Встречаемость и генетическое разнообразие вируса Алонгшан (Flaviviridae), выявленного в клещах на юге Восточной Сибири

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Инфекции, переносимые иксодовыми клещами, являются значимой проблемой для многих регионов России, в том числе и для Восточной Сибири. Неблагополучная эпидемиологическая ситуация может характеризоваться не только ростом встречаемости уже известных «клещевых» инфекций, но и выявлением новых нозологических форм и возбудителей, роль которых остается малоизученной или вообще неизученной. Сегментированные флавиподобные вирусы могут быть причиной инфекционных заболеваний человека и создавать угрозу для здоровья населения.

Цель работы ‒ поиск и молекулярно-генетическая характеристика изолятов вируса Алонгшан (Flaviviridae: Alongshan virus, ALSV), переносимого клещами на юге Восточной Сибири.

Материалы и методы. Было собрано и исследовано 1060 клещей, отловленных на территории Республик Хакасия, Тыва, Бурятия, Иркутской области и Забайкальского краяв весенне-летний период 2023 г. Детекцию РНК ALSV выполняли с помощью метода полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией с последующим определением нуклеотидной последовательности и проведением филогенетического анализа для каждого из 4 сегментов генома.

Результаты. Инфицированность ALSV клещей Ixodes persulcatus, собранных в Республике Хакасия, составила 3,3% (95% ДИ 1,4–7,5), в Иркутской области – 1% (95% ДИ 0,3–3,7), в Республике Тыва – 0,9% (95% ДИ 0,3–3,4), в Забайкальском крае – 0,7% (95% ДИ 0,2–3,6). Генетические варианты ALSV, циркулирующие в клещах I. persulcatus на территории юга Восточной Сибири, по всем 4 сегментам группируются с последовательностями, обнаруженными в Китае, и кластеризуются в азиатскую подгруппу, переносимую таежным клещом. Уровень различия нуклеотидных последовательностей фрагментов генома среди выявленных генетических вариантов ALSV составил от 2 до 3%.

Заключение. Показано широкое распространение ALSV в клещах I. persulcatus на территории республик Хакасия и Тыва, Иркутской области и Забайкальского края. Эти данные актуализируют мониторинг за изменением ареала распространения флавиподобных вирусов, потенциально опасных для человека, и их переносчиков.

Об авторах

Михаил Юрьевич Карташов

ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Центр геномных исследований мирового уровня по обеспечению биологической безопасности и технологической независимости в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий

Автор, ответственный за переписку.
Email: mikkartash@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7857-6822

кандидат биол. наук, старший научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии

Россия, 630559, Новосибирск, р.п. Кольцово

Екатерина Ильинична Кривошеина

ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Центр геномных исследований мирового уровня по обеспечению биологической безопасности и технологической независимости в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий

Email: katr962@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5181-0415

научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии

Россия, 630559, Новосибирск, р.п. Кольцово

Валентина Юрьевна Курушина

ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Центр геномных исследований мирового уровня по обеспечению биологической безопасности и технологической независимости в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий

Email: kurushina.valenti@gmail.com
ORCID iD: 0009-0005-8148-5242

стажер-исследователь отдела молекулярной вирусологии

Россия, 630559, Новосибирск, р.п. Кольцово

Александр Борисович Мошкин

ФКУЗ «Читинская противочумная станция» Роспотребнадзора

Email: pchs.chita@mail.ru
ORCID iD: 0009-0007-8491-2363

директор

Россия, 672014, Чита

Сергей Степанович Ханхареев

Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Республике Бурятия

Email: org@03.rospotrebnadzor.ru
ORCID iD: 0000-0002-4884-7919

кандидат мед. наук, руководитель

Россия, 670013, Улан-Удэ

Чойгана Романовна Биче-оол

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Тыва»

Email: priem@17cgie.ru
ORCID iD: 0009-0002-1622-0553

и.о. заведующей отдела обеспечения эпидемиологического надзора

Россия, 667010, Кызыл

Оксана Николаевна Пелёвина

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Хакасия»

Email: pelevina_on@fbuz19.ru
ORCID iD: 0009-0004-9507-4199

энтомолог отдела эпидемиологии

Россия, 655017, Абакан

Никита Викторович Попов

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Иркутской области»

Email: ento-molog@mail.ru
ORCID iD: 0009-0002-6276-2388

заведующий отделением энтомологии

Россия, 664047, Иркутск

Ольга Леонидовна Богомазова

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Иркутской области»

