Молекулярно-генетическая характеристика мутантного штамма b-162/2 бактерий Pseudomonas chlororaphis subsp. aurantiaca

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Получение микроорганизмов-продуцентов биологически активных соединений для сельского хозяйства, химической, ветеринарной и фармацевтической промышленности, а также для защиты окружающей среды по-прежнему является актуальным направлением микробной биотехнологии. Одним из наиболее эффективных подходов создания продуцентов выступает химический мутагенез, который в совокупности с грамотной стратегией селекции позволяет получить высокопродуктивные штаммы. Существенным недостатком химического мутагенеза является большое количество индуцируемых мутаций в геномах штаммов-мутантов, что затрудняет идентификацию генов и соответственно биосинтетических путей, задействованных в продукции того или иного соединения. Решением данной проблемы стали современные технологии секвенирования и анализа генома, что позволило идентифицировать новые гены и неизвестные биохимические пути, принимающие участие в формировании биологически активных соединений. Цель работы – геномный анализ мутантного штамма B-162/2 бактерий Рseudomonas chlororaphis subsp. aurantiaca, способного к повышенной продукции биологически активных соединений феназинового ряда и демонстрирующего устойчивость к пероксиду водорода. При анализе полноразмерного генома штамма В-162/2 было идентифицировано 6482 кодирующие последовательности и 64 последовательности, кодирующие РНК. Сравнение генома штамма В-162/2 с геномом штамма дикого типа В-162 позволило идентифицировать 39 мутаций, пять из которых локализованы в межгенных областях, а 34 затрагивали кодирующие последовательности. Среди обнаруженных мутаций 14 приводили к радикальным заменам аминокислот в белках, а две привели к формированию преждевременных стоп-кодонов (сенсор метильных групп и транспортер MFS-типа). Обнаружено несколько замен с высокими значениями коэффициента Grantham, которые потенциально могли привести к изменению активности соответствующих белков. Определено наличие в геноме штамма B-162/2 трех регионов, содержащих фаговые гены.

Полный текст

Современные методы NGS-секвенирования стали незаменимым инструментом для специалистов-генетиков в таких областях, как палеонтология, медицина, криминалистика, ветеринария и экология. Данный подход сегодня с успехом используется для диагностики наследственных и инфекционных заболеваний, определения таксономической принадлежности и паспортизации ценных сельскохозяйственных культур и пород [1]. В микробной биотехнологии секвенирование ДНК помогает идентифицировать штаммы микроорганизмов, которые разрушают широкий спектр токсичных веществ или синтезируют биотехнологически ценные соединения.

Несмотря на разработку большого количества генно-инженерных методов создания микробных продуцентов промышленно ценных метаболитов, химический мутагенез и последующая селекция по-прежнему остаются крайне эффективными подходами в микробной биотехнологии. Это обусловлено тем, что данная стратегия позволяет получить и закрепить множественные изменения генома, которые, в свою очередь, являются причиной масштабных изменений в метаболизме бактериальной клетки [2]. Существенным минусом в применении этой методики являются сложности в идентификации генов, продукты которых могут внести наибольший вклад в образование целевого метаболита. Однако применение NGS-методов секвенирования совместно с биоинформатическими подходами позволяет выполнить сборку протяженных скаффолдов или цельных бактериальных геномов, а также произвести аннотацию рассматриваемого генома [3].

Бактерии рода Pseudomonas способны синтезировать широкий спектр вторичных метаболитов, таких как витамины, токсины, пигменты и антибиотики. Среди соединений последней группы особое место занимают феназины. Большинство феназиновых соединений – твердые, кристаллические окрашенные вещества, обладающие слабыми основными свойствами. По своей химической структуре они относятся к ароматическим гетероциклам. На сегодняшний день известно около 200 природных соединений, основой структуры которых является феназиновое ядро. Три конденсированных ароматических кольца, составляющих основу ядра, связываются с разнообразными заместителями, формируя большое количество производных, обладающих различными физическими и химическими свойствами и биологическими активностями (рис. 1). Благодаря наличию ароматических колец и атомов азота феназины легко вступают в окислительно-восстановительные реакции, являясь как донорами, так и акцепторами электронов [4, 5].

