Application of the Crystal Structure of the SARS-CoV-2 Spike Protein for the Development of a Peptide Vaccine against Virus

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

Based on the spike protein of the SARS-CoV-2 virus, a protein capable of causing an immune answer has been predicted. The protein stability in solution is confirmed by the molecular dynamics simulation. Immunomodulation has shown that this protein causes an immune reaction and, correspondingly, may serve a vaccine prototype.

About the authors

A. S. Ivanovsky

Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

I. A. Kolesnikov

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

Yu. V. Kordonskaya

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia; Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

A. V. Ermakov

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

M. A. Marchenkova

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia; Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

V. I. Timofeev

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia; Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

Yu. V. Pisarevsky

Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia; National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

Yu. A. Dyakova

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

M. V. Kovalchuk

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia; Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Author for correspondence.
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

References

  1. Chan J.F.-W., Yuan S., Kok K.-H. et al. // Lancet. 2020. V. 395. № 10223. P 514. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30154-9
  2. Zhu N., Zhang D., Wang W. et al. // N. Engl. J. Med. 2020. V. 382. P. 727. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017
  3. WHO (2020) Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard. World Heal. Organ.
  4. Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (2019-nCoV) infection is suspected: interim guidance, WHO, 2020, 28 January.
  5. Randhawa G.S., Soltysiak M.P.M., El Roz H. et al. // PLoS ONE. 2020. V. 16 (1). E. 0232391. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232391
  6. Dongwan K., Lee J.-Y., Yang J.-S. et al. // Cell. 2020. V. 181. № 4. P. 914. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.04.011
  7. WHO Draft Landscape of COVID-19 Candidate Vaccines. WHO, Geneva-2020.
  8. Smith Trevor R.F., Patel A., Ramos S. et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. P. 2610. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16505-0
  9. Mulligan Mark J., Lyke K.E., Kitchin N. et al. // Nature. 2020. V. 586. P. 589. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2639-4
  10. Zhu F.-C., Guan X.-H., Li Y.-H. et al. // Lancet. 2020. V. 396. № 10249. P. 479. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31605-6
  11. Gao Q., Bao L., Mao H. et al. // Science. 2020. V. 369. № 6499. P. 77.
  12. Cao Y., Yisimayi A., Jian F. et al. // Nature. 2022. V. 608. P. 593. https://doi.org/10.1038/s41586-022-04980-y
  13. Gallagher T.M., Buchmeier M.J. // Virology. 2001. V. 279. № 2. P. 371. https://doi.org/10.1006/viro.2000.0757
  14. https://pymol.org/2/
  15. Abraham M.J., Murtola T., Schulz R. et al. // SoftwareX. 2015. V. 1. P. 19. https://doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001
  16. Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
  17. Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., van Gunsteren W.F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. № 8. P. 3684. https://doi.org/10.1063/1.448118
  18. Parrinello M., Rahman A. // J. Chem. Phys. 1982. V. 76. № 5. P. 2662. https://doi.org/10.1063/1.443248
  19. Hess B., Bekker H., Herman J.C. et al. // J. Comput. Chem. 1997. V. 18. P. 1463. https://doi.org/10.1002/(SICI)1096
  20. Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. № 12. P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
  21. https://kraken.iac.rm.cnr.it/C-IMMSIM/index.php
  22. Luckheeram R.V., Zhou R., Verma A.D., Xia B. // J. Immunol. Res. 2012. Art. 925135. https://doi.org/10.1155/2012/925135
  23. Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PubMed. 2010. https://doi.org/10.1371/journal.pone.000986

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2.

Download (470KB)
Indexing metadata
3.

Download (504KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2023 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».