Genetic variation and taxonomic status of Dahl’s jird (Meriones dahli, rodentia, muridae)

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

Dahl’s jird, Meriones dahli, is a critically endangered species restricted to a small area in central Transcaucasia. The phylogenetic position of Dahl’s jird within the Midday jird species complex was assessed based on the DNA of museum material. Both mitochondrial and nuclear gene sequences were employed. Dahl’s jird has been found to be a sister group close to M. penicilliger, which is distributed in Turan. This result suggests the existence of a late Middle Pleistocene dispersal corridor for psammophilic species that is known to have connected the Transcaucasian and Transcaspian regions.

全文:

受限制的访问

作者简介

O. Nanova

Lomonosov Moscow State University

编辑信件的主要联系方式.
Email: nanovaolgag@gmail.com

Zoological Museum

俄罗斯联邦, Moscow, 125009

V. Lebedev

Lomonosov Moscow State University

Email: nanovaolgag@gmail.com

Zoological Museum

俄罗斯联邦, Moscow, 125009

E. Solovyeva

Lomonosov Moscow State University

Email: nanovaolgag@gmail.com

Zoological Museum

俄罗斯联邦, Moscow, 125009

A. Lisenkova

Lomonosov Moscow State University

Email: nanovaolgag@gmail.com

Department of Vertebrate Zoology

俄罗斯联邦, Moscow, 119234

V. Bogatyreva

Lomonosov Moscow State University

Email: nanovaolgag@gmail.com

Zoological Museum

俄罗斯联邦, Moscow, 125009

E. Zemlemerova

Severtsov Institute of Ecology and Evolution, Russian Academy of Sciences

Email: nanovaolgag@gmail.com
俄罗斯联邦, Moscow, 119081

V. Matrosova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: nanovaolgag@gmail.com

Department of Structural and Functional Genomics

俄罗斯联邦, Moscow, 119991

参考

  1. Alhajeri B.H., Steppan S.J., 2018. A phylogenetic test of adaptation to deserts and aridity in skull and dental morphology across rodents // Journal of Mammalogy. V. 99. № 5. P. 1197–1216. https://doi.org/10.1093/jmammal/gyy099
  2. Ananjeva N.B., Orlov N.L., Khalikov R.G., Darevsky I.S., Ryabov I.S., Barabanov A.V., 2006. An Atlas of the Reptiles of North Eurasia. Taxonomic Diversity, Distribution, Conservation Status // Pensoft Series Faunistica. V. 47. P. 1–250.
  3. Baker R.J., Bradley R.D., 2006. Speciation in mammals and the genetic species concept // Journal of Mammalogy. V. 87. № 4. P. 643–662. https://doi.org/10.1644/06-MAMM-F-038R2.1
  4. Bannikov A.G., Darevsky I.S., Rustamov A.K., 1971. Zemnovodniye i presmykayushchiesya SSSR (Amphibians and Reptiles of the USSR). Moscow: Mysl’. 304 p.
  5. Bulut Ş., Karacan G.O., 2021. Taxonomic status of Dahl’s Jird, Meriones dahli, as inferred from cytochrome b and IRBP gene sequences (Mammalia: Rodentia) // Zoology in the Middle East. V. 67. № 4. P. 283– 289. https://doi.org/10.1080/09397140.2021.1992835
  6. Bulut Ş., 2022. The present status, distribution, demography, and diet of the Dahl’s Jird // Brazilian Journal of Biology. V. 82. P. e237849. https://doi.org/10.1590/1519-6984.237849
  7. Clark A.G., 1990. Inference of haplotypes from PCR-amplified samples of diploid populations // Molecular Biology and Evolution. V. 7. № 2. P. 111–122. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040591
  8. Dando T. Meriones dahli. The IUCN Red List of Threatened Species 2021: e.T13162A22433617 [Electronic resource]. Access: https://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2021-3.RLTS.T13162A22433617.en. Accessed October 17, 2023.
  9. Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D., Rambaut A., 2012. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7 // Molecular Biology and Evolution. V. 29. № 8. P. 1969–1973. https://doi.org/10.1093/molbev/mss075
  10. Dyatlov A.I., Avanyan L.A., 1987. Substantiation of the species rank for two subspecies of jirds (Meriones, Cricetidae, Rodentia) // Russian Journal of Zoology. V. 66. P. 1069– 1074.
  11. Excoffier L., Lischer H.E., 2010. Arlequin suite ver. 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows // Molecular Ecology Resources. V. 10. № 3. P. 564–567. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x
  12. Gromov I.M., Erbajeva M.A., 1995. Mlekopitayushchie fauny Rossii i sopredel’nyh territorii. Zaitseobraznye i gryzuny (Mammals of the Fauna of Russia and Adjacent Territories. Lagomorphs and Rodents) // Opredeliteli po faune Rossii (Identification Guide to the Fauna of Russia). № 167. St. Petersburg: Zoological Institute of Russian Academy of Sciences. 520 p.
  13. Hall T.A., 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT // Nucleic acids symposium series. V. 41. № 41. P. 95–98.
  14. Heptner V.G., 1945. Desert-steppe fauna of Palearctic and centers of its formation // Bulletin of Moscow Society of Naturalists. Biological series. V. 50. P. 17–38.
  15. Heptner V.G., 1968. Some theoretical aspects of conceptions of subspecies, subspecies’ traits and borders of range by the example of geographical variability of two palearctic mammal species // Proceedings of Zoological Museum MSU. V. 10. P. 3–36.