 

Рис. 1. Структурная формула ядра феназина [6].

 

Антибиотическое действие феназинов обусловлено образованием активных форм кислорода (АФК), а также способностью некоторых феназинов к интеркаляциям в ДНК и подавлению активности топоизомераз. Благодаря своей способности принимать и отдавать электроны феназины активно применяются для производства биосенсорных устройств, микробных топливных элементов и многого другого [7]. Кроме того, антибиотики этого ряда применяют в медицине, сельском хозяйстве, нанотехнологиях, а также в научно-исследовательской деятельности [8].

В высоких концентрациях феназины могут быть токсичны и для самих продуцентов. Однако в клетках продуцентов, по-видимому, происходят глобальные перестройки метаболитических путей, что позволяет им синтезировать данные соединения на достаточно высоком уровне. Сейчас известно лишь о небольшом количестве генов, напрямую задействованных в продукции феназинов в бактериальной клетке [9]. Эффективное же создание сверхпродуцентов требует наличия детальной информации о различных, не всегда очевидных, биосинтетических путях, задействованных в сверхпродукции феназинов. Идентификация новых генов-кандидатов, задействованных в синтезе феназинов, позволяет оптимизировать стратегии создания продуцентов.

Цель данной работы – геномный анализ и молекулярно-генетическая характеристика мутантного штамма-сверхпродуцента Р. chlororaphis subsp. aurantiaca B-162/2 и его сравнение со штаммом дикого типа В-162 для обнаружения потенциально новых генов-кандидатов, продукты которых могут принимать участие в обеспечении сверхпродукции феназиновых соединений.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В работе использовали штаммы бактерий P. chlororaphis subsp. aurantiaca дикого типа (В-162) и мутантный штамм (В-162/2), полученный в результате ступенчатого мутагенеза с использованием N-метил-Nʹ-нитро-N-нитрозогуанидана (НГ) по методике, описанной ранее [10], и последующей селекции на устойчивость к пероксиду водорода [11].

Культивирование бактерий проводили на среде ПСА (1%-ная глюкоза, 2%-ный ферментативный пептон, 0.1% KNO3, 0.5% NaCl), при температуре 28 °С без аэрации [12].

Геномную ДНК бактерий P. chlororaphis subsp. aurantiaca выделяли с помощью набора GeneJET Genomic DNA Purification Kit К0881 (Thermo Scientific). Секвенирование генома проводили с использованием Illumina MiSeq и MiSeq Reagent Kit v2 на базе ГНУ “Институт генетики и цитологии НАН Беларуси”. Сборка генома проводилась с помощью программы SPAdes 3.13.1, аннотирование генома выполняли в специальном сервисе для аннотации геномов прокариот RAST (http://rast.nmpdr.org/). Для поиска генов в секвенированном геноме использовали программу SnapGene 4.2.11 DNA (https://www.snapgene.com), для поиска элементов фаговых геномов в составе генома штамма В-162/2 – онлайн-ресурс PHASTER (https://phaster.ca/). Продуктивность штаммов представляли в мг феназинов/л культуральной жидкости.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Ранее на кафедре генетики Биологического факультета БГУ с помощью ступенчатого химического мутагенеза с использованием нитрозогуанидина и последующей селекции на устойчивость к пероксиду водорода был получен мутантный штамм B-162/2 бактерий P. chlororaphis subsp. aurantiaca (рис. 2).

 

Рис. 2. Схема мутагенеза бактерий P. chlororaphis subsp. aurantiaca [13].

 

Уровень продукции феназина в клетках штамма В-162/2 составил 2850 ± 67 мг/л на среде ПСА, что в 38 раз выше, чем у штамма дикого типа (75 ± 15 мг/л). Для определения мутаций, которые могли стать причинами такой высокой продуктивности полученного мутантного штамма, на следующем этапе было проведено полногеномное секвенирование.

