Development of Novel Low-Copy Nuclear Gene Primers by Transcriptomes in an Endemic Genus Orinus Hitchc. (Poaceae) from the Qinghai-Tibet Plateau

  • Авторы: Yuping Liu 1,2, Su X.1,3, Lv T.1,2, Chen K.3
  • Учреждения:
    1. Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University
    2. Key Laboratory of Physical Geography and Environmental Process in Qinghai Province, School of Life Science, Qinghai Normal University
    3. Key Laboratory of Education Ministry of Environments and Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University
  • Выпуск: Том 53, № 3 (2019)
  • Страницы: 261-265
  • Раздел: Article
  • URL: https://journals.rcsi.science/0095-4527/article/view/174093
  • DOI: https://doi.org/10.3103/S0095452719030113
  • ID: 174093

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

In the present study, a total of eleven low-copy nuclear gene markers were developed using transcriptomes for the plant genus Orinus Hitchc. (Poaceae), which comprises three species of grasses widely distributed in the Qinghai-Tibet Plateau. These developed markers were successfully amplified and sequenced for 90 individuals from nine populations of three Orinus species. The DNA sequences for the eleven loci ranged from 606 to 1152 aligned based pairs. Compared with four candidate DNA barcoding markers in our previous studies, the newly developed markers had a relatively higher number of parsimony informative sites than three cpDNA spacers (7–20 vs. 1–8), but slightly lower than those of the internal transcribed spacers (ITS). Hence, these novel low-copy nuclear gene primer pairs were validly useful for the study of phylogeography, phylogenetic analysis and population genetics. Moreover, they could be used in phylogeny reconstruction and speciation for a broad range of Orinus and even the entire subtribe Tridentinae.

Об авторах

Yuping Liu

Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai-Tibet Plateau,
School of Life Science, Qinghai Normal University; Key Laboratory of Physical Geography and Environmental Process in Qinghai Province,
School of Life Science, Qinghai Normal University

Email: xusu8527972@126.com
Китай, Xining, 810008; Xining, 810008

Xu Su

Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai-Tibet Plateau,
School of Life Science, Qinghai Normal University; Key Laboratory of Education Ministry of Environments and Resources in the Qinghai-Tibet Plateau,
School of Life Science, Qinghai Normal University

Автор, ответственный за переписку.
Email: xusu8527972@126.com
Китай, Xining, 810008; Xining, 810008

Ting Lv

Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai-Tibet Plateau,
School of Life Science, Qinghai Normal University; Key Laboratory of Physical Geography and Environmental Process in Qinghai Province,
School of Life Science, Qinghai Normal University

Email: xusu8527972@126.com
Китай, Xining, 810008; Xining, 810008

Kelong Chen

Key Laboratory of Education Ministry of Environments and Resources in the Qinghai-Tibet Plateau,
School of Life Science, Qinghai Normal University

Email: xusu8527972@126.com
Китай, Xining, 810008

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Allerton Press, Inc., 2019

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».