Improvement of the Diffraction Properties of Thiocyanate Dehydrogenase Crystals

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

During determination of the thiocyanate dehydrogenase (TcDH) structure difficulties have occurred, related to the fact that enzyme crystals have been either twinned or strongly anisotropic. The diffraction quality of crystals can be improved by using mutant forms as objects of a study or by studying the structure of a related enzyme from another organism. Based on the analysis of the oligomeric structure of TcDH, the mutant forms of the enzyme that are promising for improving the diffraction properties have been proposed. The crystals have been obtained and the structures of the TcDH mutant forms with the substitutions T169A and K281A have been solved. The structure of the mutant form with the substitution T169A is found to be similar to the previously solved structures. In the structure of the mutant form with the substitution K281A, a change in the tetramer structure that made twinning impossible has been detected.

About the authors

L. A. Varfolomeeva

Federal Research Center “Fundamentals of Biotechnology,” Russian Academy of Sciences, 119071, Moscow, Russia

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

K. M. Polyakov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences, 119991, Moscow, Russia

Email: kmpolyakov@gmail.com
Россия, Москва

A. S. Komolov

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

T. V. Rakitina

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia; Shemyakin–Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

N. I. Dergousova

Federal Research Center “Fundamentals of Biotechnology,” Russian Academy of Sciences, 119071, Moscow, Russia

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

P. V. Dorovatovskii

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

K. M. Boyko

Bach Institute of Biochemistry, Federal Research Center “Fundamentals of Biotechnology” of the Russian Academy of Sciences, 117071, Moscow, Russia

Email: boiko_konstantin@inbi.ras.ru
Россия, Москва

T. V. Tikhonova

Federal Research Center “Fundamentals of Biotechnology,” Russian Academy of Sciences, 119071, Moscow, Russia

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

V. O. Popov

Federal Research Center “Fundamentals of Biotechnology,” Russian Academy of Sciences, 119071, Moscow, Russia

Author for correspondence.
Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

References

  1. Sorokin D.Y., Tourova T.P., Lysenko A.M. et al. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. P. 657. https://doi.org/10.1099/00207713-52-2-657
  2. Tikhonova T.V., Sorokin D.Y., Hagen W.R. et al // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2020. V. 117. P. 5280. https://doi.org/10.1073/pnas.1922133117
  3. Paraskevopoulos K., Antonyuk S.V., Sawers R.G. et al. // J. Mol. Biol. 2006. V. 362. P. 55. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2006.06.064
  4. Lebedev A.A., Vagin A.A., Murshudov G.N. // Acta Cryst. D. 2006. V. 62. P. 83. https://doi.org/10.1107/S0907444905036759
  5. Murshudov G.N., Skubák P., Lebedev A.A. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. P. 355. https://doi.org/10.1107/S0907444911001314
  6. Campeotto I., Lebedev A., Schreurs A.M.M. et al. // Sci. Rep. 2018. V. 8. P. 14876. https://doi.org/10.1038/s41598-018-32962-6
  7. Yeates T.O. // Methods Enzymol. 1997. V. 276. P. 344. https://doi.org/10.1016/S0076-6879(97)76068-3
  8. Padilla J.E., Yeates T.O. // Acta Cryst. D. 2003. V. 59. P. 1124. https://doi.org/10.1107/S0907444903007947
  9. Yang F., Dauter Z., Wlodawer A. // Acta Cryst. D. 2000. V. 56. P. 959. https://doi.org/10.1107/S0907444900007162
  10. Derewenda Z. S. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 604. https://doi.org/10.1107/S090744491000644X
  11. Longenecker K.L., Garrard S.M., Sheffield P.J., Derewenda Z.S. // Acta Cryst. D. 2001. V. 57. P. 679. https://doi.org/10.1107/S0907444901003122
  12. Malawski G.A., Hillig R.C., Monteclaro F. et al. // Protein Sci. 2006. V. 15. P. 2718. https://doi.org/10.1110/ps.062491906
  13. Neau D.B., Gilbert N.C., Bartlett S.G. et al. // Acta Cryst. F. 2007. V. 63. P. 972. https://doi.org/10.1107/S1744309107050993
  14. Backmark A., Nyblom M., Törnroth-Horsefield S. et al. // Acta Cryst. D. 2008. V. 64. P. 1183. https://doi.org/10.1107/S090744490802948X
  15. Svetogorov R.D., Dorovatovskii P.V., Lazarenko V.A. // Cryst. Res. Technol. 2020. V. 55. P. 1900184. https://doi.org/1002/crat.201900184
  16. Kabsch W. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 125. https://doi.org/10.1107/S0907444909047337
  17. Vagin A., Teplyakov A. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 22. https://doi.org/10.1107/S0907444909042589
  18. Winn M.D., Ballard C.C., Cowtan K.D. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. P. 235. https://doi.org/10.1107/S0907444910045749
  19. Emsley P., Lohkamp B., Scott W.G., Cowtan K. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 486. https://doi.org/10.1107/S0907444910007493
  20. Krissinel E., Henrick K. // J. Mol. Biol. 2007. V. 372. P. 774. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2007.05.022

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
2.

Download (1MB)
3.

Download (1MB)
4.

Download (1MB)

Copyright (c) 2023 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».