Two New Species of the Genus Cryptomonas (Cryptophyta: Cryptophyceae) from Cat Tien National Park (Vietnam)

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

In this paper, we describe two new species of the genus Cryptomonas from Cat Tien National Park (Vietnam): Cryptomonas pascheri and Cryptomonas playfairii, based on morphological characteristics and molecular analysis of the 18S, 28S, ITS2 rDNA and psb A cpDNA regions. The concept of compensatory base substitutions (CBCs) was also used for delimiting taxa. Both species are included in the same clade with C. lundii . If C. pascheri is morphologically similar to other species of the clade, then C. playfairii has obvious morphological differences. Each of the described species has clear molecular differences from related species in the C. lundii clade.

作者简介

N. Martynenko

A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution оf the Russian Academy of Sciences; Coastal Branch of the Joint Vietnam-Russia Tropical Science and Technology Research Center

编辑信件的主要联系方式.
Email: nikita-martynenko@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow; Nha Trang, Vietnam

E. Gusev

A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution оf the Russian Academy of Sciences; Coastal Branch of the Joint Vietnam-Russia Tropical Science and Technology Research Center

Email: nikita-martynenko@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow; Nha Trang, Vietnam

Phan Trong Huan

Coastal Branch of the Joint Vietnam-Russia Tropical Science and Technology Research Center

