Specific features of the enteric microbiota composition in patients with alcoholic liver cirrhosis
- Authors: Shalikiani NV1, Bakulin IG1, Dubinkina VB2, Ishchenko DS3,4, Alexeev DG3,4, Tyakht AV3,4, Pavlenko AV5,4, Ilyina EN6, Kostryukova ES2, Taraskina AE6, Skorodumova LO6, Maev IV7, Govorun VM3,4
-
Affiliations:
- «Московский клинический научно-практический центр» Департамента здравоохранения города Москвы
- «Московский физико-технический институт»
- «Московский физико-технический институт», Долгопрудныйя
- «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России, Москва
- «Московский физико-технический институт», Долгопрудный
- «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России
- «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава России
- Issue: Vol 87, No 12 (2015)
- Pages: 59-65
- Section: Editorial
- URL: https://journals.rcsi.science/0040-3660/article/view/31877
- ID: 31877
Cite item
Full Text
Abstract
About the authors
N V Shalikiani
«Московский клинический научно-практический центр» Департамента здравоохранения города МосквыМосква, Россия
I G Bakulin
«Московский клинический научно-практический центр» Департамента здравоохранения города МосквыМосква, Россия
V B Dubinkina
«Московский физико-технический институт»Долгопрудный, Россия
D S Ishchenko
«Московский физико-технический институт», Долгопрудныйя; «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России, Москва
D G Alexeev
«Московский физико-технический институт», Долгопрудныйя; «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России, Москва
A V Tyakht
«Московский физико-технический институт», Долгопрудныйя; «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России, Москва
A V Pavlenko
«Московский физико-технический институт», Долгопрудный; «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России, Москва
E N Ilyina
«НИИ физико-химической медицины» ФМБА РоссииМосква, Россия
E S Kostryukova
«Московский физико-технический институт»Долгопрудный, Россия
A E Taraskina
«НИИ физико-химической медицины» ФМБА РоссииМосква, Россия
L O Skorodumova
«НИИ физико-химической медицины» ФМБА РоссииМосква, Россия
I V Maev
«Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава РоссииМосква, Россия
V M Govorun
«Московский физико-технический институт», Долгопрудныйя; «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России, Москва
References
- World Health Organization et al. Global status report on alcohol and health-2014. World Health Organization; 2014.
- Gramenzi A, Caputo F, Biselli M et al. Review article: alcoholic liver disease — pathophysiological aspects and risk factors. Alimentary Pharmacology and Therapeutics. 2006;24(8):1151-1161. doi: 10.1111/j.1365-2036.2006.03110.x.
- Atkinson K, Rao R. Role of protein tyrosine phosphorylation in acetaldehyde-induced disruption of epithelial tight junctions. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2001;280:1280-1288.
- Bull-Otterson L, Feng W, Kirpich I et al. Metagenomic Analyses of Alcohol Induced Pathogenic Alterations in the Intestinal Microbiome and the Effect of Lactobacillus rhamnosus GG Treatment. PLoSONE. 2013;8(1):e53028. doi: 10.1371/journal.pone.0053028.
- Bajaj J, Heuman D, Hylemon P et al. Altered profile of human gut microbiome is associated with cirrhosis and its complications. Journal of Hepatology. 2014;60(5):940-947. doi: 10.1016/j.jhep.2013.12.019.
- Chen Y, Yang F, Lu H et al. Characterization of fecal microbial communities in patients with liver cirrhosis. Hepatology. 2011;54(2):562-572. doi: 10.1002/hep.24423.
- Mutlu E, Gillevet P, Rangwala H et al. Colonic microbiome is altered in alcoholism. AJP: Gastrointestinal and Liver Physiology. 2012;302(9):G966-G978. doi: 10.1152/ajpgi.00380.2011.
- Liu Q, Duan Z, Ha D, Bengmark S, Kurtovic J, Riordan S. Synbiotic modulation of gut flora: Effect on minimal hepatic encephalopathy in patients with cirrhosis. Hepatology. 2004;39(5):1441-1449. doi: 10.1002/hep.20194.
