Prediction of features of the course of chronic hepatitis C using Bayesian networks
- Authors: Samokhodskaya LM1, Starostina EE1, Sulimov AV1, Krasnova TN1, Rosina TP1,2, Avdeev VG1, Savkin IA1, Sulimov VB1, Mukhin NA1,2, Tkachuk VA1, Sadovnichii VA1
-
Affiliations:
- M.V. Lomonosov Moscow State University
- I.M. Sechenov First Moscow State Medical University of the Ministry of Health of the Russian Federation (Sechenov University)
- Issue: Vol 91, No 2 (2019)
- Pages: 32-39
- Section: Editorial
- URL: https://journals.rcsi.science/0040-3660/article/view/32913
- DOI: https://doi.org/10.26442/00403660.2019.02.000076
- ID: 32913
Cite item
Full Text
Abstract
Full Text
##article.viewOnOriginalSite##About the authors
L M Samokhodskaya
M.V. Lomonosov Moscow State Universityк.м.н., доц., Медицинский научно-образовательный центр ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
E E Starostina
M.V. Lomonosov Moscow State University
Email: starostinaee@gmail.com
врач-гастроэнтеролог, медицинский научно-образовательный центр ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
A V Sulimov
M.V. Lomonosov Moscow State Universityведущий программист, Научно-исследовательский вычислительный центр ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
T N Krasnova
M.V. Lomonosov Moscow State Universityк.м.н., доц., факультет фундаментальной медицины ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
T P Rosina
M.V. Lomonosov Moscow State University; I.M. Sechenov First Moscow State Medical University of the Ministry of Health of the Russian Federation (Sechenov University)к.м.н., доц., факультет фундаментальной медицины ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова», ФГАОУ ВО «Первый МГМУ им. И.М. Сеченова» Moscow, Russia
V G Avdeev
M.V. Lomonosov Moscow State Universityк.м.н., доц., факультет фундаментальной медицины ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
I A Savkin
M.V. Lomonosov Moscow State Universityпрограммист, Научно-исследовательский вычислительный центр ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
V B Sulimov
M.V. Lomonosov Moscow State Universityд.ф.-м.н., зав. лаб., Научно-исследовательский вычислительный центр ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
N A Mukhin
M.V. Lomonosov Moscow State University; I.M. Sechenov First Moscow State Medical University of the Ministry of Health of the Russian Federation (Sechenov University)д.м.н., проф., академик РАН, факультет фундаментальной медицины ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова», ФГАОУ ВО «Первый МГМУ им. И.М. Сеченова» Moscow, Russia
V A Tkachuk
M.V. Lomonosov Moscow State Universityд.б.н., проф., академик РАН, декан факультета фундаментальной медицины ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
V A Sadovnichii
M.V. Lomonosov Moscow State Universityд.ф.-м.н., проф., академик РАН, ректор ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Moscow, Russia
References
- Самоходская Л.М., Старостина Е.Е., Яровая Е.Б., Краснова Т.Н., Мухин Н.А., Ткачук В.А., Садовничий В.А. Математическая модель прогноза скорости фиброза печени у больных с хроническим гепатитом С на основе комбинаций геномных маркеров. Вестник Российской академии медицинских наук. 2015;70(5):651-61.
- Сулимов А.В., Втюрина Д.Н., Романов А.Н., Масленников Е.Д., Сулимов В.Б., Курочкин И.Н., Упоров И.В., Затейщиков Д.А., Носиков В.В., Варфоломеев С.Д. Экспертные системы персонифицированной медицины: применение байесовских сетей для предсказания состояния пациентов. В кн.: Пост - геномные исследования и технологии (под ред. чл. - корр. РАН С.Д. Варфоломеева). Москва: Изд - во МГУ; 2011. С. 641-702.
- Генс Г.П., Сулимов А.В., Моисеева Н.И., Каткова Е.В., Вельшер Л.З., Коробкова Л.И., Савкин И.А., Сулимов В.Б. Применение генных сигнатур и медицинских экспертных систем для прогнозирования клинических исходов рака молочной железы. Вестник РОНЦ им. Н.Н. Блохина РАМН. 2015;26(4):16-33
- Lucas P.J, van der Gaag L.C, Abu-Hanna A. Bayesian network sinbiomedicine andhealth - care. Artif Intell Med. 2004;30(3):201-14. doi: 10.1016/j.artmed.2003.11.001
- Gevaert O, De Smet F, Timmerman D, Moreau Y, De Moor B. Predicting the prognosis of breast cancer by integrating clinical and microarray data with Bayesian networks. Bioinformatics. 2006;22(14):184-90. doi: 10.1093/bioinformatics/btl230
- Poynard T, Ratziu V, Charlotte F, Goodman Z, Mchutchison J, Albrecht J. Rates and risk factors of liver fibrosis progression in patients with chronic hepatitis C. J Hepatol. 2001;34(5):730-9.
- Jensen F.V, Nielsen T.D. Bayesian Networks and Decision Graphs. New York: Springer Verlag; 2007: 193 p.
