characterize the Russian population of MAH in the context of studying phylogenetic relationships and the evolution of geographically distant populations of M. avium subsp. hominissuis. The sequence analysis of the hsp65 and MACPPE12 genes was applied for 40 MAH strains isolated from humans (patients with mycobacteriosis). The nucleotide sequences were aligned to the reference genome of M. avium subsp. hominissuis 104 (accession no. NC_008595.1). The mutational profiles of Russian strains were compared with those isolated in other countries. In total, 40 MAH strains were classified into three different hsp65 sequevars: code 1, code 2, and code 3. The majority of MAH strains (72.5%) belonged to code 1, the same sequevar as for MAH strain 104. The sequence analysis of the MACPPE12 gene revealed 20 SNPs grouped into nine sequevars at the nucleic acid level: NA01, NA02, NA03, NA06, NA10, NA13, NA14, NA19, and NA_Rus01. Eight out of 20 SNPs were nonsynonymous, resulting in seven sequevars at the amino acid level: AA01, AA02, AA04, AA07, AA08, AA13, and AA_Rus01. The sequevar AA02 consisted of three different NA variants with synonymous SNPs profiles: NA02, NA03, and NA06. Half of the MAH strains belonged to the sequevar AA02 (type NA02). The predominant cluster AA02 (type NA02)/code 1 and the unique variant AA_Rus01 (NA_Rus01) were identified among MAH strains from Russia. Thus, we confirmed the relative conservativeness of the nucleotide sequence of the hsp65 gene but the polymorphism of the MACPPE12 gene. At the same time, a comparative analysis of the SNPs profiles of the hsp65 and MACPPE12 genes allowed us to identify differences and similarities between geographically distant populations of MAH, which highlighted the variability of the global population of M. avium species.

Об авторах

D. Starkova

St. Petersburg Pasteur Institute of Epidemiology and Microbiology

Автор, ответственный за переписку.
Email: dariastarkova13@gmail.com
Россия, St. Petersburg, 197101

T. Iwamoto

Department of Infectious Diseases, Kobe Institute of Health

Email: dariastarkova13@gmail.com
Япония, Kobe, 6500046

A. Vyazovaya

St. Petersburg Pasteur Institute of Epidemiology and Microbiology

Email: dariastarkova13@gmail.com
Россия, St. Petersburg, 197101

V. Molchanov

St. Petersburg State Chemical Pharmaceutical University

Email: dariastarkova13@gmail.com
Россия, St. Petersburg, 197376

V. Zhuravlev

St. Petersburg Research Institute of Phthisiopulmonology

Email: dariastarkova13@gmail.com
Россия, St. Petersburg, 193063

B. Vishnevsky

St. Petersburg Research Institute of Phthisiopulmonology

Email: dariastarkova13@gmail.com
Россия, St. Petersburg, 193063

O. Narvskaya

St. Petersburg Pasteur Institute of Epidemiology and Microbiology; St. Petersburg Research Institute of Phthisiopulmonology

Email: dariastarkova13@gmail.com
Россия, St. Petersburg, 197101; St. Petersburg, 193063

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Inc., 2019

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».