Preliminary X-ray Study of Crystals Obtained by Co-Crystallization of Hypoxanthine‒Guanine Phosphoribosyltransferase from Escherichia coli and Pyrazine-2-Carboxamide Derivatives

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

A highly effective producer strain Escherichia coli C3030/pET23d+-EcHGPRT, allowing production of recombinant hypoxanthine‒guanine phosphoribosyltransferase from E. coli (EcHGPRT) in a soluble form, has been created. A method for isolating and purifying the recombinant protein has been developed. The specific activity against the natural substrate and pyrazine-2-carboxamide derivatives has been determined. Crystals of the EcHGPRT complexes with 3-hydroxypyrazine-2-carboxamide (T-1105) and 6-fluoro-3-hydroxypyrazine-2-carboxamide (T-705), suitable for X-ray diffraction analysis, have been grown by capillary counter diffusion. X-ray diffraction sets with a resolution of up to 2.4 and 2.5 Å have been collected at the ESRF synchrotron (France, station ID23-1) at a temperature of 100 K. The crystals belong to the sp. gr. P3(1)21; the independent part of the cell contains two enzyme molecules.

About the authors

Yu. A. Abramchik

Shemyakin‒Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia; Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва; Россия, Москва

E. A. Zayats

Shemyakin‒Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва

V. I. Timofeev

Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia; National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва; Россия, Москва

M. B. Shevtsov

Moscow Institute of Physics and Technology, 141700, Dolgoprudnyi, Moscow oblast, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Долгопрудный

M. A. Kostromina

Shemyakin‒Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва

I. V. Fateev

Shemyakin‒Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва

D. O. Yurovskaya

Shemyakin‒Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва

A. A. Karanov

Shemyakin‒Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва

I. D. Konstantinova

Shemyakin‒Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва

I. P. Kuranova

Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia; National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва; Россия, Москва

R. S. Esipov

Shemyakin‒Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, 117997, Moscow, Russia

Author for correspondence.
Email: ugama@yandex.ru
Россия, Москва

References

  1. Hucke F.I.L., Bestehorn-Willmann M., Bassetto M. et al. // Virus Genes. 2022. V. 58 (3). P. 188. https://doi.org/10.1007/s11262-022-01892-x
  2. De Vleeschauwer A.R., Lefebvre D.J., Willems T. et al. // Transbound. Emerg. Dis. 2016. V. 63 (2). P. e205. https://doi.org/10.1111/tbed.12255
  3. Hayden F.G., Shindo N. // Curr. Opin. Infect. Dis. 2019. V. 32 (2). P. 176. https://doi.org/10.1097/QCO.0000000000000532
  4. Delang L., Abdelnabi R., Neyts J. // Antiviral Res. 2018. V. 153. P. 85. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2018.03.003
  5. De Clercq E., Li G. // Clin. Microbiol. Rev. 2016. V. 29 (3). P. 695. https://doi.org/10.1128/CMR.00102-15
  6. Furuta Y., Takahashi K., Shiraki K. et al. // Antiviral Res. 2009. V. 82 (3). P. 95. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2009.02.198
  7. Furuta Y., Komeno T., Nakamura T. // Proc. Jpn. Acad. B. Phys. Biol. Sci. 2017. V. 93 (7). P. 449. https://doi.org/10.2183/pjab.93.027
  8. Lu J.W., Chen Y.C., Huang C.K. et al. // Antiviral Res. 2021. V. 195 P. 105188. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2021.105188
  9. Furuta Y., Takahashi K., Fukuda Y. et al. // Antimicrob. Agents Chemother. 2002. V. 46 (4). P. 977. https://doi.org/10.1128/AAC.46.4.977-981.2002
  10. Konstantinova I.D., Andronova V.L., Fateev I.V., Esipov R.S. // Acta Naturae. 2022. V. 14 (2). P. 16. https://doi.org/10.32607/actanaturae.11652
  11. Negru P.A., Radu A.F., Vesa C.M. et al. // Biomed. Pharmacother. 2022. V. 147. P. 112700. https://doi.org/10.1016/j.biopha.2022.112700
  12. Hung D.T., Ghula S., Aziz J.M.A. et al. // Int. J. Infect. Dis. 2022. V. 120. P. 217. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2022.04.035
  13. Garcia-Lledo A., Gomez-Pavon J., Gonzalez Del Castillo J. et al. // Rev. Esp. Quimioter. 2022. V. 35 (2). P. 115. https://doi.org/10.37201/req/158.2021
  14. Naesens L., Guddat L.W., Keough D.T. et al. // Mol. Pharmacol. 2013. V. 84 (4). P. 615. https://doi.org/10.1124/mol.113.087247
  15. Sangawa H., Komeno T., Nishikawa H. et al. // Antimicrob. Agents Chemother. 2013. V. 57 (11). P. 5202. https://doi.org/10.1128/AAC.00649-13
  16. Shannon A., Selisko B., Le N.T. et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11 (1). P. 4682. https://doi.org/10.1038/s41467-020-18463-z
  17. Eads J.C., Scapin G., Xu Y. et al. // Cell. 1994. V. 78 (2). V. 325. https://doi.org/10.1016/0092-8674(94)90301-8
  18. Schumacher M.A., Carter D., Roos D.S. et al. // Nat. Struct. Biol. 1996. V. 3 (10). P. 881. https://doi.org/10.1038/nsb1096-881
  19. Guddat L.W., Vos S., Martin J.L. et al. // Protein Sci. 2002. V. 11 (7). P. 1626. https://doi.org/10.1110/ps.0201002
  20. Shi W., Li C.M., Tyler P.C. et al. // Biochemistry. 1999. V. 38 (31). P. 9872. https://doi.org/10.1021/bi990664p
  21. Focia P.J., Craig 3rd S.P., Nieves-Alicea R. et al. // Biochemistry. 1998. V. 37 (43). P. 15066. https://doi.org/10.1021/bi981052s
  22. Shi W., Munagala N.R., Wang C.C. et al. // Biochemistry. 2000. V. 39 (23). P. 6781. https://doi.org/10.1021/bi000128t
  23. Monzani P.S., Trapani S., Thiemann O.H., Oliva G. // BMC Struct. Biol. 2007. V. 7 (59). https://doi.org/10.1186/1472-6807-7-59
  24. Takahashi S., Tsurumura T., Aritake K. et al. // Acta Cryst. F. 2010. V. 66 (7). P. 846. https://doi.org/10.1107/S1744309110020828
  25. Battye T.G., Kontogiannis L., Johnson O. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67 (4). P. 271. https://doi.org/10.1107/S0907444910048675
  26. Huchting J., Winkler M., Nasser H., Meier C. // ChemMedChem. 2017. V. 12 (9). P. 652. https://doi.org/10.1002/cmdc.201700116

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2.

Download (96KB)
Indexing metadata
3.

Download (798KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2023 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».