- Obuchowski N.A. ROC analysis. Am J Roentgenol. 2005;184(2):364-72. doi: 10.2214/ajr.184.2.01840364
- Hanley J.A, Mc Neil B.J. The meaning and use of the area under a receiver operating characteristic (ROC) curve. Radiology. 1982;143(1):29-36. doi: 10.1148/radiology.143.1.7063747
- Maslennikov E.D, Sulimov A.V, Savkin I.A, Evdokimova M.A, Zateyshchikov D.A, Nosikov V.V, Sulimov V.B. An intuitive risk factors search algorithm: usage of the Bayesian network technique in personalized medicine. J Applied Statistics. 2015;42(1):71-87. doi: 10.1080/02664763.2014.934664
- Генс Г.П., Сулимов А.В., Моисеева Н.И., Овсий О.Г., Вельшер Л.З., Рыбалкина Е.Ю., Селезнева И.И., Савкин И.А., Сулимов В.Б. Поиск подходов к прогнозированию исходов рака молочной железы с помощью байесовских сетей. Онкология. 2014;3(5):37-46.
- Топтыгина А.П., Азиатцева В.В., Савкин И.А., Кислицин А.А., Семикина Е.Л., Гребенников Д.С., Алешкин А.В., Сулимов А.В., Сулимов В.Б., Бочаров Г.А. Прогнозирование специфического гуморального иммунного ответа на основании исходных параметров иммунного статуса детей, привитых против кори, краснухи и эпидемического паротита. Иммунология. 2015;36(1):22-30.
- Sulimov A.V, Meshkov A.N, Savkin I.A, Katkova E.V, Kutov D.C, Hasanova Z.B, Konovalova N.V, Kukharchuk V.V, Sulimov V.B. Genome - wide analysis of genetic associations for prediction of polygenic hypercholesterolemia with bayesian networks. J Comp Eng Math. 2015;2(4):11-26. doi: 10.14529/jcem150402
- Vanagas G. Receiver operating characteristic curves and comparison of cardiac surgery risk stratification systems. Interact Cardiovasc Thorac Surg. 2004;3(2):319-22. doi: 10.1016/j.icvts.2004.01.008
- Tung B.Y, Emond M.J, Bronner M.P, Raaka S.D, Cotler S.J, Kowdley K.V. Hepatitis C, iron status, and disease severity: relationship with HFE mutations. Gastroenterology. 2003;124(2):318-26. doi: 10.1053/gast.2003.50046
- Barbaro G, Di Lorenzo G, Ribersani M, Soldini M, Giancaspro G, Bellomo G, Belloni G, Grisorio B, Barbarini G. Serum ferritin and hepatic glutathione concentrations in chronic hepatitis C patients related to the hepatitis C virus genotype. J Hepatol. 1999;30(5):774-82.
- Erhardt A, Maschner-Olberg A, Mellenthin C, Kappert G, Adams O, Donner A, Willers R, Niederau C, Haussinger D. HFE mutations and chronic hepatitis C: H63D and C282Y heterozygosity are independent risk factors for liver fibrosis and cirrhosis. J Hepatol. 2003;38(3):335-42.
- Moreno M.U, José G.S, Fortuño A, Beloqui O, Díez J, Zalba G. The C242T CYBA polymorphism of NADPH oxidase is associated with essential hypertension. J Hypertens. 2006;24(7):1299-306. doi: 10.1097/01.hjh.0000234110.54110.56
- Altarescu G, Haim S, Elstein D. Angiotensinogen promoter and angiotensinogen II receptor type 1 gene polymorphisms and incidence of ischemic stroke and neurologic phenotype in Fabry disease. Biomarkers. 2013;18(7):595-600. doi: 10.3109/1354750X.2013.836244
- Anstee Q.M, Dhar A, Thursz M.R. The role of hypercoagulability in liver fibrogenesis. Clin Res Hepatol Gastroenterol. 2011;35(8-9):526-33. doi: 10.1016/j.clinre.2011.03.011
- Plompen E.P, Darwish Murad S, Hansen B.E, Loth D.W, Schouten J.N, Taimr P, Hofman A, Uitterlinden A.G, Stricker B.H, Janssen H.L, Leebeek F.W. Prothrombotic Genetic Risk Factors are associated with an Increased Risk of Liver Fibrosis in the General Population: The Rotterdam Study. J Hepatol. 2015;63(6):1459-65. doi: 10.1016/j.jhep.2015.07.026
- Wright M, Goldin R, Hellier S, Knapp S, Frodsham A, Hennig B, Hill A, Apple R, Cheng S, Thomas H, Thursz M. Factor V Leiden polymorphism and the rate of fibrosis development in chronic hepatitis C virus infection. Gut. 2003;52(8):1206-10.
- Bochud P.Y, Cai T, Overbeck K, Bochud M, Dufour J.F, Mullhaupt B, Borovicka J, Heim M, Moradpour D, Cerny A, Malinverni R, Francioli P, Negro F. Genotype 3 is associated with accelerated fibrosis progression in chronic hepatitis C. J Hepatol. 2009;51(4):655-66. doi: 10.1016/j.jhep.2009.05.016
- Dammacco F, Sansonno D. Therapy for hepatitis C virus - related cryoglobulinemic vasculitis. N Engl J Med. 2013;369(11):1035-45. doi: 10.1056/NEJMra1208642
- Saadoun D, Asselah T, Resche-Rigon M, Charlotte F, Bedossa P, Valla D, Piette J.C, Marcellin P, Cacoub P. Cryoglobulinemia is associated with steatosis and fibrosis in chronic hepatitis C. Hepatology. 2006;43:1337-45. doi: 10.1002/hep.21190
- Casato M, Carlesimo M, Francia A, Timarco C, Antenucci A, Bove M, Martini H, Visentini M, Fiorilli M, Conti L. Influence of inherited and acquired thrombophilic defects on the clinical manifestations of mixed cryoglobulinaemia. Rheumatology (Oxford). 2008;47:1659-63. doi: 10.1093/rheumatology/ken303