R and S-Pyruvate-Containing Polysaccharide from the Cell Wall of Rathayibacter sp. VKM AC-2927

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The structures of two cell wall glycopolymers from the strainRathayibacter sp. VKM Ac-2927 (family Microbacteriaceae, class Actinomycetes), isolated from linden leaves affected by leaf miner, were established using chemical and NMR spectroscopy methods. The first polymer, rhamnomannan, is a heterogeneous chain polymer composed of regularly alternating α-D-rhamnose and α-D-mannose residues linked by (1→3)- and (1→2)-glycosidic bonds and contains a minor amount of lateral β-D-xylopyranose residues (the structure is presented in the text). The second polymer, acetalized withR- andS-pyruvic acid, consists of branched tetrasaccharide units, →3)-α-D-Galp4,6-(R-Pyr)-(1→3)-β-D-Glcp-(1→6)-[β-D-Galp3,4-(S-Pyr)-(1→4)]-α-D-Manp-(1→. The structure of this polysaccharide is new for representatives of the genusRathayibacterand prokaryotes in general. The results of the present study indicate the structural diversity of microbial glycopolymers and are consistent with previously obtained data on the specificity of their composition for species of the genus Rathayibacter.

About the authors

M. S. Kokoulin

Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, Far Eastern Branch, Russian Academy of Sciences

690022 Vladivostok, Russia

N. V. Potekhina

Faculty of Biology, Lomonosov Moscow State University

Email: potekhina@mail.ru
119234 Moscow, Russia

E. M. Tul’skaya

Faculty of Biology, Lomonosov Moscow State University

119234 Moscow, Russia

Y. V. Ospennikov

All-Russian Collection of Microorganisms (VKM), Skryabin Institute of Biochemistry and Physiology of Microorganisms, Russian Academy of Sciences

142290 Pushchino, Moscow Region, Russia

L. I. Evtushenko

All-Russian Collection of Microorganisms (VKM), Skryabin Institute of Biochemistry and Physiology of Microorganisms, Russian Academy of Sciences

142290 Pushchino, Moscow Region, Russia

References

  1. Evtushenko, L. I., and Dorofeeva, L. V. (2012) Genus XXII.RathayibacterZgurskaya, Evtushenko, Akimov and Kalakoutskii 1993, 147VP in Bergey’s manual of systematic bacteriology (Goodfellow, M., Kämpfer, P., Busse, H-J., Trujillo, M. E., Suzuki, K.-I., Ludwig, W., Whitman, W. B., eds) 2nd Edn, vol. 5. Springer, New York, Dordrecht, Heidelberg, London, pp. 953-964.
  2. Potekhina, N. V., Tul’skaya, E. M., Ospennikov, Y. V., and Evtushenko, L. I. (2023) Cell wall glycopolymers as chemotaxonomic characteristics of the genus and speciesRathayibacter,Microbiology,92, S2-S6,https://doi.org/10.1134/S0026261723603822.
  3. Shashkov, A. S., Potekhina, N. V., Tul’skaya, E. M, Dmitrenok, A. S., Senchenkova, S. N., Torgov, V. I., Dorofeeva, L. V., and Evtushenko, L. I. (2024) New lactate- and pyruvate-containing polysaccharide and rhamnomannan with xylose residues from the cell wall ofRathayibacter oskolensisVKM Ac-2121T,Carbohydr. Res.,540, 109145,https://doi.org/10.1016/j.carres.2024.109145.
  4. Шашков А. С., Потехина Н. В, Тульская Е. М., Дмитренок А. С., Сенченкова С. Н., Дорофеева Л. В., Евтушенко Л. И. (2024) Новыерамнозосодержащие гликополимеры клеточной стенкиRathayibacter festucaeВКМ Ac-1390T,Биохимия,89, 2081-2091,https://doi.org/10.31857/S0320972524120051.
  5. Tarlachkov, S. V., Ospennikov, Y. V., Demidov, A. V., Starodumova, I. P., Dorofeeva, L. V., Prisyazhnaya, N. V., et al. (2022) Draft genome sequences of 9 actinobacteria from the familyMicrobacteriaceaeassociated with insect- and nematode-damaged plants,Microbiol. Res. Announc.,11, e00487-22,https://doi.org/10.1128/mra.00487-22.
  6. Potekhina, N. V., Streshinskaya, G. M., Tul’skaya, E. M., and Shashkov, A. S. (2011) In Methods in Microbiology(Rainey, F. A., and Oren, A., eds), Vol. 38, Academic Press/Elsevier, Amsterdam, pp. 131-164,https://doi.org/10.1016/B978-0-12-387730-7.00020-6.
  7. Dmitrenok, A. S., Streshinskaya, G. M., Tul’skaya, E. M., Potekhina, N. V., Senchenkova, S. N., Shashkov, A. S., Bilan, M. I., Starodumova, I. P., Bueva, O. V., and Evtushenko, L. I. (2017) Pyruvylated cell wall glycopolymers ofPromicromonospora citreaVKM Ac-665TandPromicromonospora sp. VKM Ac-1028,Carbohydr. Res.,449, 34-142,https://doi.org/10.1016/j.carres.2017.07.008.
  8. Leontein, K., Lindberg, B., and Lonngren, J. (1978) Assignment of absolute configuration of sugars by g.l.c. of their acetylated glycosides formed from chiral alcohols,Carbohydr. Res.,62, 359-362,https://doi.org/10.1016/S0008-6215(00)80882-4.
  9. Shashkov, A. S., Lipkind, G. M., Knirel, Y. A., and Kochetkov, N. K. (1988) Stereometrical factors determining the effects of glycosylation on the13C chemical shifts in carbohydrates,Magn. Reson. Chem.,26, 735-747,https://doi.org/10.1002/mrc.1260260904.
  10. Garegg, P.J., Jansson, P.-E., Lindberg, B., Lindh, F., and Lönngren, J. (1980) Configuration of the acetal carbon atom of pyruvic acid acetals in some bacterial polysaccharides,Carbohydr. Res.,79, 127-132,https://doi.org/10.1016/S0008-6215(00)83666-6.
  11. Chun, J., Oren, A., Ventosa, A., Christensen, H., Arahal, D. R., da Costa M. S., Rooney, A. P., Yi, H., Xu, X. W., De Meyer, S., and Trujillo, M. E. (2018) Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes,Int. J. Syst. Evol. Microbiol.,68, 461-466,https://doi.org/10.1099/ijsem.0.002516.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».