В результате секвенирования были получены парные риды, которые при помощи программы SPAdes 3.13.1 впоследствии были собраны в 64 контига и 54 скаффолда. Последние были объединены в хромосомную последовательность с использованием двух референсных геномов: P. chlororaphis subsp. aurantiaca В-162 (код доступа SRX11183367) и P. chlororaphis subsp. aurantiaca DSM 19603 (код доступа CP027746).

Установлено, что размер генома мутантного штамма B-162/2 бактерий P. chlororaphis subsp. aurantiaca составляет 7129212 пн. Аннотация, выполненная с помощью алгоритма RASTtk, обнаружила 6482 кодирующие последовательности и 64 последовательности, кодирующие тРНК и рРНК (рис. 3). Содержание ГЦ-пар в геноме составило 62.9%, что соответствует таковому для представителей рода Pseudomonas [14]. Большинство генов (586) в геноме штамма B-162/2 кодируют аминокислоты и их производные, продукты 304 генов участвуют в метаболизме углеводов, 227 генов задействованы в метаболизме кофакторов, витаминов и пигментов (рис. 3).

 

Рис. 3. Данные аннотации генома штамма В-162/2 при помощи RASTtk.

 

Последующий анализ и сравнение генома штамма В-162/2 с геномом штамма дикого типа В-162 позволили идентифицировать 39 мутаций, пять из которых локализовались в межгенных областях, а 34 затрагивали кодирующие последовательности (см. табл. 1).

Среди обнаруженных мутаций 14 приводили к радикальным заменам аминокислот в белках, а две привели к формированию преждевременных стоп-кодонов (сенсор метильных групп и транспортер MFS-типа). Было выявлено несколько замен с высокими значениями коэффициента Grantham, что указывает на то, что такие замены могли привести к серьезным изменениям в функциях белков или отдельных белковых доменов (см. табл. 1). Примером такого белка в нашем случае может служить ДНК-3-метиладенингликозилаза II (ДНК-гликозилаза). Данный белок принимает участие в репарации алкилированных, окисленных или дезаминированных оснований ДНК. Стабилизация рабочего поля для ДНК-гликозилазы обеспечивается несколькими боковыми цепями фермента.

 

Таблица 1. Мутации в геноме штамма P. chlororaphis subsp. aurantiaca B-162/2

Продукт

Позиция

мутации

в геноме

Вариант

замены

Тип

аминокислотной

замены

Положение

Измененной

аминокислоты

Расстояние

Grantham

Гипотетический белок

988926

c→g

Нет изменений (Ser)

143

–

MreC-белок

1011705

t→c

Радикальная| (Ser→Pro)

40

74

Межгенная область

1142628

g→a

–

–

–

Транскрипционный регулятор AraC-семейства

1115875

t→c

Консервативная (His→Arg)

197

29

Домен GGDEF

1538586

g→a

Радикальная (His→Tyr)

464

83

Белок-порин OprDfam OccK5

1547626

g→a

Нет изменений (Arg)

209

–

HD-GYP домен

1551174

g→a

Нет изменений (Pro)

68

–

Сигма-фактор RpoE

1555836

g→a

Радикальная (Ser→Asn)

162

65

Анти-сигма-фактор RseA

1556061

g→a

Радикальная (Val→Met)

33

87

Предшественник белка RseB

1556999

g→a

Радикальная (Gly→ Ser)

147

56

HtrA-белок

1558359

g→a

Радикальная (Ser→Asn)

197

65

Роданезоподобный белок

1560871

g→a

Нет изменений (Leu)

22

–

T1SSсекретируемый агглютинин RTX

1570955

g→a

Нет изменений (Ala)

2783

–

1571449

g→a

Радикальная (Leu→Phe)

