Прижизненное генотипирование дальневосточного трепанга Apostichopus japonicus (Selenka, 1867) (Echinodermata: Holothuroidea) для аквакультурных и популяционно-генетических исследований

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Проведена экстракция ДНК дальневосточного трепанга Apostichopus japonicus (Selenka, 1867) из амбулакральных ножек и из продольной мышцы тела (в качестве контроля). Выделенная из амбулакральных ножек ДНК оказалась высокого качества, с ней можно проводить дальнейшие молекулярно-генетические исследования. Возможность получать генетический материал из живой особи открывает новые перспективы для мониторинга популяций, возврата особей в среду, а также отбора гидробионтов с высоким полиморфизмом для разведения в условиях аквакультуры.

Об авторах

В. Д. Ягодина

Национальный научный центр морской биологии им. А.В. Жирмунского (ННЦМБ) ДВО РАН; Институт Мирового океана, Дальневосточный федеральный университет (ДВФУ)

Email: iagodinavd@gmail.com
Владивосток, 690041 Россия; Владивосток, 690022 Россия

В. A. Брыков

Национальный научный центр морской биологии им. А.В. Жирмунского (ННЦМБ) ДВО РАН

Владивосток, 690041 Россия

Список литературы

  1. Гаврилова Г.С. Товарное выращивание дальневосточного трепанга. Владивосток: ТИНРО-центр. 2013. 99 с.
  2. Adachi K., Okumura S.I., Moriyama S. Genetic structure of Japanese sea cucumbers (Apostichopus japonicus) along the Sanriku coast supports the effect of earthquakes and related tsunamis // Genetica. 2018. V. 146. № 6. P. 497–503.
  3. Arafa S., Sadok S., El Abed A. Assessment of magnesium chloride as an anaesthetic for adult sea urchins (Paracentrotus lividus): incidence on mortality and spawning // Aquacult. Res. 2007. V. 38. P. 1673–1678.
  4. Chen L., Li Q., Yang J. Microsatellite genetic variation in wild and hatchery populations of the sea cucumber (Apostichopus japonicus Selenka) from northern China // Aquacult. Res. 2008. V. 39. P. 1541–1549.
  5. Chen M., Gao L., Zhang W. et al. Identification of forty-five gene-derived polymorphic microsatellite loci for the sea cucumber, Apostichopus japonicus // J. Genet. 2013. V. 92. P. e31–e35. http://www.ias.as.in/jgenet/OnlineResources/92/e31.pdf. https://doi.org/10.1007/s12041-013-0234-2
  6. Crespi-Abril A.C., Rubilar T. Ethical considerations for echinoderms: new initiatives in welfare // Animals (Basel). 2023. V. 13. Art. ID3377.
  7. Edgar R.C. MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity // BMC Bioinform. 2004. V. 5. Art. ID113.
  8. Furlan E., Stoklosa J., Griffiths J. et al. Small population size and extremely low levels of genetic diversity in island populations of the platypus, Ornithorhynchus anatinus // Ecol. Evol. 2012. V. 2. № 4. P. 844–857.
  9. Kang J.-H., Kim Y.-K., Kim M.-J. et al. Genetic differentiation among populations and color variants of sea cucumbers (Stichopus japonicus) from Korea and China // Int. J. Biol. Sci. 2011. V. 7. № 3. P. 323–332.
  10. Kanno M., Li Q., Kijima A. Isolation and characterization of twenty microsatellite loci in Japanese sea cucumber (Stichopus japonicus) // Mar. Biotechnol. 2005. V. 7. P. 179–183.
  11. Liao M., Wang Y., Rong X. et al. Development of new microsatellite DNA markers from Apostichopus japonicus and their cross-species application in Parastichopus parvimensis and Pathallus mollis // Int. J. Mol. Sci. 2011. V. 12. P. 5862–5870.
  12. Madeira P., Stefanni S., Ávila S.P. Non-destructive tissue sampling and the use of PCR-RFLPs in two edible sea cucumbers from the north-eastern Atlantic, Holothuria mammata Grube, 1840 and H. sanctori Delle Chiaje, 1823 (Echinodermata: Holothuroidea) // Eur. Zool. J. 2018. V. 85. № 1. P. 89–94.
  13. Method for extracting DNA by echinoderm living body sampling. https://patents.google.com/patent/CN101168760A/en
  14. Nowland S.J., Jerry D.R., Southgate P.C. A non-destructive tissue sampling technique for holothurians to facilitate extraction of DNA for genetic analysis // Invertebr. Biol. 2015. V. 134. № 3. P. 252–259.
  15. Oh G.-W., Ko S.-C., Lee D.H. et al. Biological activities and biomedical potential of sea cucumber (Stichopus japonicus): a review // Fish. Aquat. Sci. 2017. V. 20. Art. ID28.
  16. Peakall R., Smouse P.E. GenAlEx 6.5: Genetic Analysis in Exel. Population genetic software for teaching and research – an update // Bioinformatics. 2012. V. 28. № 19. P. 2537–2539.
  17. Peng W., Bao Z.M., Du H.X. et al. Development and characterization of 70 novel microsatellite markers for the sea cucumber (Apostichopus japonicus) // Genet. Mol. Res. 2012. V. 11. № 1. P. 434–439.
  18. Rozas J., Ferrer-Mata A., Sánchez-DelBarrio J.C. et al. DnaSP 6: DNA Sequence Polymorphism analysis of large datasets // Mol. Biol. Evol. 2017. V. 34. № 12. P. 3299–3302.
  19. Shangguan J., Li Z. Development of novel microsatellite markers for Holothurian scabra (Holothuriidae), Apostichopus japonicus (Stichopodidae) and cross-species testing in other sea cucumbers // Chin. J. Oceanol. Limnol. 2018. V. 36. P. 519–527.
  20. Soliman T., Kanno M., Kijima A., Yamazaki Y. Population genetic structure and gene flow in the Japanese sea cucumber Apostichopus japonicus across Toyama Bay, Japan // Fish. Sci. 2012. V. 78. P. 775–783.
  21. Sulardiono B., Hartoko A., Aini A.N. et al. Genetic diversity of commercial sea cucumbers Stichopus (Echinoderm: Stichopodidae) based on DNA Barcoding in Karimunjawa, Indonesia // Biodiversitas. 2022. V. 23. № 2. P. 922–927.
  22. Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11 // Mol. Biol. Evol. 2021. V. 38. P. 3022–3027.
  23. Technelysium DNA Sequencing Software. South Brisbane, Australia. https://technelysium.com.au
  24. Wei J.-L., Cong J.-J., Sun Z.-H. et al. A rapid and reliable method for genetic sex identification in sea cucumber, Apostichopus japonicus // Aquaculture. 2021. V. 543. Art. ID737021.
  25. Yan J., Jing J., Mu X. et al. A genetic linkage map of the sea cucumber (Apostichopus japonicus) based on microsatellites and SNPs // Aquaculture. 2013. V. 404–405. P. 1–7.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».