Исследование резистома микробных сообществ человека с помощью таргетной панели генов антибиотикорезистентности у пациентов с COVID-19

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Изучение совокупности генов лекарственной устойчивости (резистома) в микробиоме кишечника человека и изменений, происходящих с такими генами на фоне терапии COVID-19 в условиях стационара.

Материалы и методы. Проведено одноцентровое ретроспективное когортное исследование. Анализу подлежали только случаи с лабораторно подтвержденной детекцией РНК вируса SARS-CoV-2 c помощью полимеразной цепной реакции в образцах оро-/назофарингеального мазка. Из общего списка ретроспективных данных исключены пациенты с документированной (по анамнестическим данным и/или по данным обследования в период госпитализации) органической патологией со стороны гепатобилиарной системы, злокачественными новообразованиями любой локализации, системными и аутоиммунными заболеваниями, а также беременные. У всех участников исследования производился сбор кала для последующего проведения метагеномного секвенирования. Итоговая когорта разделена на 2 группы в зависимости от динамики течения заболевания: легкое течение (группа 1) и тяжелое течение (группа 2). Внутри группы 2 сформированы 5 подгрупп в зависимости от наличия приема антибактериальных препаратов (АБП): группа 2А (с приемом АБП), группа 2AС (прием АБП до госпитализации), группа 2АD (прием АБП во время госпитализации), группа – 2AE (прием АБП во время и до госпитализации), группа 2B (без приема АБП).

Результаты. Медиана количества генов антибиотикорезистентности – АБР (кумулятивное во всех временных точках) оказалась достоверно выше в группе пациентов, принимавших АБП: 81,0 (95% доверительный интервал – ДИ 73,8–84,5) против 51,0 (95% ДИ 31,1–68,4). В группе пациентов, принимавших АБП (2А), среднее количество генов множественной лекарственной устойчивости (эффлюксные системы) оказалось значимо выше, чем у лиц контроля (группа 2В): 47,0 (95% ДИ 46,0–51,2) против 21,5 (95% ДИ 7,0–43,9). У пациентов с тяжелым течением коронавирусной инфекции отмечалась тенденция к выявлению более высокой медианы количества генов АБР, однако без статистической достоверности. Пациенты из группы с тяжелым течением COVID-19, не принимавшие АБП до момента госпитализации и не имеющие среди назначений АБП, тоже обладали большим числом генов резистентности, чем пациенты противоположной группы.

Заключение. Настоящее исследование демонстрирует, что в группе с более легкой динамикой течения заболевания выявлено меньшее количество генов АБР, чем в группе с более тяжелым течением заболевания, где отмечалось увеличение генов АБР, среди которых доминировали отдельные 5 генов (SULI, MSRC, ACRE, EFMA, SAT).

Об авторах

Олег Олегович Янушевич

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4293-8465

акад. РАН, д-р мед. наук, проф., ректор, зав. каф. пародонтологии

Россия, Москва

Игорь Вениаминович Маев

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6114-564X

акад. РАН, д-р мед. наук, проф., зав. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та

Россия, Москва

Нателла Ильинична Крихели

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-8035-0638

д-р мед. наук, проф., зав. каф. клинической стоматологии 

Россия, Москва

Олег Валерьевич Левченко

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0857-9398

д-р мед. наук, проф., зав. каф. нейрохирургии и нейрореанимации 

Россия, Москва

Юлия Сергеевна Галеева

ФБУН «Научно-исследовательский институт системной биологии и медицины» Роспотребнадзора

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6304-4607

мл. науч. сотр. 

Россия, Москва

Елизавета Валентиновна Старикова

ФБУН «Научно-исследовательский институт системной биологии и медицины» Роспотребнадзора

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6582-210X

науч. сотр. 

Россия, Москва

Дмитрий Николаевич Андреев

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4007-7112

канд. мед. наук, доц., доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та 

Россия, Москва

Филипп Сергеевич Соколов

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-2813-6498

преподаватель каф. фармакологии лечебного фак-та НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» 

Россия, Москва

Алексей Константинович Фоменко

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-1794-7263

преп. каф. фармакологии лечебного фак-та

Россия, Москва

Михаил Кумарович Девкота

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-3736-4196

преп. каф. фармакологии лечебного фак-та 

Россия, Москва

Николай Германович Андреев

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-5136-0140

канд. мед. наук, доц., доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та

Россия, Москва

Андрей Владимирович Заборовский

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-7923-9916

д-р мед. наук, доц., зав. каф. фармакологии лечебного фак-та

Россия, Москва

Владимир Вячеславович Евдокимов

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-9281-579X

д-р мед. наук, проф. каф. клинической функциональной диагностики

Россия, Москва

Сергей Вадимович Царегородцев

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0254-0516

преп. каф. фармакологии лечебного фак-та 

Россия, Москва

Елена Николаевна Ильина

ФБУН «Научно-исследовательский институт системной биологии и медицины» Роспотребнадзора

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0130-5079

чл.-кор. РАН, проф. РАН, д-р биол. наук, гл. науч. сотр. 

Россия, Москва

Вадим Маркович Говорун

ФБУН «Научно-исследовательский институт системной биологии и медицины» Роспотребнадзора

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0837-8764

акад. РАН, д-р биол. наук, проф., дир. 