2619

22

Гипотетический шаперон по сборке пили

1582886

g→a

Радикальная (Val→Met)

155

21

Карбоангидраза (b

1598795

g→a

Консервативная (Ala→Val)

103

64

Межгенная область

1622148

g→a

–

–

–

Межгенная область

1624299

g→a

–

–

–

Аллофанатгидролаза 2 (суб-ца 2)

1620627

g→a

Радикальная (Gly→Asp)

99

94

Гипотетический белок

1621804

g→a

Нет изменений (Phe)

255

–

Межгенная область

1637823

g→a

–

–

–

HrpA-белок

1638014

g→a

Нет изменений (Glu)

255

–

1639086

g→a

Радикальная (Ala→Trh)

613

58

Транспортер типа MFS

1653836

g→a

Нет изменений (Leu)

325

–

MadN-протеин

1663982

g→a

Нет замены (Gly)

40

–

ДНК-3-метиладенингликозилаза II

2756691

g→a

Радикальная (Ser→Phe)

187

155

Регуляторная область генаRhtA

5002201

g→a

–

–

–

5002219

g→a

–

–

–

5002240

c→t

–

–

–

AlaC (ГПАТ)

5424702

g→a

Нет изменений (Glu)

162

–

Транспортер MFS-типа

5431492

g→a

Trp→stop-codom 

35

–

Алкансульфонат (ABC транспортер, субстрат-связывающий белок)

5438254

g→a

Нет изменений (Arg)

120

–

Датчик Fe2+-дицитрата (мембранный)

5443233

g→a

Нет изменений (Leu)

189

–

N-ацилглюкозамин 2-эпимераза

5473072

g→a

Нет изменений (Leu)

336

–

Фосфоглюконатдегидраза

5478516

g→a

Нет изменений (Phe)

347

–

Сенсор метильных групп

5487658

g→a

Trp→stop-codom

125

–

Белок TadB

5514106

g→a

Нет изменений (Ile)

142

–

TadZ/CpaE (система секреции АТФазы II/IV типа)

5517021

g→a

Радикальная (Pro→Ser)

58

74

Альдоза-1-эмпираза

5525807

g→a

Нет изменений (Arg)

7

–

2,5-диоксовалератдегидрогеназа

5532515

g→a

Нет изменений (Gly)

224

–

Гипотетическийбелок

5542643

g→a

Нет изменений (Thr)

632

–

TolQ-белок системы Tol-Pal

5551346

g→a

Радикальная (Pro→Ser)

106

74

 

Установлено, что мутации в интеркалирующих участках переводят белок в неактивное состояние, так как данные белковые домены могут играть важную роль в поиске определенных типов повреждений ДНК [15]. Активный центр фермента содержит в своем составе гидрофобные остатки триптофана и тирозина, ароматические кольца которых расположены под таким углом, чтобы прямо взаимодействовать с удаляемым нуклеотидом. Радикальная замена Ser187Phe в хвостовом домене белка у мутантного штамма происходит рядом с аминокислотами, образующими карман активного центра. Прямой зависимости между функциональной активностью фермента ДНК-3-метиладенингликозилазы II и синтезом феназиновых антибиотиков ранее показано не было. Однако участие данного фермента в сверхпродукции феназинов может быть связано с изменением эффективности защиты генетической информации продуцента в присутствии высоких концентраций данных соединений.

Радикальная замена Gly99Asp в белке аллофанатгидролазы 2 (субъединицы 2) также имеет высокий показатель коэффициента Grantham (94). Аллофанатная гидролаза (AtzF) у представителей рода Pseudomonas в составе мультиферментного комплекса (с AtzD и AtzE) принимает участие в метаболизме атразинов и ациануровой кислоты. Нуклеотидная замена локализована в области активных сайтов N-концевого амидазного домена, ответственного за дезаминирование аллофаната с образованием аммиака и N-карбоксикарбамата [16]. Взаимосвязи данного белка с продукцией феназинов нам установить не удалось.

