A Method for Increasing the Efficiency of Selection of Aptamers to Cellular Receptors

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

A method has been proposed to increase the efficiency of selection of aptamers to cellular receptors by the cell-Selex method, in particular to the receptor tyrosine kinase c-KIT. The use of Tween 20 in buffer solutions in concentrations not exceeding 0.01%, as well as trypsinolysis of surface proteins at the stage of elution of the combinatorial library of oligonucleotides bound to the cell surface, led to an increase in the specificity of aptamers and a decrease in nonspecific sorption according to the results of fluorescence microscopy, thermofluorimetric analysis and high-precision sequencing.

About the authors

V. E. Kuznetsova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: kuzneimb@gmail.com
Moscow, 119991 Russia

T. D. Lebedev

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

V. E. Shershov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

G. F. Shtylev

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

I. Yu. Shishkin

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

R. A. Miftahov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

V. I. Butvilovskaya

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

I. V. Grechishnikova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

O. A. Zasedateleva

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

A. V. Chudinov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

References

  1. Liu H., Chen X., Focia P., He X. // EMBO J. 2007. V. 26. P. 891-901. https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601545
  2. Camorani S., Crescenzi E., Fedele M., Cerchia L. // Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer. 2018. V. 1869. P. 263-277. https://doi.org/10.1016/j.bbcan.2018.03.003
  3. Рулина А.В., Спирин П.В., Прасолов В.С. // Усп. биол. химии. 2010. T. 50. C. 349-386.
  4. Bibi S., Langenfeld F., Jeanningros S., Brenet F., Soucie E., Hermine O., Damaj G., Dubreuil P., Arock M. // Immunol. Allergy Clin. North Am. 2014. V. 34. P. 239-262. https://doi.org/10.1016/j.iac.2014.01.009
  5. Kövecsi A., Jung I., Szentirmay Z., Bara T., Bara T., Jr., Popa D., Gurzu S. // Oncotarget. 2017. V. 8. P. 55950- 55957. https://doi.org/10.18632/oncotarget.19116
  6. Sankhala K.K. // Expert Opin. Investig. Drugs. 2017. V. 26. P. 427-443. https://doi.org/10.1080/13543784.2017.1303045
  7. Hicke B.J., Marion C., Chang Y.-F., Gould T., Lynott C.K., Parma D., Schmidt P.G., Warren S. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 48644-48654. https://doi.org/10.1074/jbc.m104651200
  8. Zhang Y., Chen Y., Han D., Ocsoy I., Tan W. // Bioanalysis. 2010. V. 2. P. 907-918. https://doi.org/10.4155/bio.10.46
  9. Wang C., Zhang M., Yang G., Zhang D., Ding H., Wang H., Fan M, Shen B., Shao N. // J. Biotechnol. 2003.V. 102. P. 15-22. https://doi.org/10.1016/s0168-1656(02)00360-7
  10. Cerhia L., Hamm J., Libri D., Tavitian B., Franciscis B. // FEBS Lett. 2002. V. 528. P. 12-16. https://doi.org/10.1016/s0014-5793(02)03275-1
  11. Blank M., Weinschenk T., Priemer M., Schluesener H. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 16464-16468. https://doi.org/10.1074/jbc.m100347200
  12. Daniels D.A., Chen H., Hicke B.J., Swiderek K.M., Gold L. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. P. 15416-15421. https://doi.org/10.1073/pnas.2136683100