Email: entomolog@sesoirk.irkutsk.ru
ORCID iD: 0009-0009-6892-1125

Энтомолог

Россия, 664047, Иркутск

Владимир Александрович Терновой

ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Центр геномных исследований мирового уровня по обеспечению биологической безопасности и технологической независимости в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий

Email: tern@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-1275-171X

кандидат биол. наук, врио заведующего отделом молекулярной вирусологии

Россия, 630559, Новосибирск, р.п. Кольцово

Список литературы

  1. Pierson T.C., Diamond M.S. The continued threat of emerging flaviviruses. Nat. Microbiol. 2020; 5(6): 796–812. https://doi.org/10.1038/s41564-020-0714-0
  2. Leonova G.N., Kondratov I.G., Ternovoi V.A., Romanova E.V., Protopopova E.V., Chausov E.V., et al. Characterization of Powassan viruses from Far Eastern Russia. Arch. Virol. 2009; 154(5): 811–20. https://doi.org/10.1007/s00705-009-0376-y
  3. Růžek D., Yakimenko V.V., Karan L.S., Tkachev S.E. Omsk haemorrhagic fever. Lancet. 2010; 376(9758): 2104–13. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(10)61120-8
  4. Львов Д.К., Альховский С.В., Жирнов О.П. 130 лет вирусологии. Вопросы вирусологии. 2022; 67(5): 357–84. https://doi.org/10.36233/0507-4088-140 https://elibrary.ru/qhembl
  5. Garcia-Blanco M.A., Vasudevan S.G., Bradrick S.S., Nicchitta C. Flavivirus RNA transactions from viral entry to genome replication. Antiviral Res. 2016; 134: 244–9. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2016.09.010
  6. Colmant A.M.G., Charrel R.N., Coutard B. Jingmenviruses: Ubiquitous, understudied, segmented flavi-like viruses. Front. Microbiol. 2022; 13: 997058. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.997058
  7. Gao X., Zhu K., Wojdyla J.A., Chen P., Qin B., Li Z., et al. Crystal structure of the NS3-like helicase from Alongshan virus. IUCrJ. 2020; 7(Pt. 3): 375–82. https://doi.org/10.1107/S2052252520003632
  8. Kholodilov I.S., Litov A.G., Klimentov A.S., Belova O.A., Polienko A.E., Nikitin N.A., et al. Isolation and characterisation of Alongshan virus in Russia. Viruses. 2020; 12(4): 362. https://doi.org/10.3390/v12040362
  9. Kholodilov I.S., Belova O.A., Morozkin E.S., Litov A.G., Ivannikova A.Y., Makenov M.T., et al. Geographical and tick-dependent distribution of flavi-like Alongshan and Yanggou tick viruses in Russia. Viruses. 2021; 13(3): 458. https://doi.org/10.3390/v13030458
  10. Kholodilov I.S., Belova O.A., Ivannikova A.Y., Gadzhikurbanov M.N., Makenov M.T., Yakovlev A.S., et al. Distribution and characterisation of tick-borne flavi-, flavi-like, and phenuiviruses in the Chelyabinsk region of Russia. Viruses. 2022; 14(12): 2699. https://doi.org/10.3390/v14122699
  11. Wang Z.D., Wang B., Wei F., Han S.Z., Zhang L., Yang Z.T., et al. A new segmented virus associated with human febrile illness in China. N. Engl. J. Med. 2019; 380(22): 2116–25. https://doi.org/10.1056/NEJMoa1805068
  12. Kuivanen S., Levanov L., Kareinen L., Sironen T., Jääskeläinen A.J., Plyusnin I., et al. Detection of novel tick-borne pathogen, Alongshan virus, in Ixodes ricinus ticks, south-eastern Finland, 2019. Euro Surveill. 2019; 24(27): 1900394. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.27.1900394
  13. Temmam S., Bigot T., Chrétien D., Gondard M., Pérot P., Pommelet V., et al. Insights into the host range, genetic diversity, and geographical distribution of Jingmenviruses. mSphere. 2019; 4(6): e00645–19. https://doi.org/10.1128/mSphere.00645-19
  14. Stanojević M., Li K., Stamenković G., Ilić B., Paunović M., Pešić B., et al. Depicting the RNA virome of hematophagous arthropods from Belgrade, Serbia. Viruses. 2020; 12(9): 975. https://doi.org/10.3390/v12090975