 

Рис. 4. Строение геномной области, кодирующей транспортер MFS-типа у бактерий штамма В-162/2. Зеленым цветом выделена кодирующая последовательность белка MFS-транспортера из бактерий мутантного штамма B-162/2, сверху геном бактерий штамма дикого типа B-162. Стоп-кодон (tga) обозначен звездочкой, выше него выделен гуанин (координата радикальной мутации: g®a). Красная буква “М” – это аминокислота метионин, обозначающая начало новой ОРС.

 

Мутация в гене, кодирующем транспортер MFS-типа (в данном случае представитель семейства GLUT), приводит к формированию стоп-кодона и укорочению мутантного белка на 37 аминокислот (рис. 4). Белки семейства GLUT являются основными транспортерами глюкозы и других гексоз через цитоплазматическую мембрану. Утраченная в мутантном белке область необходима для формирования первого трансмембранного домена, который ответственен за закрепление белка в мембране и за частичное связывание D-глюкозы [17]. Известно, что глюкоза стимулирует продукцию феназин-1-карбоновой кислоты и ее производных, являясь одним из более предпочтительных источников углерода у бактерий рода Pseudomonas [4, 18].

Аминокислотная замена в сенсоре метильных групп также приводит к формированию преждевременного стоп-кодона в мутантном белке. В результате образования преждевременного стоп-кодона и присутствия последовательности, потенциально являющейся стартовой в центральной области исходного белка, у мутанта могут формироваться два белка. Один из них имеет размер 124 ак, второй – 543 ак. У дикого типа исходный белок имеет размер 712 ак. Таким образом, формирование преждевременного стоп-кодона укорачивает исходный белок на 169 ак от начала молекулы. Функциональная активность такого белка либо существенно изменена, либо вовсе отсутствует.

Детальный анализ генома P. chlororaphis subsp. aurantiaca на присутствие в нем генов профагов и их элементов с помощью онлайн-ресурса PHASTER [19] показал наличие двух интактных регионов, с элементами профаговых генов, а также одного неполного генома (рис. 5).

 

Рис. 5. Структура фаговых регионов в геноме штамма B-162/2 [19].

 

Первый интактный регион (регион 1) содержит 49 открытых рамок считывания (координаты в геноме 13489960–1390788 штамма В-162/2) размером 41.8 Кб. Регион включает геномы профагов, инфицирующих бактерии родов Pseudomonas, Halomonas, Klebsiella, Sinorhizobium, Ralstonia, Vibrio, Salmonella, Aeromonas и цианобактерии рода Planktothrix. Регион содержит гены формирования хвоста (Sha) и его фибрилл (Fib), базальной пластинки (Pla). Также присутствуют гены белков, проявляющих протеазную и нуклеазную активности и участвующих в рекомбинации ДНК (профаг MG1655 Escherichia coli), см. рис. 5.

Второй интактный регион (регион 2) содержит 79 открытых рамок считывания (координаты в геноме 4018624–4081830 штамма B-162/2) размером 63.2 Кб (рис. 5). Включает гены профагов, поражающих представителей родов Pseudomonas, Erwinia, Shigella, Escherichia, Vibrio, Xylella. Содержит гены, продукты которых участвуют в формировании оболочек (Coa), поринов (Por), хвостовых белков (Sha). Также идентифицированы гены интеграз (Int), транспозаз, пермеаз, белков семейства ERF (репрессия транскрипции) и ДНК-цитозинметилтрансферазы (катализ метилирования нуклеотидов), область сайтов связывания (Att).

Регион 3 является неполным, так как включает всего восемь открытых рамок считывания и имеет размер 18.2 Кб (координаты в геноме штамма B-162/2 4080260–4098462). В составе третьего региона – лишь гены, кодирующие хвостовые белки (Sha), интегразы (Int) и тРНК. В регионе также присутствуют ген транскрипционного регулятора LysR-семейства, гены НАД(Ф)H оксидоредуктазы YrkL (модулятор лекарственной активности) и флаводоксина 2.