  13. Laos R., Thomson J.M., Benner S.A. // Front. Microbiol. 2014. V. 5. P. 565. https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00565
  14. Tuerk C., Gold L. // Science. 1990. V. 249. P. 505-510. https://doi.org/10.1126/SCIENCE.2200121
  15. Ellington A.D., Szostak J.W. // Nature. 1990. V. 346. P. 818-822. https://doi.org/10.1038/346818a0
  16. Zhu G., Zhang H., Jacobson O., Wang Z., Chen H., Yang X., Niu G., Chen X. // Bioconj. Chem. 2017. V. 28. P. 1068-1075. https://doi.org/10.1021/acs.bioconjchem.6b00746
  17. Wang D.L., Songc Y.L., Zhu Z., Li X.L., Zou Y., Yang H.T., Wang J.J., Yao P.S., Pan R.J., Yang C.J., Kang D.Z. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2014. V. 453. P. 681-685. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2014.09.023
  18. Hollenstein M. // Molecules. 2012. V. 17. P. 13569- 13591. https://doi.org/10.3390/molecules171113569
  19. Gold L., Ayers D., Bertino J, Bock C., Bock A., Brody E.N., Carter J., Dalby A.B., Eaton B.E., Fitzwater T., Flather D., Forbes A., Foreman T., Fowler C., Gawande B., Goss M., Gunn M., Gupta S., Halladay D., Heil J., Heilig J., Hicke B., Husar G., Janjic N., Jarvis T., Jennings S., Katilius E., Keeney T.R., Kim N., Koch T.H., Kraemer S., Kroiss L., Le N., Levine D., Lindsey W., Lollo B., Mayfield W., Mehan M., Mehler R., Nelson S.K., Nelson M., Nieuwlandt D., Nikrad M., Ochsner U., Ostroff R.M., Otis M., Parker T., Pietrasiewicz S., Resnicow D.I., Rohloff J., Sanders G., Sattin S., Schneider D., Singer B., Stanton M., Sterkel A., Stewart A., Stratford S., Vaught J.D., Vrkljan M., Walker J.J., Watrobka M., Waugh S., Weiss A., Wilcox S.K., Wolfson A., Wolk S.K., Zhang C., Zichi D. // PLoS One. 2010. V. 5. P. e15004. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015004
  20. Sefah K., Shangguan D., Xiong X., O’Donoghue M.B., Tan W. // Nat. Protoc. 2010. V. 5. P. 1169-1185. https://doi.org/10.1038/nprot.2010.66
  21. Вагапова Э.Р., Лебедев Т.Д., Попенко В.И., Леонова О.Г., Спирин П.В., Прасолов В.С. // Act. Nat. 2020. Т. 12. C. 51-55. https://doi.org/10.32607/actanaturae.10938
  22. Lebedev T.D., Vagapova E.R., Popenko V.I., Leonova O.G., Spirin P.V., Prassolov V.S. // Front. Oncol. 2019. V. 9. P. 1046. https://doi.org/10.3389/fonc.2019.01046
  23. Meyer S., Maufort J.P., Nie J., Stewart R., McIntosh B.E., Conti L.R., Ahmad K.M., Soh H.T., Thomson J.A. // PLoS One. 2013. V. 8. P. e71798. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0071798
  24. Chudinov A.V., Shershov V.E., Pavlov A.S., Volkova O.S., Kuznetsova V.E., Zasedatelev A.S., Lapa S.A. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2020. V. 46. P. 856-858. https://doi.org/10.1134/S1068162020050064
  25. Vasiliskov V.A., Lapa S.A., Kuznetsova V.E., Surzhikov S.A., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Miftahov R.A., Zasedateleva O.A., Lisitsa A.V., Radko S.P., Zasedatelev A.S., Timofeev E.N., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2019. V. 45. P. 221-223. https://doi.org/10.1134/s1068162019030063
  26. Chudinov A.V., Kiseleva Y.Y., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Lapa S.A., Timofeev E.N., Archakov A.I., Lisitsa A.V., Radko S.P., Zasedatelevet A.S. // Mol Biol. 2017. V. 51. P. 474-482. https://doi.org/10.1134/S0026893317030025
  27. Lapa S.A., Pavlov A.S., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Radko S.P., Zasedatelev A.S., Lisitsa A.V., Chudinov A.V. // Mol. Biol. 2019. V. 53. P. 460-469. https://doi.org/10.1134/S0026893319030099
