Effect of Reversion Back to Cys11 on the Structure and Function of S11C Cys-free Nt.BspD6I

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The three-dimensional structure of recombinant nicking endonuclease S11C Cys-free Nt.BspD6I was determined at 1.85 Å resolution. Nickase S11C Cys-free Nt.BspD6I was produced by the reversion back to Cys11 in Cys-free Nt.BspD6I using site-directed mutagenesis. An analysis of the crystal structure of nickase S11C Cys-free Nt.BspD6I demonstrated that the reversion back to Cys11 induces significant conformational changes in the recognition domain of nickase, which are accompanied by changes in its functions, such as a decrease in the affinity to DNA, the loss of the ability to undergo oligomerization, and high activity of restriction endonuclease S11C Cys-free R.BspD6I.

About the authors

R. I. Artyukh

Institute of Theoretical and Experimental Biophysics, Russian Academy of Sciences, 142290, Pushchino, Moscow oblast, Russia

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

B. F. Fatkhullin

Institute of Protein Research, Russian Academy of Sciences, 142290, Pushchino, Moscow oblast, Russia

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

V. N. Antipova

Institute of Theoretical and Experimental Biophysics, Russian Academy of Sciences, 142290, Pushchino, Moscow oblast, Russia

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

T. A. Perevyazova

Institute of Theoretical and Experimental Biophysics, Russian Academy of Sciences, 142290, Pushchino, Moscow oblast, Russia

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

G. S. Kachalova

Institute of Theoretical and Experimental Biophysics, Russian Academy of Sciences, 142290, Pushchino, Moscow oblast, Russia

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

A. K. Yunusova

Institute of Theoretical and Experimental Biophysics, Russian Academy of Sciences, 142290, Pushchino, Moscow oblast, Russia

Author for correspondence.
Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

References

  1. Wang W-C., Mao H., Ma D.-D., Yang W-X. // Front. Mar. Sci. 2014. V. 1. https://doi.org/10.3389/fmars.2014.00034
  2. Holliday G.L., Mitchell J.B., Thornton J.M. // J. Mol. Biol. 2009. V. 390. P. 560. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2009.05.015
  3. Ribeiro A.J.M., Tyzack J.D., Borkakoti N. et al. // J. Biol. Chem. 2020. V. 295. P. 314. https://doi.org/10.1074/jbcREV 119.006289
  4. Leichert L.I., Jakob U. // Antioxid. Redox Signal. 2006. V. 8 (5–6). P. 763. https://doi.org/10.1089/ars.2006.8.763
  5. Kachalova G.S., Rogulin E.A., Yunusova A.K. et al. // J. Mol. Biol. 2008. V. 384 (2). P. 489. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.09.033
  6. Artyukh R.I., Fatkhullin B.F., Kachalova G.S. et al. // Biochim. Biophys. Acta – Proteins Proteom. 2022. V. 1870 (3). P. 140756. https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2022.140756
  7. Zheleznaya L.A., Perevyazova T.A., Alzhanova D.V., Matvienko N.I. // Biochemistry. 2001. V. 66. P. 989.
  8. Yunusova A.K., Rogulin E.A., Artyukh R.I. et al. // Biochemistry. 2006. V. 71. P. 815.
  9. Rogulin E.A., Perevyazova T.A., Zheleznaya L.A., Matvienko N.I. // Biochemistry. 2004. V. 69 (10). P. 1123. https://doi.org/10.1023/b:biry.0000046886.19428.d5
  10. Laemmli U.K. // Nature. 1970. V. 227 (5259). P. 680. https://doi.org/10.1038/227680a0
  11. Hellman L.M., Fried M.G. // Nat. Protoc. 2007. V. 2 (8). P. 1849. https://doi.org/10.1038/nprot.2007.249
  12. Kabsch W. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. Pt. 2. P. 125. https://doi.org/10.1107/S0907444909047337
  13. Kabsch W. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. Pt. 2. P. 133. https://doi.org/10.1107/S0907444909047374
  14. Battye T.G., Kontogiannis L., Johnson O. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. Pt. 4. P. 271. https://doi.org/10.1107/S0907444910048675
  15. Evans P. // Acta Cryst. D. 2006. V. 62. Pt. 1. P. 72. https://doi.org/10.1107/S0907444905036693
  16. Murshudov G.N., Vagin A.A., Dodson E.J. // Acta Cryst. D. 1997. V. 53. Pt. 3. P. 240. https://doi.org/10.1107/S0907444996012255
  17. Abrosimova L.A., Samsonova A.R., Perevyazova T.A. // Mol. Biol. (Rus). 2020. V. 54. (4). P. 667. https://doi.org/10.31857/S0026898420040023
  18. Goodsell D.S., Olson A.J. // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2020.V. 29. P. 105. https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.29.1.105
  19. Santos J., Pujols J., Pallarès I. et al. // Comput. Struct. Biotechnol. J. 2020. V. 18. P. 1403. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.05.026
  20. Sekerina S.A., Grishin A.V., Riazanova A.I. et al. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2012. V. 38 (4). P. 431. https://doi.org/10.1134/s1068162012040127

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2.

Download (537KB)
Indexing metadata
3.

Download (1MB)
Indexing metadata
4.

Download (227KB)
Indexing metadata
5.

Download (521KB)
Indexing metadata
6.

Download (898KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2023 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».