  16. Ho S.Y., Phillips M.J., Cooper A., Drummond A.J., 2005. Time dependency of molecular rate estimates and systematic overestimation of recent divergence times // Molecular Biology and Evolution. V. 22. № 7. P. 1561–1568. https://doi.org/10.1093/molbev/msi145
  17. Hosseinian Yousefkhani S.S., Rastegar-Pouyani E., Aliabadian M., 2016. Ecological niche differentiation and taxonomic distinction between Eremias strauchi strauchi and Eremias strauchi kopetdaghica (Squamata: Lacertidae) on the Iranian Plateau based on ecological niche modeling // Italian Journal of Zoology. V. 83. № 3. P. 408–416. https://doi.org/10.1080/11250003.2016.1209581
  18. Korobitsyna K.V., 1969. Vnutrividovaya izmenchivost’ hromosom nekotoryh peschanok (Meriones, Gerbillinae, Cricetidae, Rodentia), (Intraspecific variability of chromosomes of some species of gerbils (Meriones, Gerbillinae, Cricetidae, Rodentia)) // Mlekopitayushchie: evolutsiya, kariologiya, sistematika, faunistika: materialy ko II-omu Vses. soveshch. po mlekopitayushchim (Mammals: Evolution, Karyology, Taxonomy, Fauna: Materials for the II All-Union Mammology Confer.), Novosibirsk. P. 117– 120.
  19. Kalyaanamoorthy S., Minh B.Q., Wong T.K., Von Haeseler A., Jermiin L.S., 2017. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates // Nature Methods. V. 14. № 6. P. 587–589. https://doi.org/10.1038/nmeth.4285
  20. Leigh J.W., Bryant D., 2015. POPART: full-feature software for haplotype network construction // Methods in Ecology and Evolution. V. 6. № 9. P. 1110–1116. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12410
  21. Minh B.Q., Nguyen M.A.T., Von Haeseler A., 2013. Ultrafast approximation for phylogenetic bootstrap // Molecular Biology and Evolution. V. 30. № 5. P. 1188– 1195. https://doi.org/10.1093/molbev/mst024
  22. Nanova O., 2014. Geographical variation in the cranial measurements of the midday jird Meriones meridianus (Rodentia: Muridae) and its taxonomic implications // Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. V. 52. № 1. P. 75–85. https://doi.org/10.1111/jzs.12032
  23. Nanova O.G., Lebedev V.S., Matrosova V.A., Adiya Y., Undrakhbayar E., Surov A.V., Shenbrot G.I., 2020. Phylogeography, phylogeny, and taxonomical revision of the Midday jird (Meriones meridianus) species complex from Dzhungaria // Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. V. 58. № 4. P. 1335–1358. https://doi.org/10.1111/jzs.12372
  24. Nguyen L.-T., Schmidt H.A., Von Haeseler A., Minh B.Q., 2015. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies // Molecular Biology and Evolution. V. 32. № 1. P. 268–74. https://doi.org/10.1093/molbev/msu300
  25. Pavlinov I. Ya., 1990. Kladisticheskiy analiz (metodologicheskie problemy) (Cladistic Analysis (Methodological Problems)). Moscow: Moscow Univ. Publ. 160 p.
  26. Sahakyan L.V., Fayvush G.M., Kalashian M.Y., 2009. The current status of Dahl’s jird (Meriones dahli Shidlovski, 1962) // Status and Protection of Globally Threatened Species in the Caucasus. Zazanashvili N. and Mallon D., Eds. Tbilisi: CEPF, WWF. Contour Ltd. P. 111–116.
  27. Shidlovsky M.V., 1962. Opredelitel’ gryzunov Zakavkaz’ya (Key to Rodents of the Transcaucasus), 2nd ed. Tbilisi: Metzniereba. 195 p.
  28. Wilson D.E., Lacher T.E., Mittermeier R.A. (eds), 2017. Handbook of the Mammals of the World. Vl. 7. Rodents II. Barcelona: Lynx Edicions. 1008 p.
  29. Zaitsev M.V., Voita L.L., Sheftel B.I., 1995. Mlekopitayushchie fauny Rossii I sopredel’nyh territorii. Nasekomoyadnye (The Mammals of Russia and Adjacent Territories. Lipotyphlans) // Opredeliteli po faune Rossii (Identification Guide to the Fauna of Russia). № 178. St. Petersburg: Zoological Institute of Russian Academy of Sciences. 390 p.

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载
2. Fig. 1. Map showing distribution of taxa belonging to Meriones meridianus species complex. Green – M. meridianus, orange – M. pennicilliger, blue – M. psammophilus, red – M. dahli, triangle – morphological data (Nanova, 2014), circle – previous genetic data, diamond – original genetic data. Hatched area – approximate range of species complex. Red frame shows a more detailed distribution map of M. dahli specimens.

下载 (699KB)
索引源数据
3. Fig. 2. Maximum likelihood tree reconstructing phylogenetic relationships among cytb haplotypes in the M. meridianus complex. For color codes, see Fig. 1.

下载 (324KB)
索引源数据
4. Fig. 3. Median-joining network reconstructions in PopART of relationships among nuclear gene alleles: a – short fragment of IRBP gene from museum specimens, b – longer fragment of IRBP gene using longer sequences of M. dahli specimens from Turkey (Bulut, Karacan, 2021), c – short fragment of BRCA1 gene. Circle size corresponds to the number of samples, color denotes the species (see scale and color reference in the legend). Number of streaks on branches marks mutational steps between nodes.

下载 (299KB)
索引源数据
5. Supplementary material
下载 (518KB)
索引源数据

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».