Composition of Microbial Communities in Sediments from Southern Baikal Containing Fe/Mn Concretions


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Massive parallel sequencing of the 16S rRNA gene fragments was used to investigate the composition and diversity of microbial communities in sediments from Southern Baikal to a depth of 9 cm with 1-cm step. In the layers from the sediment surface to the lower border of oxygen penetration (2 cm), organotrophic bacteria with high similarity to the heterotrophic species Luteolibacter luojiensis constituted the largest fraction of the community. In the formation zone of Fe/Mn crusts (3–5 cm), Proteobacteria and Actinobacteria predominated in the community, while the share of Cyanobacteria was considerable. The lower reduced layers showed an increased contribution of the Bacteroidetes, while the shares of the taxa predominant in the higher layers remained significant. Analysis of archaeal 16S rRNA gene amplicons revealed predominance of the soil and aquatic Thaumarchaeota (Marine Group I lineage), which are involved in anaerobic ammonium oxidation, practically in all sediment layers. The buried oxidized layer (6–7 cm), where members of the uncultured Marine Benthic Group D lineage of the order Thermoplasmatales (Euryarchaeota) predominated, was an exception in this regard. Small numbers of archaea of the Baikal-1 lineages (below 1%) were observed in the communities from the 6–7 and 7–8 cm layers, while the archaea involved in anaerobic methane oxidation (including the ANME-2d group) were not detected.

Об авторах

T. Zemskaya

Limnological Institute, Siberian Branch

Автор, ответственный за переписку.
Email: tzema@lin.irk.ru
Россия, Irkutsk

A. Lomakina

Limnological Institute, Siberian Branch

Email: tzema@lin.irk.ru
Россия, Irkutsk

E. Mamaeva

Limnological Institute, Siberian Branch

Email: tzema@lin.irk.ru
Россия, Irkutsk

A. Zakharenko

Limnological Institute, Siberian Branch

Email: tzema@lin.irk.ru
Россия, Irkutsk

A. Likhoshvai

Limnological Institute, Siberian Branch

Email: tzema@lin.irk.ru
Россия, Irkutsk

Yu. Galach’yants

Limnological Institute, Siberian Branch

Email: tzema@lin.irk.ru
Россия, Irkutsk

B. Müller

Eawag

Email: tzema@lin.irk.ru
Швейцария, Kastanienbaum

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Ltd., 2018

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».