Улучшение дифракционных свойств кристаллов тиоцианатдегидрогеназы

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

При решении структуры тиоцианатдегидрогеназы (TcDH) возникли трудности, связанные с тем, что кристаллы фермента либо были двойниками, либо имели сильную анизотропию. Дифракционное качество кристаллов может быть улучшено за счет использования в качестве объекта изучения мутантных форм или изучения структуры родственного фермента из другого организма. На основе анализа олигомерной структуры TcDH предложены перспективные для улучшения дифракционных свойств мутантные формы фермента. Получены кристаллы и решены структуры мутантных форм TcDH с заменами Т169А и К281А. Структура мутантной формы с заменой Т169А аналогична ранее решенным структурам. В структуре мутантной формы с заменой К281А обнаружено изменение в строении тетрамера, которое привело к невозможности двойникования.

Об авторах

Л. А. Варфоломеева

Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

К. М. Поляков

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Email: kmpolyakov@gmail.com
Россия, Москва

А. С. Комолов

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

Т. В. Ракитина

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Институт биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

Н. И. Дергоусова

Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

П. В. Дороватовский

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

К. М. Бойко

Институт биохимии им. А.Н. Баха, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: boiko_konstantin@inbi.ras.ru
Россия, Москва

Т. В. Тихонова

Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

В. О. Попов

Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: larisaavarfolomeeva@gmail.com
Россия, Москва

Список литературы

  1. Sorokin D.Y., Tourova T.P., Lysenko A.M. et al. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. P. 657. https://doi.org/10.1099/00207713-52-2-657
  2. Tikhonova T.V., Sorokin D.Y., Hagen W.R. et al // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2020. V. 117. P. 5280. https://doi.org/10.1073/pnas.1922133117
  3. Paraskevopoulos K., Antonyuk S.V., Sawers R.G. et al. // J. Mol. Biol. 2006. V. 362. P. 55. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2006.06.064
  4. Lebedev A.A., Vagin A.A., Murshudov G.N. // Acta Cryst. D. 2006. V. 62. P. 83. https://doi.org/10.1107/S0907444905036759
  5. Murshudov G.N., Skubák P., Lebedev A.A. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. P. 355. https://doi.org/10.1107/S0907444911001314
  6. Campeotto I., Lebedev A., Schreurs A.M.M. et al. // Sci. Rep. 2018. V. 8. P. 14876. https://doi.org/10.1038/s41598-018-32962-6
  7. Yeates T.O. // Methods Enzymol. 1997. V. 276. P. 344. https://doi.org/10.1016/S0076-6879(97)76068-3
  8. Padilla J.E., Yeates T.O. // Acta Cryst. D. 2003. V. 59. P. 1124. https://doi.org/10.1107/S0907444903007947
  9. Yang F., Dauter Z., Wlodawer A. // Acta Cryst. D. 2000. V. 56. P. 959. https://doi.org/10.1107/S0907444900007162
  10. Derewenda Z. S. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 604. https://doi.org/10.1107/S090744491000644X
  11. Longenecker K.L., Garrard S.M., Sheffield P.J., Derewenda Z.S. // Acta Cryst. D. 2001. V. 57. P. 679. https://doi.org/10.1107/S0907444901003122
  12. Malawski G.A., Hillig R.C., Monteclaro F. et al. // Protein Sci. 2006. V. 15. P. 2718. https://doi.org/10.1110/ps.062491906
  13. Neau D.B., Gilbert N.C., Bartlett S.G. et al. // Acta Cryst. F. 2007. V. 63. P. 972. https://doi.org/10.1107/S1744309107050993
  14. Backmark A., Nyblom M., Törnroth-Horsefield S. et al. // Acta Cryst. D. 2008. V. 64. P. 1183. https://doi.org/10.1107/S090744490802948X
  15. Svetogorov R.D., Dorovatovskii P.V., Lazarenko V.A. // Cryst. Res. Technol. 2020. V. 55. P. 1900184. https://doi.org/1002/crat.201900184
  16. Kabsch W. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 125. https://doi.org/10.1107/S0907444909047337
  17. Vagin A., Teplyakov A. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 22. https://doi.org/10.1107/S0907444909042589
  18. Winn M.D., Ballard C.C., Cowtan K.D. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. P. 235. https://doi.org/10.1107/S0907444910045749
  19. Emsley P., Lohkamp B., Scott W.G., Cowtan K. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 486. https://doi.org/10.1107/S0907444910007493
  20. Krissinel E., Henrick K. // J. Mol. Biol. 2007. V. 372. P. 774. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2007.05.022

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2.

3.

4.


© Российская академия наук, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».