Experience of molecular typing and phylogenetic analysis of N. gonorrhoeae strains in the Russian Federation


Cite item

Full Text

Abstract

The article presents results of the molecular typing and phylogenetic analysis of N. Gonorrhoeae strains in the Russian Federation conducted based on a large sample of N. Gonorrhoeae strains. A considerable genetic variety of N. Gonorrhoeae strains circulating in the territory of the Russian Federation was revealed, which can serve as an evidence of a high rate of accumulation of por and tbp gene mutations among the Russian population of N. Gonorrhoeae strains. The authors established the genetic relationship between individual sequence types of N. Gonorrhoeae strains, and revealed total and dominating sequence types of N. Gonorrhoeae strains found both in different territories of the Russian Federation and abroad, which confirms that such strains can be transferred between different territories of the Russian Federation and from abroad due to active migration of population.

About the authors

V S Solomka

ФГБУ «ГНЦДК» Минздравсоцразвития России

к.б.н., старший научный сотрудник отдела лабораторной диагностики ИППП и болезней кожи Москва

R N Chuprov-Netochin

ФГБУ «ГНЦДК» Минздравсоцразвития России

научный сотрудник отдела лабораторной диагностики ИППП и болезней кожи Москва

N V Frigo

ФГБУ «ГНЦДК» Минздравсоцразвития России

Email: frigo@cnikvi.ru
д.м.н., главный научный сотрудник, заведующий отделом лабораторной диагностики ИППП и болезней кожи Москва

A A Kubanov

ФГБУ «ГНЦДК» Минздравсоцразвития России

д.м.н., профессор, заместитель директора по научной работе Москва

References

  1. Bennett J.S., Jolley K.A., Sparling P.F. et al. Species status of Neisseria gonorrhoeae: evolutionary and epidemiological inferences from multilocus sequence typing. BMC Biol 2007; 5: 35.
  2. Bilek N., Martin I.M., Bell G. et al. Concordance between Neisseria gonorrhoeae genotypes recovered from known sexual contacts. J Clin Microbiol 2007; 45 (11): 3564—3567.
  3. Сидоренко С.В., Фриго Н.В., Кухарева Е.Н. и др. Генетическое разнообразие штаммов Neisseria gonorrhoeae, выявленных от больных гонореей из территорий Российской Федерации. Вестн. дерматол. и венерол. 2008; 3: 31—36.
  4. Vidovic S., Horsman G.B., Liao M. et al. Influence of conser ved and hypervariable genetic markers on genotyping circulating strains of Neisseria gonorrhoeae. PLoS One 2011; 6 (12): e28259.
  5. Сидоренко С.В., Соломка В.С., Кожушная О.С. и др. Методы типирования возбудителей инфекций, передаваемых половым путем (N. gonorrhoeae, C. Trachomatis, T. Pallidum). Вестн. дерматол. и венерол. 2010; 3: 12—21.
  6. Unemo M., Dillon J.A. Review and international recommendation of methods for typing Neisseria gonorrhoeae isolates and their implications for improved knowledge of gonococcal epidemiology, treatment, and biology. Clin Microbiol Rev 2011; 24 (3): 447—458.
  7. Knapp J.S. Historical perspectives and identification of Neisseria and related species. Clin Microbiol Rev 1988; 1: 415—431.
  8. Tapsall J. Antimicrobial resistance in Neisseria gonorrhoeae. WH0/CDS/CSR/DRS/2001.3
  9. LeCuyer B.E., Criss A.K., Seifert H.S. Genetic characterization of the nucleotide excision repair system of Neisseria gonorrhoeae. J Bacteriol 2010; 192 (3): 665—673.
  10. Snyder L.A., Saunders N.J. The majority of genes in the pathogenic Neisseria species are present in non-pathogenic Neisseria lactamica, including those designated as ‘virulence genes’. BMC Genomics 2006; 7: 128.
  11. Marri P.R., Paniscus M., Weyand N.J. et al. Genome sequencing reveals widespread virulence gene exchange among human Neisseria species. PLoS One. 2010; 5 (7): e11835.
  12. Martin I.M., Ison C.A., Aanensen D.M. et al. Rapid sequence-based identification of gonococcal transmission clusters in a large metropolitan area. J Infect Dis 2004; 189 (8): 1497—1505.
  13. Florindo C., Pereira R., Boura M. et al. Genotypes and antimicrobial-resistant phenotypes of Neisseria gonorrhoeae in Portugal (2004—2009). Sex Transm Infect 2010; 86 (6): 449—453.
  14. Tanaka M., Koga Y., Nakayama H. et al. Antibiotic-resistant phenotypes and genotypes of Neisseria gonorrhoeae isolates in Japan: identification of strain clusters with multidrug-resistant phenotypes. Sex Transm Dis 2011; 38 (9): 871—875.
  15. Mavroidi A., Tzelepi E., Siatravani E. et al. Analysis of emergence of quinolone-resistant gonococci in Greece by combined use of Neisseria gonorrhoeae multiantigen sequence typing and multilocus sequence typing. J Clin Microbiol 2011; 49 (4): 1196—1201.
  16. Monfort L., Caro V., Devaux Z. et al. First Neisseria gonorrhoeae genotyping analysis in France: identification of a strain cluster with reduced susceptibility to ceftriaxone. J Clin Microbiol 2009; 47 (11): 3540—3545.
  17. Wong W.W., Huang C.T., Li L.H. et al. Molecular epidemiological identification of Neisseria gonorrhoeae clonal clusters with distinct susceptibility profiles associated with specific groups at high risk of contracting human immunodeficiency virus and syphilis. J Clin Microbiol 2008; 46 (12): 3931—3934.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2012 Solomka V.S., Chuprov-Netochin R.N., Frigo N.V., Kubanov A.A.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».