- Leclercq S, Matamoros S, Cani P et al. Intestinal permeability, gut-bacterial dysbiosis, and behavioral markers of alcohol-dependence severity. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2014;111(42):E4485-E4493. doi: 10.1073/pnas.1415174111.
- Qin N, Yang F, Li A et al. Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis. Nature. 2014;513(7516):59-64. doi: 10.1038/nature13568.
- Miller TL, Wolin MJ. Fermentations by saccharolytic intestinal bacteria. The American Journal of Clinical Nutrition. 1979;32(1):164-172.
- Nosova T. Acetaldehyde production and metabolism by human indigenous and probiotic lactobacillus and bifidobacterium strains. Alcohol and Alcoholism. 2000;35(6):561-568. doi: 10.1093/alcalc/35.6.561.
- Tyakht A, Popenko A, Belenikin M, Altukhov I, Pavlenko A, Kostryukova E, Selezneva O, Larin A, Karpova I, Alexeev D. MALINA: a web service for visual analytics of human gut microbiota whole-genome metagenomic reads. Source Code Biol Med. 2012;7(1):13. doi: 10.1186/1751—0473-7-13.
- Tyakht A, Kostryukova E, Popenko A, Belenikin M, Pavlenko A, Larin A, Karpova I, Selezneva O, Semashko T, Ospanova E, Babenko V, Maev I, Cheremushkin S, Kucheryavyy Y, Shcherbakov P, Grinevich V, Efimov O, Sas E, Abdulkhakov R, Abdulkhakov S, Lyalyukova E, Livzan M, Vlassov V, Sagdeev R,Tsukanov V, Osipenko M, Kozlova I, Tkachev A, Sergienko V, Alexeev D, Govorun V. Human gut microbiota community structures in urban and rural populations in Russia. Nature Communications. 2013;4:2469. doi: 10.1038/ncomms3469.
- Qin J, Li R, Raes J et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010;464(7285): 59-65. doi: 10.1038/nature08821.
- Huttenhower C, Gevers D, Knight R et al. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012;486(7402):207-214. doi: 10.1038/nature11234.
- Qin J, Li Y, Cai Z et al. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes. Nature. 2012;490(7418):55-60. doi: 10.1038/nature11450.
- Kanehisa M. The KEGG database. Silico simulation of biological processes. 2002;247:91-103.
- Segata N, Waldron L, Ballarini A, Narasimhan V, Jousson O, Huttenhower C. Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes. Nature Methods. 2012;9(8):811-814. doi: 10.1038/nmeth.2066.
- Langmead B, Trapnell C, Pop M, Salzberg S. Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. Genome Biol. 2009;10(3):R25. doi: 10.1186/gb-2009-10-3-r25.
- Кострюкова Е.С., Карпова И.Ю., Ларин А.К., Попенко А.С., Тяхт А.В., Ильина Е.Н. Вариабельность относительного содержания геномной ДНК человека при метагеномном анализе микробиоты кишечника. Биомедицинская химия. 2014;60(6):695-701. doi: 10.18097/pbmc20146006695.
- Gevers D, Kugathasan S, Denson L et al. The Treatment-Naive Microbiome in New-Onset Crohn’s Disease. Cell Host & Microbe. 2014;15(3):382-392. doi: 10.1016/j.chom.2014.02.005.
- Taur Y, Xavier J, Lipuma L et al. Intestinal Domination and the Risk of Bacteremia in Patients Undergoing Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation. Clinical Infectious Diseases. 2012;55(7):905-914. doi: 10.1093/cid/cis580.
- Ferrier L, Bérard F, Debrauwer L et al. Impairment of the Intestinal Barrier by Ethanol Involves Enteric Microflora and Mast Cell Activation in Rodents. The American Journal of Pathology. 2006;168(4):1148-1154. doi: 10.2353/ajpath.2006.050617.