Development of a submit candidate vaccine for the prevention of Dengue fever using immunoinformaics methods

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

The prediction of epitopes was carried out. The structural stability of the candidate vaccine was studied by the molecular dynamics method using the Gromacs-2023 software package. The results showed the preservation of the structural stability of all the studied subdomains. The final stage was the simulation of the cellular immune response using the C-IMMSIMM program. The results predict the ability of candidate vaccines to elicit both a vibrant primary and persistent secondary immune response.

全文:

受限制的访问

作者简介

A. Tulenev

National Research Center “Kurchatov Institute”

编辑信件的主要联系方式.
Email: tiulenev.aa@phystech.edu
俄罗斯联邦, Moscow

V. Timofeev

National Research Center “Kurchatov Institute”

Email: tiulenev.aa@phystech.edu
俄罗斯联邦, Moscow

A. Cherniavsky

National Research Center “Kurchatov Institute”

Email: tiulenev.aa@phystech.edu
俄罗斯联邦, Moscow

A. Ivanovsky

National Research Center “Kurchatov Institute”

Email: tiulenev.aa@phystech.edu
俄罗斯联邦, Moscow

Y. Kordonskaya

National Research Center “Kurchatov Institute”

Email: tiulenev.aa@phystech.edu
俄罗斯联邦, Moscow

Y. Pisarevsky

National Research Center “Kurchatov Institute”

Email: tiulenev.aa@phystech.edu
俄罗斯联邦, Moscow

Y. Dyakova

National Research Center “Kurchatov Institute”

Email: tiulenev.aa@phystech.edu
俄罗斯联邦, Moscow

参考

  1. Некоммерческое партнерство “Национальное научное общество инфекционистов”. Клинические рекомендации Лихорадка денге у взрослых. http://nnoi.ru/uploads/files/protokoly/Lih_Denge_adult.pdf
  2. World Health Organization. “Dengue and severe dengue”. https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/dengue-and-severe-dengue
  3. Keelapang P., Sriburi R. // J. Virol. 2004. V. 78. P. 2367. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17067286/
  4. Роспотребнадзор. Памятка: “Лихорадка Денге. Что это такое?”. https://71.rospotrebnadzor.ru/content/596/85820/
  5. Роспотребнадзор. О ситуации с лихорадкой Денге в мире. http://rospotrebnadzor.ru/about/info/news/news_details.php?ELEMENT_ID=10432&sphrase_id=1490042
  6. Хохлова Н.И., Краснова Е.И., Позднякова Л.Л. // Журнал инфектологии. 2015. Т. 7. № 1. С. 65. https://doi.org/10.22625/2072-6732-2015-7-1-65-69
  7. Сайфуллин М.А., Келли Е.И., Базарова М.В. и др. // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2015. Т. 20. № 2. С. 49.
  8. Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2022. V. 40. № 16. P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387
  9. Adekunle B.R., Angus N.O., Mercy T.A. et al. // Veterinary Vaccine. 2023. V. 2. № 1. P. 2772. https://doi.org/10.1016/j.vetvac.2023.100013
  10. Rakitina T.V., Smirnova E.V., Podshivalov D.D. et al. // Crystals. 2023. V. 13. P. 1416. https://doi.org/10.3390/cryst13101416
  11. UniProtKB. A0A6B7HXR6. https://www.uniprot.org/uniprotkb
  12. Altschul S.F., Gish W., Miller W. et al. // J. Mol. Biol. 1990. V. 215. № 3. P. 403. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283605803602
  13. Jeppe H., Trigos K.D., Pedersen M.D. et al. // ВioRxiv. 2022. P. 487609. https://doi.org/10.1101/2022.04.08.487609
  14. Jumper J., Evans R., Pritzel A. et al. // Nature. 2021. V. 596. P. 583. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
  15. DeLano W.L. // The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.8; Schrödinger. New York: LLC, 2015. https://pymol.org/
  16. Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. P. 424. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-424
  17. Ponomarenko J., Bui HH., Li W. et al. // BMC Bioinformatics. 2008. V. 9. P. 514. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-514
  18. Bangov I.P., Doytchinova I.A. // J. Mol. Model. V. 20. № 6. P. 2278. https://doi.org/10.1007/s00894-014-2278-5
  19. IEDB Solutions Center. Introducing the Antigen Summary Page. https://help.iedb.org/hc/en-us/articles/29457536364443
  20. Sharma N., Naorem L.D., Jain S., Raghava G.P.S. // Brief Bioinform. 2022. V. 23. № 5. P. 174. https://doi.org/10.1093/bib/bbac174
  21. Doytchinova I.A., Flower D.R. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. P. 4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-4
  22. Carvalho L., Sano Gi., Hafalla J. et al. // Nat. Med. 2002. V. 8. P. 166. https://doi.org/10.1038/nm0202-166
  23. Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PLoS One. 2010. V. 5. № 4. P. 9862. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009862
  24. Jorgensen W.L., Chandrasekhar J., Madura J.D. et al. // J. Chem. Phys. 1983. V. 79. P. 926. https://doi.org/10.1063/1.445869
  25. Lemak A.S., Balabaev N.K. // Berendsen Thermostat. https://www.wellesu.com/10.1080/08927029408021981
  26. Bender C.M., Orszag S.A. // Advanced Mathematical Methods for Scientists and Engineers I. https://www.sci-hub.ru/10.1007/978-1-4757-3069-2
  27. Parrinello M., Rahman A. // Polymorphic transitions in single crystals: A new molecular dynamics method. https://www.sci-hub.ru/10.1063/1.1675789
  28. Hockney R.W., Eastwood J.W. // Computer Simulation Using Particles (CRC Press, Boca Raton, 1988)
  29. Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2970904/
  30. RCSB PDB. About RCSB PDB: A Living Digital Data Resource That Enables Scientific Breakthroughs Across The Biological Sciences. https://www.rcsb.org/pages/about-us/index
  31. Rakitina T.V., Smirnova E.V. // Crystals. 2023. V. 13. № 10. P. 1416. https://doi.org/10.3390/cryst13101416
  32. Компанец Г.Г. // Наука и образование: новое время. 2018. Т. 1. № 2. С. 68. https://doi.org/10.12737/article_5b3a1b88f15189.21816642

