Identifiable Information Value of Standard Autosomal STR in Indigenous Populations of Russia for Determination of First-Degree Relatedness

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The effects of the demographic history of mankind have led to the fact that the indigenous peoples of Dagestan and Siberia are inferior in terms of genetic diversity to the populations of Europe, which affects the level of identification informativeness of standard forensic autosomal markers in these populations. In our study, we evaluated the effectiveness of two standard sets of autosomal STRs (13 CODIS, 20 CODIS, Combined DNA Index System) for the genetic testing of parent-child relatedness in four highly inbred populations of the Russian Federation and the Russian population, using two types of reference frequencies. The results of the study confirmed the assumption that the level of identification informativity of standard autosomal markers in highly inbred populations of Siberia and Dagestan is lower than in the Russian population. The total information content of markers of the new CODIS standard exceeds the threshold values required in the order of the Ministry of Health and Social Development of the Russian Federation (No. 346n). At the same time, the probability of a false positive result increases with an increase in the inbreeding coefficient in the population.

Full Text

Restricted Access

About the authors

K. V. Vagaitseva

Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: kseniya.simonova@medgenetics.ru
Russian Federation, Tomsk

M. E. Lopatkina

Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Sciences

Email: kseniya.simonova@medgenetics.ru
Russian Federation, Tomsk

N. A. Kolesnikov

Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Sciences

Email: kseniya.simonova@medgenetics.ru
Russian Federation, Tomsk

V. N. Kharkov

Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Sciences

Email: kseniya.simonova@medgenetics.ru
Russian Federation, Tomsk

V. A. Stepanov

Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Sciences

Email: kseniya.simonova@medgenetics.ru
Russian Federation, Tomsk

References

  1. Rosenberg N.A., Kang J.T.L. Genetic diversity and societally important disparities // Genetics. 2015. V. 201. № 1. P. 1–12. doi: 10.1534/genetics.115.176750
  2. Silva N.M., Pereira L., Poloni E. S., Currat M. Human neutral genetic variation and forensic STR data // PLoS One. 2012. V. 7. № 11. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0049666
  3. Колесников Н.А., Харьков В.Н., Зарубин и др. Особенности геномного распределения регионов высокой гомозиготности у коренного населения Cеверной Евразии на индивидуальном и популяционном уровнях на основе анализа SNP высокой плотности // Генетика. 2021. Т. 57. № 11. С. 1261–1275. https://doi.org/10.31857/S0016675821110059
  4. Rohlfs R.V., Fullerton S.M., Weir B.S. Familial identification: Population structure and relationship distinguishability // PLoS Genet. 2012. V. 8. № 2. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002469
  5. Zvénigorosky V., Sabbagh A., Gonzalez A. et al. The limitations of kinship determinations using STR data in ill-defined populations // Int. J. Legal. Med. 2020. V. 134. №. 6. P. 1981–1990. https://doi.org/10.1007/s00414-020-02298-w
  6. Исаева Е.Н., Исаев Ю.С., Семинский И.Ж. Значение ДНК маркеров при судебно-медицинской экспертизе родства у этнических бурят Байкальского региона Восточной Сибири // Сиб. мед. журнал (Иркутск). 2011. Т. 104. № 5. С. 24–27. Combined DNA Index System (CODIS): Overview // FBI Resources for Law Enforcement. URL: https://le.fbi.gov/science-and-lab/biometrics-and-fingerprints/codis#Overview (Accessed 11 Dec 2023).
  7. Культин А.Ю. Экспертная оценка и вероятностно-статистическая обработка результатов исследования ДНК при установлении биологического родства. М.: ЭКЦ МВД России, 2011. 132 c.
  8. Культин А.Ю., Полякова А.В. Генетическое разнообразие 38 аутосомных STR-маркеров в российской популяции // Судебная экспертиза Беларуси. 2023. Т. 1. № 16. С. 69–73.
  9. Культин А.Ю., Полякова А.В., Константинов С.В. и др. Частоты встречаемости аллелей аутосомных STR-локусов у жителей России. Справочник. М.: ЭКЦ МВД России, 2022. 276 с.
  10. Gao H., Wang C., Zhang R., Wu H. et al. Application of CPI cutoff value based on parentage testing of duos and trios typed by four autosomal kits // PLoS One. 2019. V. 14. № 11. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0225174. eCollection 2019
  11. Li L., Ge J., Zhang S. Maternity exclusion with a very high autosomal STRs kinship index // Int. J. Legal Med. 2012. V. 126. № 4. P. 645–648. https://doi.org/10.1007/s00414-012-0668-8
  12. Ковтун П.А., Куклев М.Ю., Лапенков М.И., Плахина Н.В. Недостаточность аутосомных STR-маркеров для достоверного установления родства в дуэтах родитель – ребенок // Судебно-медицинская экспертиза. 2013. T. 56. № 6. С. 17–22.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML

Copyright (c) 2024 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».