Genetic Diversity of atp6 and cox3 Gene in Wild Drosophila melanogaster


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Mitochondria are the energy factory in cells, and more than 95% of the energy in cells is produced by the mitochondrial oxidative phosphorylation (OXPHOS). Therefore, mitochondria likely plays an important role in the process of high-altitude adaptation. Wild Drosophila melanogaster population structure provides a good precondition to detect positive selection on mitochondrial genes related to environmental or climatic variation, specifically hypoxia and high altitudes. In this paper, we sequenced atp6 (ATPase synthase 6) from 27 individuals and cox3 (cytochrome c oxidase III) from 26 individuals of wild Drosophila melanogaster. The percent G+C content of atp6 and cox3 genes has a value of 24 and 29.3%, respectively, exhibiting an extreme bias in base composition. 5 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected and 2 nonsynonymous substitutions (m.555T > A and m.577A > G) were detected in atp6, only one SNP (m.126C > T) was found from highland Drosophila melanogaster. 6 SNPs were detected in cox3, we found 2 nonsynonymous substitutions (m.745G > A and m.427G > A) of only one highland strain from Yun Nan province. Substitution rates and dN/dS ratios were relatively high for cox3 (ω = 0.34851) compared to atp6 (ω = 0.07329), both of them inferring is purifying selection by using PAML. Only one amino acid site 255I (p < 0.01) of the cox3 gene was found in one fly from low altitude Drosophila sample, which was generated by SNPs (m.763A > G and m.764T > C). From these analyses we conclude that selection may not have played a role in shaping Drosophila melanogaster regional mtDNA variation, the changes in selection is very likely due to some environmental stressors other than hypoxia and high altitudes, and more broadly, our results add to an emerging body of research in Drosophila.

Об авторах

M. Chen

Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology,
Sichuan Agricultural University

Email: diyanli@sicau.edu.cn
Китай, Chengdu

H. Yin

Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology,
Sichuan Agricultural University

Email: diyanli@sicau.edu.cn
Китай, Chengdu

H. Gu

Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology,
Sichuan Agricultural University

Email: diyanli@sicau.edu.cn
Китай, Chengdu

L. Zhang

Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology,
Sichuan Agricultural University

Email: diyanli@sicau.edu.cn
Китай, Chengdu

Zh. Xu

Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology,
Sichuan Agricultural University

Email: diyanli@sicau.edu.cn
Китай, Chengdu

T. Ma

Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology,
Sichuan Agricultural University

Email: diyanli@sicau.edu.cn
Китай, Chengdu

D. Li

Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology,
Sichuan Agricultural University

Автор, ответственный за переписку.
Email: diyanli@sicau.edu.cn
Китай, Chengdu

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Inc., 2019

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».