  28. Lyu Y., Chen G., Shangguan D., Zhang L., Wan S., Wu Y., Zhang H., Duan L., Liu C., You M., Wang J., Tan W. // Theranostics. 2016. V. 6. P. 1440-1452. https://doi.org/10.7150/thno.15666
  29. Cerchia L., Duconge F., Pestourie C., Boulay J., Aissouni Y. // PLoS Biol. 2005. V. 3. P. e123. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030123
  30. McKeague M., Derosa M.C. // J. Nucleic Acids. 2012. V. 2012. P. 748913. https://doi.org/10.1155/2012/748913
  31. Ouellet E., Foley J.H., Conway E.M., Haynes C. // Biotechnol. Bioeng. 2015. V. 112. P. 1506-1522. https://doi.org/10.1002/bit.25581
  32. Kissmann A.K., Bolotnikov G., Li R., Müller F., Xing H., Krämer M., Gottschalk K.E., Andersson J., Weil T., Rosenau F. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2024. V. 108. P. 284. https://doi.org/10.1007/s00253-024-13085-7
  33. Zhang H.L., Lv C., Li Z.H., Jiang S., Cai D., Liu S.S., Wang T., Zhang K.H. // Front. Chem. 2023. V. 11. P. 1144347. https://doi.org/10.3389/fchem.2023.1144347
  34. Ouellet E, Lagally E.T., Cheung K.C., Haynes C.A. // Biotechnology. 2014. V. 111. P. 2265-2279. https://doi.org/10.1002/bit.25294
  35. Schutze T., Arndt P., Menger M., Wochner A., Vingron M., Erdmann V., Lehrach H., Kaps Ch., Glokler J. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 38. P. e23. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029604
  36. Pearson K., Doherty C., Zhang D., Becker N.A., Maher L.J. // Anal. Biochem. 2022. V. 650. P. 114712. https://doi.org/10.1016/j.ab.2022.114712
  37. Raber H.F., Kubiczek D.H., Bodenberger N., Kissmann A.K., D’souza D., Xing H., Mayer D., Xu P., Knippschild U., Spellerberg B., Weil T., Rosenau F. // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 10425. https://doi.org/10.3390/ijms221910425
  38. Catuogno S., Esposito C.L. // Biomedicines. 2017. V. 5. P. 49. https://doi.org/10.3390/biomedicines5030049
  39. Flanagan Sh.P., Fogel R., Edkins A.L., Ho L., Limson J. // Anal. Methods. 2021. V. 13. P. 1191-1203. https://doi.org/10.1039/d0ay01878c
  40. Shangguan D., Meng L., Cao Z.C., Xiao Z., Fang X., Li Y., Cardona D., Witek R.P., Liu C., Tan W. // Anal. Chem. 2008. V. 80. P. 721-728. https://doi.org/10.1021/ac701962v
  41. Cherney L.T., Obrecht N.M., Krylov S.N. // Anal. Chem. 2013. V. 85. P. 4157-4164. https://doi.org/10.1021/ac400385v
  42. Mayer G., Ahmed M.S., Dolf A. // Nat. Protoc. 2010. V. 5. P. 1993-2004. https://doi.org/10.1038/nprot.2010.163
  43. Xiong L., Xia M., Wang Q., Meng Z., Zhang J., Yu G., Dong Z., Lu Y., Sun Y. // Biotechnol. Lett. 2022. V. 44. P. 777-786. https://doi.org/10.1007/s10529-022-03252-z
  44. Hua T., Zhang X., Tang B., Chang Ch., Liu G., Feng L., Yu Y., Zhang D., Hou J. // BMC Vet. Res. 2018. V. 14. P. 138. https://doi.org/10.1186/s12917-018-1457-5
  45. Zhang Y., Wu Y., Zheng H., Xi H., Ye T., Chan C.Y., Kwok C.K. // Anal. Chem. 2021. V. 93. P. 5744-5753. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.0c04862
  46. Замай А.С., Замай Г.С., Коловская О.С., Замай Т.Н., Березовский М.В. // Патент RU2518368С1, 2012.
  47. Zhang K., Sefah K., Tang L., Zhao Z., Zhu G., Ye M., Sun W., Goodison S., Tan W. // ChemMedChem. 2012. V. 7. P. 79-84. https://doi.org/10.1002/cmdc.201100457
  48. Gu L., Yan W., Liu S., Ren W., Lyu M., Wang S. // Anal. Biochem. 2018. V. 561-562. P. 89-95. https://doi.org/10.1016/j.ab.2018.09.004

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».