Изменения в структуре вириона A-вируса картофеля при ограниченном протеолизе in situ по данным тритиевого мечения и компьютерного моделирования

Белки оболочки (БО) вирионов потивируса А-вируса картофеля (АВК) содержат на поверхности частично неупорядоченные N-концевые домены, необходимые для выполнения жизненно важных функций вируса. В данной работе на основе данных, полученных методом тритиевой планиграфии, проведён сравнительный анализ структур БО в интактных вирионах АВК и в частицах вируса, лишённых N-концевых 32 аминокислот (АВК∆32). С использованием структуры атомного разрешения БО потивируса Y картофеля (YBK), который является гомологом АВК, проведён расчёт доступной поверхности белков вириона YВК и определены области межсубъединичных/межвитковых контактов. Для этого использовали подход, основанный на обкатке сферической пробой поверхности белка, доступной растворителю (Lee, B., and Richards, F. M. (1971) J. Mol. Biol., 55, 379-400). Сравнение профилей включения тритиевой метки в интактный и частично деградированный вирион АВК∆32 выявило положение ΔN-пептида, экранирующего остатки 66-73, 141-146 и входящие в межвитковую область остатки 161-175. Было обнаружено наличие каналов/полостей в белковой оболочке вириона, благодаря которым он оказался частично проницаемым для атомов трития. При удалении ∆N-пептида наблюдалось уменьшение содержания метки внутри вириона (в области а.о. 184-200), что указывало на возможный структурный переход, приводящий к компактизации вириона и вследствие этого меньшей доступности для трития его внутренних регионов. На основании полученных данных можно сделать вывод, что часть поверхностного ∆N-пептида расположена между витками спирали вириона, это увеличивает шаг спирали и обеспечивает большую гибкость вириону, что важно для межклеточного транспорта вирусов в растениях.