Отправить статью по E-mail 
ОДНОВРЕМЕННОЕ ВСТРАИВАНИЕ РАЗНОИМЕННЫХ СУБ-МЕЧЕНЫХ ДЕЗОКСИПИРИМИДИНОВЫХ НУКЛЕОТИДОВ В СИНТЕЗИРУЕМУЮ ЦЕПЬ ДНК
- Авторы: Монакова П.М1, Шершов В.Е1, Суржиков С.А1, Гречишникова И.В1, Лапа С.А1, Чудинов А.В1
-
Учреждения:
- Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
- Выпуск: Том 59, № 6 (2025)
- Страницы: 1022-1028
- Раздел: МЕТОДЫ
- URL: https://journals.rcsi.science/0026-8984/article/view/358234
- DOI: https://doi.org/10.7868/S3034555325060119
- ID: 358234
Цитировать
Открытый доступ
Доступ предоставлен
Только для подписчиков
Аннотация
В ПЦР с Таq-полимеразой на геномной ДНК Staphylococcus aureus сравнивали субстратную эффективность восьми флуоресцентно меченных дезоксиуридин- и дезоксицитидинтрифосфатов (Cy5-dUTP и Cy5-dCTP), представляющих собой пары (dU и dC) с аналогичными цианиновыми заместителями, при одновременном введении таких пар в реакцию. Различные пары Cy5-dUTP и Cy5-dCTP отличались между собой тем, что в каждой из них были заместители с различной длиной линкера между азотистым основанием и флуорофором, а также длиной линкера между четвертичной аммониевой группой и вторым гетероциклом Cy5-флуорофора. Определяли показатели эффективности амплификации, а также выход целевого продукта и плотность встраивания метки в ПЦР-продукт. Обнаружено, что при одновременном введении в реакцию Cy5-модифицированных dU и dC в эквимолярных концентрациях ингибирующий эффект не подчинялся прямо пропорциональной зависимости от концентрации – в отличие от таковой при раздельном (индивидуальном) введении флуоресцентно меченных dNTPs. Это позволяет использовать одновременное введение Cy5-модифицированных dU и dC в ПЦР для увеличения чувствительности в методах, основанных на детекции флуоресцентного сигнала, например в технологии ДНК-микрочипов.
Об авторах
П. М Монакова
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наукМосква, Россия
В. Е Шершов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наукМосква, Россия
С. А Суржиков
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наукМосква, Россия
И. В Гречишникова
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наукМосква, Россия
С. А Лапа
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: lapa@biochip.ru
Москва, Россия
А. В Чудинов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наукМосква, Россия
Список литературы
- Lee M.A., Siddle A.L., Page R.H. (2002) ResonSense®: simple linear fluorescent probes for quantitative homogenous rapid polymerase chain reaction. *Analytica Chimica Acta*. **457**, 61–70.
- Yu H., Chao J., Patek D., Mujumdar R., Mujumdar S., Waggoner A.S. (1994) Cyanine dye dUTP analogs for enzymatic labeling of DNA probes. *Nucleic Acids Res*. **22**, 3226–3232.
- Abdirassilova A.A., Abdel Z.Z.H., Kurmanov B.K., Kassenova A.K., Rysbekova A.K., Yessimesti D.T., Abdeliyev B.Z., Meka Mechenko T.V., Dalibayev Z.H.S., Beginnbayeva E.Z.H. (2020) Development of a real-time PCR using fluorescent hybridization probes. *J. Res. Med. Dent. Sci*. **8**, 26–36.
- Navarro E., Serrano-Heras G., Castano M.J., Solera J. (2015) Real-time PCR detection chemistry. *Clin. Chim. Acta*. **439**, 231–250.
- Proudnikov D., Yuferov V., Zhou Y., LaForge K.S., Ho A., Kreek M.J. (2003) Optimizing primer-probe design for fluorescent PCR. *J. Neurosci. Methods*. **123**, 31–45.
- Lehnert M., Kipf E., Schlenker F., Borst N., Zengerle R., von Stetten F. (2018) Fluorescence signal-to-noise optimisation for real-time PCR using universal reporter oligonucleotides. *Analytical Methods*. **10**, 3444–3454.
- Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Emelyanova M.A., Guseinov T.O., Lapa S.A., Nasedkina T.V., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. (2017) Synthetic route to novel zwitterionic pentamethine indocyanine fluorophores with various substitutions. *Dyes Pigments*. **147**, 199–210.
- Шершов В.Е., Лапа С.А., Левашова А.И., Шишкин И.Ю., Штылев Г.Ф., Щекалова Е.Ю., Василисков В.А., Заседателев А.С., Кузнецова В.Е., Чудинов А.В. (2023) Синтез флуоресцентно-меченых нуклеотидов для маркирования продуктов изотермической амплификации. *Биоорг. химия*. **49**, 649–656.
- Ramakers C., Ruijter J.M., Deprez R.H., Moorman A.F. (2003) Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data. *Neurosci. Lett*. **339**, 62–66.
- Peirson S.N., Butler J.N., Foster R.G. (2003) Experimental validation of novel and conventional approaches to quantitative real-time PCR data analysis. *Nucleic Acids Res*. **31**, e73.
- Sambrook J., Russell D.W. (2001) Preparing denatured double-stranded DNA templates for sequencing by didcoxy-mediated chain termination. In: *Molecular Cloning: A Laboratory Manual*, 3rd ed., vol. 2, Ch. 12. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, pp. 12–26–12–30.
- Monakova P.M., Shershov V.E., Kuznetsova V.E., Chudinov A.V., Lapa S.A. (2025) Substrate behavior of dissimilar Cy5-deoxypyrimidine nucleotides in PCR with DNA templates of different GC compositions. *Mol. Biol*. **59**, 116–122. https://doi.org/10.1134/S0026893324700754
- Shershov V.E., Lapa S.A., Kuznetsova V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Polyakov S.A., Stomahin A.A., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. (2017) Comparative study of novel fluorescent cyanine nucleotides: hybridization analysis of labeled PCR products using a biochip. *J. Fluoresc*. **27** (6), 2001–2016.
Дополнительные файлы