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载
2. Fig. 1. The location of the protein relative to the cell membrane; the numbers 1, 2 and 3 indicate the studied supramembrane domains.

下载 (244KB)
索引源数据
3. Fig. 2. Spatial structure of the first studied domain of the A0A6B7HXR6 protein (T-cell epitopes are highlighted in dark gray, B-cell epitopes are highlighted in light gray, the subdomain richest in epitopes is highlighted in black circle).

下载 (142KB)
索引源数据
4. Fig. 3. Spatial structure of the second studied domain of the A0A6B7HXR6 protein (T-cell epitopes are highlighted in dark gray, B-cell epitopes are highlighted in light gray, the subdomain richest in epitopes is highlighted in black circle).

下载 (371KB)
索引源数据
5. Fig. 4. Spatial structure of the third studied domain of the A0A6B7HXR6 protein (T-cell epitopes are highlighted in dark gray, B-cell epitopes are highlighted in light gray, the subdomain richest in epitopes is highlighted in black circle).

下载 (313KB)
索引源数据
6. Fig. 5. Spatial structure of the candidate vaccine (dark parts are epitopes, light parts are non-epitopes).

下载 (136KB)
索引源数据
7. Fig. 6. Standard deviation of candidate vaccine atoms during molecular dynamics simulation.

下载 (68KB)
索引源数据
8. Fig. 7. Root-mean-square fluctuation of amino acid residues of the vaccine candidate during molecular dynamics simulation.

下载 (82KB)
索引源数据
9. Fig. 8. Radius of gyration of the vaccine candidate during molecular dynamics simulation.

下载 (88KB)
索引源数据
10. Fig. 9.

下载 (365KB)
索引源数据
11. Fig. 9.

下载 (351KB)
索引源数据
12. Fig. 9. Immune response to a vaccine. Antibodies are classified by isotype (a). Concentration of cytokines and interleukins (b). D in the inset is a cytokine storm danger signal. Total number of B lymphocytes, memory cells and their division into isotypes (c). Number of B lymphocytes in blood plasma, divided into isotypes (d). Total number of T helper lymphocytes and memory cells (e). Total number of T regulatory lymphocytes, active cells and memory cells (e). Total number of macrophages, internalized, representing the major histocompatibility complex class II, active and resting macrophages (g).

下载 (371KB)
索引源数据
13. Supplement
下载 (21KB)
索引源数据

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».