Применение кристаллической структуры спайкового белка SARS-CoV-2 для разработки пептидной противовирусной вакцины
- Авторы: Ивановский А.С.1, Колесников И.А.2, Кордонская Ю.В.2,1, Ермаков А.В.2, Марченкова М.А.2,1, Тимофеев В.И.2,1, Писаревский Ю.В.1,2, Дьякова Ю.А.2, Ковальчук М.В.2,1
-
Учреждения:
- Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
- Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
- Выпуск: Том 68, № 6 (2023)
- Страницы: 955-958
- Раздел: КРИСТАЛЛОГРАФИЯ В БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЕ
- URL: https://journals.rcsi.science/0023-4761/article/view/231845
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0023476123600349
- EDN: https://elibrary.ru/ABZIFA
- ID: 231845
Цитировать
Аннотация
На основе спайкового белка вируса SARS-CoV-2 предсказан белок, который может вызывать иммунный ответ. Методом молекулярной динамики подтверждена стабильность белка в растворе. Иммуномоделирование показало, что данный белок вызывает иммунную реакцию и, соответственно, может служить прототипом вакцины.
Об авторах
А. С. Ивановский
Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва
И. А. Колесников
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва
Ю. В. Кордонская
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва
А. В. Ермаков
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва
М. А. Марченкова
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва
В. И. Тимофеев
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва
Ю. В. Писаревский
Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”; Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва
Ю. А. Дьякова
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва
М. В. Ковальчук
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
Автор, ответственный за переписку.
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва
Список литературы
- Chan J.F.-W., Yuan S., Kok K.-H. et al. // Lancet. 2020. V. 395. № 10223. P 514. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30154-9
- Zhu N., Zhang D., Wang W. et al. // N. Engl. J. Med. 2020. V. 382. P. 727. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017
- WHO (2020) Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard. World Heal. Organ.
- Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (2019-nCoV) infection is suspected: interim guidance, WHO, 2020, 28 January.
- Randhawa G.S., Soltysiak M.P.M., El Roz H. et al. // PLoS ONE. 2020. V. 16 (1). E. 0232391. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232391
- Dongwan K., Lee J.-Y., Yang J.-S. et al. // Cell. 2020. V. 181. № 4. P. 914. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.04.011
- WHO Draft Landscape of COVID-19 Candidate Vaccines. WHO, Geneva-2020.
- Smith Trevor R.F., Patel A., Ramos S. et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. P. 2610. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16505-0
- Mulligan Mark J., Lyke K.E., Kitchin N. et al. // Nature. 2020. V. 586. P. 589. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2639-4
- Zhu F.-C., Guan X.-H., Li Y.-H. et al. // Lancet. 2020. V. 396. № 10249. P. 479. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31605-6
- Gao Q., Bao L., Mao H. et al. // Science. 2020. V. 369. № 6499. P. 77.
- Cao Y., Yisimayi A., Jian F. et al. // Nature. 2022. V. 608. P. 593. https://doi.org/10.1038/s41586-022-04980-y
- Gallagher T.M., Buchmeier M.J. // Virology. 2001. V. 279. № 2. P. 371. https://doi.org/10.1006/viro.2000.0757
- https://pymol.org/2/
- Abraham M.J., Murtola T., Schulz R. et al. // SoftwareX. 2015. V. 1. P. 19. https://doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001
- Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
- Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., van Gunsteren W.F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. № 8. P. 3684. https://doi.org/10.1063/1.448118
- Parrinello M., Rahman A. // J. Chem. Phys. 1982. V. 76. № 5. P. 2662. https://doi.org/10.1063/1.443248
- Hess B., Bekker H., Herman J.C. et al. // J. Comput. Chem. 1997. V. 18. P. 1463. https://doi.org/10.1002/(SICI)1096
- Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. № 12. P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
- https://kraken.iac.rm.cnr.it/C-IMMSIM/index.php
- Luckheeram R.V., Zhou R., Verma A.D., Xia B. // J. Immunol. Res. 2012. Art. 925135. https://doi.org/10.1155/2012/925135
- Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PubMed. 2010. https://doi.org/10.1371/journal.pone.000986