Email: nikita-martynenko@yandex.ru
越南, Nha Trang

参考

  1. Дещеревс кая О.А., Авилов В.К., Ба Зуй Динь и др. 2013. Современный климат национального парка Кат Тьен (южный Вьетнам): использование климатических данных для экологических исследований // Геофизические процессы и биосфера. Т. 12. № 2. С. 5.
  2. Киселев И.А. 1954. Пирофитовые водоросли // Определитель пресноводных водорослей СССР. Вып. 6.
  3. Кулизин П.В., Мартыненко Н.А., Гусев Е.С. и др. 2022. Новые для флоры России виды рода Cryptomonas (Cryptophyceae) // Биология внутр. вод. № 3. С. 222. h ttps://doi.org/10.31857/S032096522203010X
  4. Матвієнко О.М., Литвиненко Р.М. 1977. Пірофітові водорості – Pyrrophyta // Визначник прісноводних водоростей Української РСР. Т. 3. Ч. 2. Киев: Наук. думка.
  5. Хохлова О.С., Мякшина Т.Н., Кузнецов А.Н., Губин С.В. 2017. Морфогенетические особенности почв Национального парка Кат Тьен, Южный Вьетнам // Почвоведение. № 2. С. 176. https://doi.org/10.7868/S0032180X1612008X
  6. Akaike H. 1974. A new look at the statistical model identification // IEEE Trans. Autom. Control. V. 19(6). P. 716. h ttps://doi.org/10.1109/TAC.1974.1100705
  7. Altenburger A., Blossom H.E., Garcia-Cuetos L. et al. 2020. Dimorphism in cryptophytes – The case of Teleaulax amphioxeia / Plagioselmis prolonga and its ecological implications // Sci. Adv. V. 6(37). eabb1611. h ttps://doi.org/10.1126/sciadv.abb161
  8. Andersen R.A. 2005. Algal Culturing Techniques. Oxford: Elsevier Acad. Press.
  9. Blanc L., Maury-Lechon G., Pascal J.P. 2000. Structure, floristic composition and natural regeneration in the forests of Cat Tien National Park, Vietnam: an analysis of the successional trends // J. Biogeogr. V. 27(2). P. 141. h ttps://doi.org/10.1046/j.1365-2699.2000.00347.x
  10. Byun Y., Han K. 2006. PseudoViewer: web application and web service for visualizing RNA pseudoknots and secondary structures // Nucleic Acids Res. V. 34 (Suppl. 2). P. 416. h ttps://doi.org/10.1093/nar/gkl210
  11. Caisová L., Marin B., Melkonian M. 2013. A consensus secondary structure of ITS2 in the Chlorophyta identified by phylogenetic reconstruction // Protist. V. 164(4). P. 482. h ttps://doi.org/10.1016/j.protis.2013.04.005
  12. Choi B., Son M., Kim J.I., Shin W. 2013. Taxonomy and phylogeny of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae, Cryptophyta) from Korea // Algae. V. 28(4). P. 307. https://doi.org/10.4490/algae.2013.28.4.307
  13. Clay B.L., Kugrens P., Lee R.E. 1999. A revised classification of the Cryptophyta // Bot. J. Linn. Soc. 131(2). P. 131. h ttps://doi.org/10.1111/j.1095-8339.1999.tb01845.x
  14. Coleman A.W. 2000. The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence // Protist. V. 151(1). P. 1. h ttps://doi.org/10.1078/1434-4610-00002
  15. Coleman A.W. 2009. Is there a molecular key to the level of “biological species” in eukaryotes? A DNA guide // Mol. Phylogenet. Evol. V. 50(1). P. 197. h ttps://doi.org/10.1016/j.ympev.2008.10.008
  16. Douglas S.E., Murphy C.A., Spencer D.F., Gray M.W. 1991. Cryptomonad algae are evolutionary chimaeras of two phylogenetically distinct unicellular eukaryotes // Nature. № 350(6314). P. 148. h ttps://doi.org/10.1038/350148a0
  17. George E.E., Barcytė D., Lax G. et al. 2023. A single cryptomonad cell harbors a complex community of organelles, bacteria, a phage, and selfish elements // Curr. Biol. V. 33(10). P. 1982. h ttps://doi.org/10.1016/j.cub.2023.04.010
  18. Gillespie J.J., Johnston J.S., Cannone J.J., Gutell R.R. 2006. Characteristics of the nuclear (18S, 5.8 S, 28S and 5S) and mitochondrial (12S and 16S) rRNA genes of Apis mellifera (Insecta: Hymenoptera): structure, organization, and retrotransposable elements // Insect Mol. Biol. V. 15(5). P. 657. h ttps://doi.org/10.1111/j.1365-2583.2006.00689.x
  19. Guiry M.D., Guiry G.M. 2023. AlgaeBase. World-wide electronic publication. Galway: National University of Ireland. h ttps://www.algaebase.org ; дата обращения 27 ноября 2023 г.
  20. Gusev E.S., Doan N.H., Nguyen N.L. 2017. Silica-scaled chrysophytes from Cat Tien National Park (Dong Nai Province, Vietnam) // Nova Hedwigia. V. 105(3). P. 347. h ttps://doi.org/10.1127/nova_hedwigia/2017/0416
  21. Gusev E., Podunay Y., Martynenko N. et al. 2020. Taxonomic studies of Cryptomonas lundii clade (Cryptophyta: Cryptophyceae) with description of a new species from Vietnam // Fottea, Olomouc. V. 20(2). P. 137. h ttps://doi.org/10.5507/fot.2020.004
  22. Gusev E., Karthick B., Martynenko N. et al. 2021. Cryptomonas indica sp. nov. (Cryptophyceae: Cryptomonadales), a new species described from the Western Ghats, India // Phytotaxa. V. 518. P. 261. h ttps://doi.org/10.11646/phytotaxa.518.4.3
  23. Gusev E., Martynenko N., Kulizin P., Kulikovskiy M. 2022. Molecular diversity of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae) in Russia // Eur. J. Phycol. V. 57(4). P. 526. h ttps://doi.org/10.1080/09670262.2022.2031304
  24. Gusev E., Martynenko N., Shkurina N. et al. 2023. An Annotated Checklist of Algae from the Order Synurales (Chrysophyceae) of Viet Nam // Diversity. V. 15(2). P. 183. h ttps://doi.org/10.3390/d15020183
  25. Hill D.R.A. 1991a. Chroomonas and other blue-green cryptomonads // J. Phycol. V. 27. P. 133. https://doi.org/10.1111/j.0022-3646.1991.00133.x
  26. Hill D.R.A. 1991b. A revised circumscription of Cryptomonas (Cryptophyceae) based on examination of Australian strain // Phycologia. V. 30. P. 170. h ttps://doi.org/10.2216/i0031-8884-30-2-170.1
  27. Hill D.R.A., Rowan K.S. 1989. The biliproteins of the Cryptophyceae // Phycologia. V. 28. P. 455. https://doi.org/10.2216/I0031-8884-28-4-455.1