Таким образом, проведены полногеномное секвенирование и анализ генома мутантного штамма P. chlororaphis subsp. aurantiaca B-162/2. Размер генома составляет 7129212 пн. В составе генома обнаружены кодирующие последовательности и 64 последовательности, кодирующие РНК. Содержание ГЦ-пар 62.9%, что соответствует таковому для представителей рода Pseudomonas.

При сравнении геномной последовательности мутантного штамма B-162/2 с последовательностью штамма дикого типа B-162 выявлено 39 мутаций, пять из которых локализованы в межгенных областях, а 34 затрагивают кодирующие последовательности. 14 мутаций приводили к радикальным заменам аминокислот в белках, а две привели к формированию преждевременных стоп-кодонов. Идентифицированы гены, мутации в которых могут косвенно влиять на продукцию феназиновых антибиотиков. К ним относятся гены, кодирующие ДНК-3-метиладенингликозилазу II, ОссК5 (OpdH) и сенсор метильных групп. Также в геноме штамма В-162/2 обнаружены два интактных и один неполный регион, содержащие профаговые гены.

 

Работа выполнена при финансовой поддержке Белорусской государственной программы научных исследований “Биотехнологии-2” (проект № 20211293).

Настоящая статья не содержит каких-либо исследований с использованием в качестве объекта животных.

Настоящая статья не содержит каких-либо исследований с участием в качестве объекта людей.

Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов.

×

Об авторах

К. С. Бондарева

Белорусский государственный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: BKristinaSav@yandex.ru
Белоруссия, Минск, 220030

