Etiology of severe community - acquired pneumonia in adults: results of the first Russian multicenter study


如何引用文章

全文:

详细

Aim: to study the etiology of severe community - acquired pneumonia (SCAP) in adults in Russian Federation. SCAP is distinguished by high mortality and socio - economic burden. Both etiology and antimicrobial resistance are essential for appropriate antibiotic choice. Materials and methods. A prospective cohort study recruited adults with confirmed diagnosis of SCAP admitted to multi - word hospitals of six Russian cities in 2014-2018. Etiology was confirmed by routine culture of blood, respiratory (sputum, endotracheal aspirate or bronchoalveolar lavage) and when appropriate, autopsy samples, urinary antigen tests (L. pneumophila serogroup 1, S. pneumoniae); real - time PCR for identification of “atypical” bacterial pathogens (M. pneumoniae, C. pneumoniae, L. pneumophila) and respiratory viruses (influenza viruses A and B, parainfluenza, human metapneumovirus, etc.) was applied. Results. Altogether 109 patients (60.6% male; mean age 50.8±18.0 years old) with SCAP were enrolled. Etiological agent was identified in 65.1% of patients, S. pneumoniae, rhinovirus, S. aureus and K. pneumoniae were the most commonly isolated pathogens (found in 43.7, 15.5, 14.1 and 11.3% of patients with positive results of microbiological investigations, respectively). Bacteriemia was seen in 14.6% of patients and most commonly associated with S. pneumoniae. Co - infection with 2 or more causative agents was revealed in 36.6% of cases. Combination of bacterial pathogens (mainly S. pneumoniae with S. aureus or/and Enterobacterales) prevailed - 57.7% of cases; associations of bacteria and viruses were identified in 38.5% of patients, different viruses - in one case. Conclusion. S. pneumoniae was the most common pathogen in adults with SCAP. A high rate of respiratory viruses (mainly rhinovirus and influenza viruses) identification both as mixt infection with bacteria and mono - infection should be taken into account.

作者简介

I Zakharenkov

Bryansk city hospital №1; The Interregional Association for Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy

Email: Ivan.Zaharenkov@antibiotic.ru
врач-анестезиолог-реаниматолог ГАУЗ «БГБ №1», координатор исследований Межрегиональной ассоциации по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии; ORCID: 0000-0001-6577-4849 Bryansk, Russia

S Rachina

RUDN University

д.м.н., проф. каф. внутренних болезней с курсом кардиологии и функциональной диагностики им. акад. В.С. Моисеева ФГАОУ ВО «РУДН», ORCID: 0000-0002-3329-7846 Moscow, Russia

N Dekhnich

Smolensk State Medical University

к.м.н., доцент каф. факультетской терапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Минздрава России, ORCID: 0000-0002-6144-3919 Smolensk, Russia

R Kozlov

The Interregional Association for Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy; Smolensk State Medical University

член-корр. РАН, д.м.н., проф., ректор ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Минздрава России, ORCID: 0000-0001-8728-1113 Smolensk, Russia

A Sinopalnikov

Russian Medical Academy of Postgraduate Education

д.м.н., проф., зав. каф. пульмонологии Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования, ORCID: 0000-0002-1990-2042 Moscow, Russia

N Ivanchik

Smolensk State Medical University

к.м.н., н. с. НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Минздрава России, ORCID: 0000-0002-9392-0732 Smolensk, Russia

S Yatsyshina

Central Research Institute of Epidemiology

к.б.н, с.н.с., руководитель референс-центра по мониторингу за возбудителями инфекций верхних и нижних дыхательных путей ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, ORCID: 0000-0003-4737-941X Moscow, Russia

M Elkina

Central Research Institute of Epidemiology

м.н.с. ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора Moscow, Russia

M Archipenko

Regional Clinical Hospital №1

врач клинико-диагностической лаб. ГБУЗ «НИИ - Краевая клиническая больница №1 им. проф. С.В. Очаповского» Минздрава Краснодарского края Krasnodar, Russia