Россия, Москва

Петр Александрович Белый

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-5998-4874

канд. мед. наук, доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та 

Россия, Москва

Елена Анатольевна Сабельникова

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России; ГБУЗ «Московский клинический научно-практический центр им. А.С. Логинова» Департамента здравоохранения г. Москвы

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-7519-2041

д-р мед. наук, проф. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та ФГБОУ ВО «Российский университет медицины», зам. дир. по научной работе ГБУЗ «МКНЦ им. А.С. Логинова»

Россия, Москва; Москва

Александр Анатольевич Солодов

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-8263-1433

д-р мед. наук, дир. НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» 

Россия, Москва

Сергей Викторович Черёмушкин

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России; ЧУЗ «Центральная клиническая больница "РЖД-Медицина"»

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0982-2006

канд. мед. наук, доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» ФГБОУ ВО «Российский университет медицины», зам. гл. врача по терапевтической деятельности ЧУЗ «ЦКБ "РЖД-Медицина"»

Россия, Москва; Москва

Рафик Исхакович Шабуров

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России; ЧУЗ «Центральная клиническая больница "РЖД-Медицина"»

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-9741-0150

канд. мед. наук, доц. каф. пропедевтики внутренних болезней и гастроэнтерологии лечебного фак-та НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» ФГБОУ ВО «Российский университет медицины», гл. врач ЧУЗ «ЦКБ "РЖД-Медицина"»

Россия, Москва; Москва

Анастасия Леонидовна Кебина

ФГБОУ ВО «Российский университет медицины» Минздрава России

Email: phlppsokolov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-7570-9650

зам. глав. врача НОИ «Высшая школа клинической медицины им. Н.А. Семашко» Университетской клиники, ассистент каф. терапии, клинической фармакологии и скорой медицинской помощи 

Россия, Москва

Список литературы

  1. Pérez Jorge G, Rodrigues Dos Santos Goes IC, Gontijo MTP. Les misérables: A parallel between antimicrobial resistance and COVID-19 in Underdeveloped and developing countries current infectious disease reports. Curr Infect Dis Rep. 2022;24(11):175-86. doi: 10.1007/s11908-022-00788-z
  2. National Center for Emerging and Zoonotic Infectious Diseases. COVID-19: U.S. Impact on Antimicrobial Resistance, Special Report 2022. Available at: https://stacks.cdc.gov/view/cdc/119025. Accessed: 10.10.2023.
  3. O’Neill J. Tackling Drug-resistant Infections Globally: Final Report and Recommendations. The Review on Antimicrobial Resistance. 2016. Available at: https://amr-review.org/sites/default/files/160518_Final%20paper_with%20cover.pdf. Accessed: 10.10.2023.
  4. O’Neill J. Antimicrobial Resistance: Tackling a Crisis for the Health and Wealth of Nations. The Review on Antimicrobial Resistance, 2014. Available at: https://amr-review.org/sites/default/files/AMR%20Review%20Paper%20-%20Tackling%20a%20crisis%20for%20the%20health%20and%20wealth%20of%20nations_1.pdf. Accessed: 10.10.2023.
  5. Murray CJL, Ikuta KSh, Sharara F, et al.; Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: A systematic analysis. Lancet. 2022;399(10325):629-55. doi: 10.1016/S0140-6736(21)02724-0
  6. Cong W, Stuart B, AIhusein N, et al. Antibiotic use and bacterial infection in COVID-19 patients in the second phase of the SARS-CoV-2 pandemic: A scoping review. Antibiotics (Basel). 2022;11(8):991. doi: 10.3390/antibiotics11080991
  7. Langford BJ, So M, Simeonova M, et al. Antimicrobial resistance in patients with COVID-19: A systematic review and meta-analysis. Lancet Microbe. 2023;4(3):e179-91. doi: 10.1016/S2666-5247(22)00355-X
  8. Serapide F, Quirino A, Scaglione V, et al. Is the pendulum of antimicrobial drug resistance swinging back after COVID-19? Microorganisms. 2022;10(5):957. doi: 10.3390/microorganisms10050957
  9. WHO: Antimicrobial resistance. Available at: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/antimicrobial-resistance. Accessed: 10.10.2023.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Распределение пациентов по группам.

Скачать (102KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Распределение пациентов 2 групп в зависимости от оценки тяжести состояния пациента по шкале ECOG/WHO PS и степени поражения легких по данным КТ.

Скачать (98KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Значения log2foldchange, полученные в результате анализа с помощью DESeq2. Положительные значения log2FC (справа) соответствуют генам, перепредставленным в группе 2 (тяжелое течение) больных, отрицательные значения log2FC (слева) соответствуют генам, перепредставленным в группе 1 (легкое течение) больных.

Скачать (147KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Доля прочтений, картировавшихся на каждый из 15 генов, значимо различающихся в представленности между 2 группами больных [красный – прочтения, относящиеся к образцам из группы 2 (тяжелое течение) больных, голубой – прочтения, относящиеся к группе 1 (легкое течение) больных].

Скачать (101KB)
Метаданные
6. Рис. 5. Медиана количества генов АБР (кумулятивное во всех временных точках) у пациентов с легким (группа 1) и тяжелым течением коронавирусной инфекции (группа 2).

Скачать (58KB)
Метаданные
7. Рис. 6. Медиана количества генов резистентности в группе пациентов, принимавших АБП (группа 2А) и пациентов, не принимавших АБП (группа 2В).

Скачать (56KB)
Метаданные
8. Рис. 7. Медиана количества генов резистентности в группе пациентов 2АЕ и 2AD.

Скачать (69KB)
Метаданные
9. Рис. 8. Медиана количества генов множественной лекарственной устойчивости (эффлюксные системы) в контрольной группе 1 и группе 2В.

Скачать (61KB)
Метаданные

© ООО "Консилиум Медикум", 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
 
 


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах