Analysis of  ADCY8  и  RYR3  Genes Polymorphism for Identification Wild and Domestic Animal of Species  Canis lupus

V. N. Kipen; Кипень В. Н.; M. M. Patrin; Патрин М. М.; E. V. Snytkov; Снытков Е. В.; A. N. Viarchuk; Верчук А. Н.; A. N. Semak; Семак А. Н.

doi:10.31857/S0016675823030062

Анализ полиморфизма генов ADCY8 и RYR3 для установления принадлежности биологических образцов к диким или домашним представителям вида Canis lupus

Авторы: Кипень В.Н.¹, Патрин М.М.², Снытков Е.В.¹^,3, Верчук А.Н.¹^,4, Семак А.Н.⁵
Учреждения:
1. Институт генетики и цитологии Национальной академии наук Беларуси
2. OOO “Максим Медикал
3. Международный государственный экологический институт им. А.Д. Сахарова, Белорусский государственный университет
4. Научно-практический центр Государственного комитета судебных экспертиз Республики Беларусь
5. ООО “ВэллВет”
Выпуск: Том 59, № 3 (2023)
Страницы: 336-344
Раздел: ГЕНЕТИКА ЖИВОТНЫХ
URL: https://journals.rcsi.science/0016-6758/article/view/134570
DOI: https://doi.org/10.31857/S0016675823030062
EDN: https://elibrary.ru/IOHKSC
ID: 134570

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

На биологическом материале (образцы волка и домашней собаки) подтвержден высокий дифференцирующий потенциал полиморфных вариантов g.27748425T>C (ген ADCY8) и g.1414373T>C (ген RYR3). Предложена тест-модель из двух полиморфизмов для дифференциации волка и домашней собаки, которая отличается высокими значениями точности (96.2%), специфичности (96.3%) и чувствительности (98.9%). С использованием KASP разработан быстрый и простой подход к дифференциации на основании предложенной тест-модели, который призван сократить временные и финансовые затраты на молекулярно-генетический анализ, а также снизить риск кросс-контаминации, т. к. процесс является одностадийным (исключены этапы рестрикции и электрофореза).

Ключевые слова

Canis lupus, Canis lupus familiaris, SNP, дифференциация, конкурентная аллель-специфическая ПЦР (KASP, Kompetitive allele specific PCR), ПЦР-ПДРФ, плавление ампликона с высоким разрешением (HRM, high-resolution melting), генотипирование in silico.

Список литературы

Hindrikson M., Remm J., Pilot M. et al. Wolf population genetics in Europe: A systematic review, meta-analysis and suggestions for conservation and management // Biol. Rev. 2016. V. 92(3). P. 1601–1629. https://doi.org/10.1111/brv.12298
Cronin M.A., Canovas A., Bannasch D.L. et al. Single nucleotide polymorphism (SNP) variation of wolves (Canis lupus) in Southeast Alaska and comparison with wolves, dogs, and coyotes in North America // J. Hered. 2015. V. 106(1). P. 26–36. https://doi.org/10.1093/jhered/esu075
Vonholdt B.M., Pollinger J.P., Lohmueller K.E. et al. Genome-wide SNP and haplotype analyses reveal a rich history underlying dog domestication // Nature. 2010. V. 464(7290). P. 898–902. https://doi.org/10.1038/nature08837
Гребенчук А.Е. Псовые как объект экспертного ДНК-анализа: криминалистические и генетические аспекты // Вопр. криминологии, криминалистики и судебной экспертизы. 2016. № 2 (40). С. 135–140.
Хейдорова Е.Э., Шпак А.В., Гомель К.В. и др. Молекулярно-генетическая идентификация инвазивного вида – шакала азиатского (Canis aureus) на территории Беларуси // Докл. НАН Беларуси. 2018. Т. 62. № 1. С. 86–92. https://doi.org/10.29235/1561-8323-2018-62-1-86-92
Кипень В.Н., Иванова Е.В., Снытков Е.В., Верчук А.Н. Анализ полиморфизма гена гефестина (HEPH) на Х-хромосоме для установления принадлежности биологических образцов к диким или домашним представителям вида Sus scrofa // Генетика. 2020. Т. 56. № 9. С. 1054–1064. https://doi.org/10.31857/S0016675820080068
Кипень В.Н., Михалова М.Е., Снытков Е.В. и др. Биоинформатический анализ геномов коммерческих пород домашних свиней для идентификации породоспецифичных SNP // Весці Нац. акад. навук Беларусі. Серыя аграрных навук. 2021. Т. 59. № 4. С. 464–476. https://doi.org/10.29235/1817-7204-2021-59-4-464-476
Ramos A.M. Identification of high utility SNPs for population assignment and traceability purposes in the pig using high-throughput sequencing // Anim. Genet. 2011. V. 42(6). P. 613–620. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2011.02198.x
Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: A unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. 2012. V. 28. P. 1166–1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091
Кипень В.Н., Снытков Е.В., Кривенко А.А., Патрин М.М. In silico анализ полиморфизма H3GA0051811 гена HEPH для животных вида Sus scrofa // VII Междунар. конф. молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов в рамках площадки открытых коммуникаций OpenBio-2020. Новосибирск: 2020. С. 469–472.
Ritchie M.D., Hahn L.W., Roodi N. et al. Multifactor-dimensionality reduction reveals high-order interactions among estrogen-metabolism genes in sporadic breast cancer // Am. J. Hum. Genet. 2001. V. 69(1). P. 138–147. https://doi.org/10.1086/321276