А. И. Левданская

Белорусский государственный университет

Email: BKristinaSav@yandex.ru
Белоруссия, Минск, 220030

Н. П. Максимова

Белорусский государственный университет

Email: BKristinaSav@yandex.ru
Белоруссия, Минск, 220030

Е. Г. Веремеенко

Белорусский государственный университет

Email: BKristinaSav@yandex.ru
Белоруссия, Минск, 220030

Список литературы

  1. Zubov V.V., Chemeris D., Vasilov R.G. et al. Brief history of high-throughput nucleic acid sequencing methods // Biomics. 2021. V. 13, № 1. P. 27–46. https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2021-4
  2. Веремеенко Е.Г., Бондарева К.С., Левданская А.И., Максимова Н.П. Молекулярно-генетическая характеристика мутантного штамма Pseudomonas chlororaphis subsp. аurantiaca с повышенной устойчивостью к пероксиду водорода // Вес. Нац. aкад. навук Беларусі. Сер. біял. навук. 2023. Т. 68. № 2. С. 154–162. https://doi.org/10.29235/1029-8940-2023-68-2-154-162
  3. Ефимочкина, Н.Р., Шевелева С.А. Перспективные молекулярно-генетические методы секвенирования микроорганизмов в системе оценки и контроля биобезопасности пищевой продукции // Вопр. питания. 2022. Т. 91. № 1. С. 37–52. orcid: https://orcid.org/0000-0002-9071-0326
  4. Веремеенко Е.Г. Получение, характеристика и применение продуцентов феназиновых антибиотиков бактерий Pseudomonas aurantiaca: Дис. … канд. биол. наук. Минск: Белорусский гос. ун-т, 2010. 157 с.
  5. Guttenberger N. Recent developments in the isolation, biological function, biosynthesis, and synthesis of phenazine natural products // Bioorg. Med. Chem. 2017. V. 25. № 22. P. 6149–6166. https://doi.org/10.1016/j.bmc.2017.01.002
  6. Propionix [Электронный ресурс]. – Режим доступа: http://propionix.ru. – Дата доступа: 13.03.2021.
  7. Simoska O., Cummings D.A., Gaffney E. et al. Enhancing the performance of microbial fuel cells via metabolic engineering of Escherichia coli for phenazine production // ACS Sustainable Chemistry & Engineering. 2023. V. 11. № 32. P. 11855–11866. https://doi.org/10.1021/acssuschemeng.3c01593
  8. Miksa B. The phenazine scaffold used as cytotoxic pharmacophore applied in bactericidal, antiparasitic and antitumor agents // Helvetica Chimica Acta. 2022. V. 105. № 10. https://doi.org/10.1002/hlca.202200066
  9. Левданская А.И., Светлова А.С., Максимова Н.П., Веремеенко Е.Г. Экспрессия феназинового оперона у штаммов Pseudomonas chlororaphis subsp. aurantiaca B-162, способных к сверхсинтезу феназиновых соединений // Мол. и прикл. генетика. 2021. Т. 31. С. 93–101. https://doi.org/10.47612/1999-9127-2021-31-93-101
  10. Миллер Дж. Эксперименты в молекулярной генетике. М.: Мир, 1976. 436 с.
  11. Shapira M.A., Verameyenka K.G., Liavonchyk K.V. et al. Novel approach of phenazine derivatives isolation from Pseudomonas culture medium // Proc. Biochemistry. 2021. V. 111. № 2. P. 325–331. https://doi.org/10.1016/j.procbio.2021.11.004
  12. Levitch M.E. Regulation of aromatic amino acid biosynthesis in phenazine-producing strains // J. Bacteriol. 1970. V. 103. № 1. P. 16–19. https://doi.org/10.1128/jb.103.1.16-19.1970
  13. DGRM [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://app.dgrm.net. Дата доступа: 26.01.2024.
  14. Лысак В.В., Фомина О.В. Важнейшие группы микроорганизмов: пособие. Минск : БГУ, 2012. 92 с. http://elib.bsu.by/handle/123456789/31783
  15. Adhikary S., Cato M.C., McGary K.L. et al. Non-productive DNA damage binding by DNA glycosylase-like protein Mag2 from Schizosaccharomyces pombe // DNA Repair. 2013. № 12. P. 196–204. http://dx.doi.org/10.1016/j.dnarep.2012.12.001
  16. Balotra S., Newman J., Cowieson N.P. et al. X-ray structure of the amidase domain of AtzF, the allophanate hydrolase from the cyanuric acid-mineralizing multienzyme complex // Appl. Environ Microbiol. 2015. № 81. P. 470–480. https://doi.org/10.1128/AEM.02783-14
  17. Sun L., Xin Z., Chuangye Y. et al. Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporters GLUT1–4 // Nature. 2012. V. 490, № 7420. P. 361–366. https://doi.org/10.1038/nature11524
  18. Tjeerd van Rij E., Wesselink M., Chin-A-Woeng T.F.C. et al. Influence of environmental conditions on the production of phenazine-1-carboxamide by Pseudomonas chlororaphis PCL1391 // MPMI. 2007. V. 17. № 5. P. 557–566. https://doi.org/10.1094/MPMI.2004.17.5.557 Phaster [Электронный ресурс]. – Режим доступа: https://phaster.ca/submissions/ZZ_141c3c5aec. – Дата доступа: 19.01.2024.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Структурная формула ядра феназина [6].

Скачать (38KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Схема мутагенеза бактерий P. chlororaphis subsp. aurantiaca [13].

Скачать (133KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Данные аннотации генома штамма В-162/2 при помощи RASTtk.

Скачать (464KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Строение геномной области, кодирующей транспортер MFS-типа у бактерий штамма В-162/2. Зеленым цветом выделена кодирующая последовательность белка MFS-транспортера из бактерий мутантного штамма B-162/2, сверху геном бактерий штамма дикого типа B-162. Стоп-кодон (tga) обозначен звездочкой, выше него выделен гуанин (координата радикальной мутации: g®a). Красная буква “М” – это аминокислота метионин, обозначающая начало новой ОРС.

Скачать (470KB)
Метаданные
6. Рис. 5. Структура фаговых регионов в геноме штамма B-162/2 [19].

Скачать (543KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».