  28. Hill D.R.A., Wetherbee R. 1989. A reappraisal of the genus Rhodomonas (Cryptophyceae) // Phycologia. V. 28. P. 143. h ttps://doi.org/10.2216/i0031-8884-28-2-143.1
  29. Hoef-Emden K., Melkonian M. 2003. Revision of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae): a combination of molecular phylogeny and morphology provides insights into a long-hidden dimorphism // Protist. V. 154(3–4). P. 371. h ttps://doi.org/10.1078/143446103322454130
  30. Hoef-Emden K. 2005. Multiple independent losses of photosynthesis and differing evolutionary rates in the genus Cryptomonas (Cryptophyceae): combined phylogenetic analyses of DNA sequences of the nuclear and the nucleomorph ribosomal operons // J. Mol. Evol. V. 60. P. 183. h ttps://doi.org/10.1007/s00239-004-0089-5
  31. Hoef-Emden K., Tran H.D., Melkonian M. 2005. Lineage-specific variations of congruent evolution among DNA sequences from three genomes, and relaxed selective constraints on rbc L in Cryptomonas (Cryptophyceae) // BMC Evol. Biol. V. 5. P. 1. https://doi.org/10.1186/1471-2148-5-56
  32. Hoef-Emden K. 2007. Revision of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae) II: Incongruences between classical morphospecies concept and molecular phylogeny in smaller pyrenoid-less cells // Phycologia. V. 46(4). P. 402. h ttps://doi.org/10.2216/06-83.1
  33. Hoef-Emden K., Archibald J.M. 2017. Cryptophyta (Cryptomonads) // Handbook of the Protists. Cham: Springer International Publishing. P. 851.
  34. Hornberger L.O., Maggard I.J., Matthews R.A., Cahoon A.B. 2023. Cryptomonas pyrenoidifera organellar genomes and estimation of its ITS2 sequence diversity using lineage directed barcode primers // Phycologia. V. 62(3). P. 280. h ttps://doi.org/10.1080/00318884.2023.2202069
  35. Javornický P., Hindák F. 1970. Cryptomonas frigoris spec. nova (Cryptophyceae), the new cyst-forming flagellate from the snow of the High Tatras // Biologia. V. 25(4). P. 241.
  36. Katoh K., Toh H. 2010. Parallelization of the MAFFT multiple sequence alignment program // Bioinformatics. V. 26(15). P. 1899. h ttps://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq224
  37. Kumar S., Stecher G., Li M. et al. 2018. MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms // Mol. Biol. Evol. V. 35(6). P. 1547. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
  38. Lund J.W.G. 1942. Contributions to our knowledge of British algae. VIII // J. Bot. V. 80. P. 57.
  39. Martynenko N.A., Gusev E.S., Kulizin P.V. et al. 2020a. A new species of Cryptomonas (Cryptophyceae) from the Western Urals (Russia) // Europ. J. Taxon. V. 649. P. 1. h ttps://doi.org/10.5852/ejt.2020.649
  40. Martynenko N.A., Gusev E.S., Kapustin D.A. et al. 2020b. Cryptomonas cattiensis sp. nov. (Cryptophyceae: Cryptomonadales), a new species described from Vietnam // Phytotaxa. V. 454(2). P. 127. h ttps://doi.org/10.11646/phytotaxa.454.2.4
  41. Martynenko N., Kezlya E., Gusev E. 2022a. Description of a new species of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae: Cryptomonadales), isolated from soils in a tropical forest // Diversity. V. 14(11). P. 1001. h ttps://doi.org/10.3390/d14111001
  42. Martynenko N.A., Gusev E.S., Sterlyagova I.N., Kulikovskiy M.S. 2022b. Revealing hidden diversity in the Cryptomonas erosa clade (Cryptophyceae), with the description of two new species from acidic habitats // Phycologia. V. 61(2). P. 184. h ttps://doi.org/10.1080/00318884.2022.2025727
  43. Mittermeier R.A., Turner W.R., Larsen F.W. et al. 2011. Global biodiversity conservation: the critical role of hotspots // Biodiversity hotspots: distribution and protection of conservation priority areas. Berlin: Springer. P. 3.
  44. Müller T., Philippi N., Dandekar T. et al. 2007. Distinguishing species // RNA. V. 13(9). P. 1469. h ttps://doi.org/10.1261/rna.617107
  45. Pascher A. 1925. Neue oder wenig bekannte Protisten. XV. Neue oder wenig bekannte Flagellaten. XIII // Archiv für Protistenkunde. V. 50. P. 486.
  46. Playfair G.I. 1921. Australian freshwater flagellates // Proceedings of the Linnaean Society of New South Wales. V. 46.
  47. Ronquist F., Huelsenbeck J.P. 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models // Bioinformatics. V. 19(12). P. 1572. h ttps://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180
  48. Schultz J., Maisel S., Gerlach D. et al. 2005. A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) throughout the Eukaryota // RNA. V. 11(4). P. 361. h ttps://doi.org/10.1261/rna.7204505
  49. Schwarz G. 1978. Estimating the dimension of a model // The annals of statistics. V. 6(2). P. 61. h ttps://doi.org/10.1214/aos/1176344136
  50. Tanifuji G., Kamikawa R., Moore C.E. et al. 2020. Comparative plastid genomics of Cryptomonas species reveals fine-scale genomic responses to loss of photosynthesis // Genome Biol. Evol. V. 12(2). P. 3926. h ttps://doi.org/10.1093/gbe/evaa001
  51. Wolf M., Chen S., Song J. et al. 2013. Compensatory base changes in ITS2 secondary structures correlate with the biological species concept despite intragenomic variability in ITS2 sequences – A proof of concept // PloS ONE. V. 8(6). e66726. h ttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0066726
  52. Wuyts J., Van de Peer Y., De Wachter R. 2001. Distribution of substitution rates and location of insertion sites in the tertiary structure of ribosomal RNA // Nucleic Acids Res. V. 29(24). P. 5017. h ttps://doi.org/10.1093/nar/29.24.5017
  53. Zuker M. 2003. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction // Nucleic Acids Res. V. 31(13). P. 3406. h ttps://doi.org/10.1093/nar/gkg595

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © The Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».