S Gordeeva

P.A. Bayandin Murmansk State Regional Clinical Hospital

зав. централизованной многофункциональной лаб. ГОБУЗ «Мурманская областная клиническая больница им. П.А. Баяндина» Murmansk, Russia

M Lebedeva

State Budgetary Healthcare Institution «Saint-Petersburg clinical scientific and practical center for specialised types of medical care (oncological)»

врач-клинический фармаколог Санкт-Петербургского клинического научно-практического центра специализированных видов медицинской помощи (онкологический) Saint-Petersburg, Russia

U Portnyagina

M.K. Ammosov Federal North-Eastern University

к.м.н., доцент каф. внутренних болезней и общеврачебной практики (семейной медицины) ФГАОУ ВО «Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова» Yakutsk, Russia

参考

  1. Инфекционная заболеваемость в Российской Федерации. Ссылка активна на 20.08.2019: http://www.rospotrebnadzor.ru
  2. Jain S, Self W.H, Wunderink R.G, et al. Community-Acquired pneumonia requiring hospitalization among US adults. N Engl J Med. 2015;373:415-27. doi: 10.1056/ NEJMoa1500245
  3. The top 10 causes of death: 2018 update. World Health Organization. Accessed Jule 20, 2019: http://www.who.int
  4. Ewig S, Woodhead M, Torres A. Towards a sensible comprehension of severe community - acquired pneumonia. Intensive Care Med. 2011;37:214-23. doi: 10.1007/s00134-010-2077-0
  5. Cilloniz C, Ewig S, Ferrer M, et al. Community - acquired polymicrobial pneumonia in the intensive care unit: aetiology and prognosis. Crit Care. 2011;15:R209. doi: 10.1186/cc10444
  6. Sligl W.I, Marrie T.J. Severe community acquired pneumonia. Crit Care Clin. 2013;29:563-601. doi: 10.1016/j.ccc.2013.03.009
  7. Garnacho-Montero J, Barrero-García I, Gómez-Prieto M.G, et al. Severe community - acquired pneumonia: current management and future therapeutic alternatives. Expert Rev Anti Infect Ther. 2018;16(9):667-77. doi: 10.1080/14787210.2018.1512403
  8. Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Шеенков Н.В. и др. Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний. Методические указания МУК 4.2.3115 -13. Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. М.
  9. Ruiz M, Ewig S, Marcos M.A, et al. Etiology of community - acquired pneumonia: impact of age, comorbidity and severity. Am J Respir Crit Care Med. 1999;160(2):397-405. doi: 10.1164/ajrccm.160.2.9808045
  10. Jokinen C, Heiskanen L, Juvonen H, et al. Microbial etiology of community - acquired pneumonia in the adult population of 4 municipalities in eastern Finland. Clin Infect Dis. 2001;32(8):1141-54. doi: 10.1086/319746
  11. Рачина С.А., Козлов Р.С., Шаль Е.П. и др. Структура бактериальных возбудителей внебольничной пневмонии в многопрофильных стационарах г. Смоленска. Пульмонология. 2011;(1):5-18. doi: 10.18093/0869-0189-2011-0-1-5-18
  12. Torres A, Blasi F, Peetermans W.E, et al. The aetiology and antibiotic management of community - acquired pneumonia in adults in Europe: a literature review. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2014;33(7):1065-79. doi: 10.1007/s10096-014-2067-1
  13. Рачина С.А., Иванчик Н.В., Козлов Р.С. Особенности микробиологической диагностики при внебольничной пневмонии у взрослых. Практическая пульмонология. 2016;(4):40-7.
  14. Johansson N, Kalin M, Tiveljung-Lindell A, et al. Etiology of community - acquired pneumonia: increased microbiological yield with new diagnostic methods. Clin Infect Dis. 2010;50:202-9. doi: 10.1086/648678