  15. Ebert C.L., Söder L., Kubinski M., Glanz J., Gregersen E., Dümmer K., et al. Detection and characterization of Alongshan virus in ticks and tick saliva from Lower Saxony, Germany with serological evidence for viral transmission to game and domestic animals. Microorganisms. 2023; 11(3): 543. https://doi.org/10.3390/microorganisms11030543
  16. Stegmüller S., Fraefel C., Kubacki J. Genome Sequence of Alongshan virus from Ixodes ricinus ticks collected in Switzerland. Microbiol. Resour. Announc. 2023; 12(3): e0128722. https://doi.org/10.1128/mra.01287-22
  17. Bugmyrin S.V., Romanova L.Y., Belova O.A., Kholodilov I.S., Bespyatova L.A., Chernokhaeva L.L., et al. Pathogens in Ixodes persulcatus and Ixodes ricinus ticks (Acari, Ixodidae) in Karelia (Russia). Ticks Tick Borne Dis. 2022; 13(6): 102045. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2022.102045
  18. Wang Z.D., Wang W., Wang N.N., Qiu K., Zhang X., Tana G., et al. Prevalence of the emerging novel Alongshan virus infection in sheep and cattle in Inner Mongolia, northeastern China. Parasit Vectors. 2019; 12(1): 450. https://doi.org/10.1186/s13071-019-3707-1
  19. Ladner J.T., Wiley M.R., Beitzel B., Auguste A.J., Dupuis A.P. 2nd., Lindquist M.E., et al. A multicomponent animal virus isolated from mosquitoes. Cell Host Microbe. 2016; 20(3): 357–67. https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.07.011
  20. Souza W.M., Fumagalli M.J., Torres Carrasco A.O., Romeiro M.F., Modha S., Seki M.C., et al. Viral diversity of Rhipicephalus microplus parasitizing cattle in southern Brazil. Sci. Rep. 2018; 8(1): 16315. https://doi.org/10.1038/s41598-018-34630-1
  21. Emmerich P., Jakupi X., von Possel R., Berisha L., Halili B., Günther S., et al. Viral metagenomics, genetic and evolutionary characteristics of Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus in humans, Kosovo. Infect. Genet. Evol. 2018; 65: 6–11. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2018.07.010
  22. Данчинова Г.А., Хаснатинов М.А., Злобин В.И., Козлова И.В., Верхозина М.М., Сунцова О.В. и др. Иксодовые клещи юга Восточной Сибири и Монголии и их спонтанная зараженность возбудителями природно-очаговых трансмиссивных инфекций. Бюллетень сибирской медицины. 2006; 5(S1): 137–43. https://doi.org/10.20538/1682-0363-2006--137-143 https://elibrary.ru/rtnbop
  23. Morozkin E.S., Makenov M.T., Zhurenkova O.B., Kholodilov I.S., Belova O.A., Radyuk E.V., et al. Integrated Jingmenvirus polymerase gene in Ixodes ricinus genome. Viruses. 2022; 14(9): 1908. https://doi.org/10.3390/v14091908
  24. Карташов М.Ю., Кривошеина Е.И., Свирин К.А., Тупота Н.Л., Терновой В.А., Локтев В.Б. Генотипирование возбудителей клещевых инфекций и определение видового состава клещей, нападающих на людей в Новосибирске и его пригородах. Инфекция и иммунитет. 2022; 12(6): 1103–12. https://doi.org/10.15789/2220-7619-GOT-1979
  25. Litov A.G., Okhezin E.V., Kholodilov I.S., Polienko A.E., Karganova G.G. Quantitative polymerase chain reaction system for Alongshan virus detection. Methods Protoc. 2023; 6(5): 79. https://doi.org/10.3390/mps6050079

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Места отлова исследуемых клещей. Красным цветом отмечены локации, где в собранных клещах была выявлена РНК ALSV; зеленым ‒ локации, где РНК ALSV не была обнаружена.

Скачать (361KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Филогенетические деревья выявленных вариантов ALSV.

Скачать (1MB)
Метаданные
4. Рис. 3. Уровень различия нуклеотидных и аминокислотных последовательностей выявленных вариантов ALSV на юге Восточной Сибири.

Скачать (184KB)
Метаданные

© Карташов М.Ю., Кривошеина Е.И., Курушина В.Ю., Мошкин А.Б., Ханхареев С.С., Биче-оол Ч.Р., Пелёвина О.Н., Попов Н.В., Богомазова О.Л., Терновой В.А., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».