  15. Lanspa M.J, Peyrani P, Wiemken T, et al. Characteristics associated with clinician diagnosis of aspiration pneumonia: a descriptive study of afflicted patients and their outcomes. J Hosp Med. 2015;10:90-6. doi: 10.1002/jhm.2280
  16. Hariri G, Tankovic J, Boëlle P.Y, et al. Are third - generation cephalosporins unavoidable for empirical therapy of community - acquired pneumonia in adult patients who require ICU admission? A retrospective study. Ann Intensive Care. 2017;7(1):35. doi: 10.1186/s13613-017-0259-4
  17. Walden A.P, Clarke G.M, Mc Kechnie S, et al; ESICM/ECCRN GenOSept Investigators. Patients with community acquired pneumonia admitted to European intensive care units: an epidemiological survey of the GenOSept cohort. Crit Care. 2014;18(2):R58. doi: 10.1186/cc13812
  18. Quah J, Jiang B, Tan P.C, et al. Impact of microbial Aetiology on mortality in severe community - acquired pneumonia. BMC Infect Dis. 2018;18(1):451. doi: 10.1186/s12879-018-3366-4
  19. Choi S.H, Hong S.B, Ko G.B, et al. Viral infection in patients with severe pneumonia requiring intensive care unit admission. Am J Respir Crit Care Med. 2012;186:325-32. doi: 10.1164/rccm.201112-2240OC
  20. Piralla A, Mariani B, Rovida F, et al. Frequency of respiratory viruses among patients admitted to 26 intensive care units in seven consecutive winter - spring seasons (2009-2016) in northern Italy. J Clin Virol. 2017;92:48-51. doi: 10.1016/j.jcv.2017.05.004
  21. Bjarnason A, Westin J, Lindh M, et al. Incidence, Etiology, and Outcomes of Community-Acquired Pneumonia: A Population-Based Study. Open Forum Infect Dis. 2018;5(2):ofy010. doi: 10.1093/ofid/ofy010
  22. De Roux A, Ewig S, Garcia E, et al. Mixed community - acquired pneumonia in hospitalized patients. Eur Respir J. 2006;27:795-800. doi: 10.1183/09031936.06.00058605
  23. Robinson K.M, Kolls J.K, Alcorn J.F, et al. The immunology of influenza virus - associated bacterial pneumonia. Curr Opin Immunol. 2015;34:59-67. doi: 10.1016/j.coi.2015.02.002
  24. Shinya K, Gao Y, Cilloniz C, et al. Integrated clinical, pathologic, virologic, and transcriptomic analysis of H5N1 influenza virus - induced viral pneumonia in the rhesus macaque. J Virol. 2012;86(11):6055-66. doi: 10.1128/JVI.00365-12
  25. Smith A.M, Adler F.R, Ribeiro R.M, et al. Kinetics of coinfection with influenza a virus and Streptococcus pneumoniae. PLoS Pathog. 2013;9(3):e1003238. doi: 10.1371/journal. ppat.1003238
  26. Von Baum H, Welte T, Marre R, et al. Mycoplasma pneumoniae pneumonia revisited within the German Competence Network for Community - acquired pneumonia (CAPNETZ). BMC Infect Dis. 2009;9:62. doi: 10.1186/1471-2334-9-62
  27. Waites K.B, Xiao L, Liu Y, et al. Mycoplasma pneumoniae from the Respiratory Tract and Beyond. Clin Microbiol Rev. 2017;30(3):747-809. doi: 10.1128/CMR.00114-16
  28. Чучалин А.Г., Синопальников А.И., Козлов Р.С. и др. Клинические рекомендации по диагностике, лечению и профилактике тяжелой внебольничной пневмонии у взрослых. Пульмонология. 2014;14(4):13-48. doi: 10.18093/0869-0189-2014-0-4-13-48
  29. Mandell L.A, Wunderink R.G, Anzueto A, et al. Infectious Diseases Society of America/American Thoracic Society consensus guidelines on the management of community - acquired pneumonia in adults. Clin Infect Dis. 2007;44(Suppl 2):S27-S72. doi: 10.1086/511159

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Consilium Medicum, 2020

Creative Commons License
此作品已接受知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0国际许可协议的许可。
 
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».