Анализ вторичной структуры линкерных белков хроматина HMGB1, H1 и их комплексов
- Авторы: Чихиржина Е.В1, Поляничко А.М1,2
-
Учреждения:
- Институт цитологии РАН
- Санкт-Петербургский государственный университет
- Выпуск: Том 68, № 5 (2023)
- Страницы: 885-891
- Раздел: Статьи
- URL: https://journals.rcsi.science/0006-3029/article/view/233453
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0006302923050071
- EDN: https://elibrary.ru/PHSQYC
- ID: 233453
Цитировать
Аннотация
Негистоновый хромосомный белок HMGB1 и гистон H1 представляют собой линкерные белки хроматина. Функции линкерных белков тесно связаны с их конформационным состоянием. В настоящее время активно изучается строение белков, играющих ключевую роль в формировании высших уровней структурной организации хроматина. В данной работе проведен сравнительный анализ вторичной структуры линкерного гистона H1 и негистонового белка HMGB1. Методами кругового дихроизма в УФ-области и ИК-Фурье-спектроскопии показано, что положительно заряженный гистон H1 связывается с С-концевым фрагментом HMGB1, стабилизируя образующийся комплекс и индуцируя формирование дополнительных а-спиральных участков в обоих белках.
Об авторах
Е. В Чихиржина
Институт цитологии РАНСанкт-Петербург, Россия
А. М Поляничко
Институт цитологии РАН;Санкт-Петербургский государственный университет
Email: a.polyanichko@spbu.ru
Санкт-Петербург, Россия
Список литературы
- C. L. Woodcock and R. P. Ghosh, Cold Spring Harb. Perspect. Biol., 2, a000296 (2010).
- K. Luger, M. L. Dechassa, and D. J. Tremethick, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 13, 436 (2012).
- A. E. White, A. R. Hieb, and K. Luger, Sci. Rep., 6, 19122 (2016).
- Е. В. Чихиржина, Т. Ю. Старкова и А. М. Поляничко, Биофизика, 63, 1070 (2018).
- E. V. Chikhirzhina, T. Y. Starkova, A. Beljajev, et al., Int. J. Mol. Sci., 21, 7948 (2020).
- Е. В. Чихиржина, Т. Ю. Старкова и А. М. Поляничко, Биофизика, 65, 237 (2020).
- R. Reeves, DNA Repair, 36, 122 (2015).
- Е. В. Чихиржина, А. М. Поляничко и Т. Ю. Старкова, Цитология, 62, 716 (2020).
- E. V. Chikhirzhina, T. Yu. Starkova, and A. M. Polyanichko, Biophysics, 66, 373 (2021).
- A. Raucci, S. Di Maggio, F. Scavello, et al., Cell Mol. Life Sci., 76, 211 (2019)
- V. Ramakrishnan, J. T. Fich, V. Graziano, et al., Nature, 362, 219 (1993).
- C. Cerf, G. Lippens, V. Ramakrishnan, et al., Biochemistry, 33, 11079 (1994).
- Y. V. Postnikov and M. Bustin, Biochim. Biophys. Acta, 1859, 462 (2016).
- F. Totsingan and A. J. Jr. Bell, Prot. Sci., 22, 1552 (2013).
- Е. В. Чихиржина, Е. И. Костылева, А. М. Поляничко и В. И. Воробьев, Цитология, 40, 883 (1998).
- M. Watson, K. Stottm, and J. O. Thomas, Mol. Biol., 374, 1286 (2007).
- K. Stott, M. Watson, F. S. Howe, et al., J. Mol. Biol., 403, 706 (2010).
- J. Zlatanova and J. Yaneva, DNA Cell Biol., 10, 239 (1991).
- Е. И. Рамм, Е. В. Чихиржина, Е. И. Костылева и В. И. Воробьев, Биохимия, 59, 150 (1995).
- N. J. Greenfield, Nature Protocols, 1, 2876 (2006).
- Е. В. Чихиржина, А. М. Поляничко, Е. И. Костылева и В. И. Воробьев, Молекуляр. биология, 45, 356 (2011).
- A. M. Polyanichko, V. V. Andrushchenko, P. Bour, et al., In Circular Dichroism: Theory and Spectroscopy, ed. by D. S. Rodgers (Nova Science Publishers, N.-Y., 2012), pp. 67-126.
- A. Micsonai, F. Wien, L. Kernya, and J. Kardos, Biophys.Comput. Biol., 112, E3095 (2015).
- Е. В. Чихиржина, Е. И. Костылева, В. И. Воробьев и А. М. Поляничко, Цитология 60, 923 (2018).
- Y. Izumi, K. Matsuo, K. Fujii, et al., J. Radiat. Res., 59, 108 (2018).
- A. J. Miles, R. W. Janes, and B. A. Wallace, Chem. Soc. Rev., 50, 8400 (2021).
- A. Polyanichko and H. Wieser, Biopolymers, 78, 329 (2005).
- A. Polyanichko and E. Chikhirzhina, J. Mol. Struct., 1044, 167 (2013).
- А. М. Поляничко, В. И. Воробьев и Е. В. Чихиржина, Молекуляр. биология, 47, 338 (2013).
- Е. В. Чихиржина, А. М. Поляничко, А. Н. Скворцов и др., Молекуляр. биология, 36, 525 (2002).
- U. K. Laemmli, Nature, 227, 680 (1970).
- A. Louis-Jeune, M. A. Andrade-Navarro, and C. Perez-Iratxeta, Proteins, 80, 374 (2012).
- J. A. Morrow, M. L. Segall, S. Lund-Katz et al., Biochemistry, 39 (38), 11657 (2000).
- Е. Е. Тымченко, А. А. Солдатова, Е. В. Чихиржина и А. М. Поляничко, Биофизика, 67, 22 (2022).
- A. M. Read, P. D. Cary, C. Crane-Robinson, et al., Nucl. Acids Res., 21, 3427 (1993).
- J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel, et al., Nature, 596, 583 (2021).
- M. Varadi, S. Anyango, M. Deshpande, et al., Nucl. Acids Res., 50 (D1), D439 (2022).
- https://www.uniprot.org/uniprotkb/P10103.
- https://www.uniprot.org/uniprotkb/Q0IIJ2.
- Т. Ю. Родионова, Е. В. Чихиржина, В. И. Воробьев и А. М. Поляничко, Журн. структур. химии 50, 1009 (2009).
- M. Polyanichko, E. V. Chikhirzhina, A. N. Skvortsov, et al., J. Biomolec. Struct. Dyn., 19, 1053 (2002).
- L. A. Kohlstaedt and R. D. Cole, Biochemistry, 3, 570 (1994).
- S. Kint and Y. A. Tomimatsu, Biopolimers, 18, 1073 (1979).
- A. Barth, Biochim. Biophys. Acta, 1767, 1073 (2007).
- А. М. Поляничко, Н. М. Романов, Т. Ю. Старкова и др., Цитология, 56, 316 (2014).
- Е. А. Тельная, Л. В. Плотникова, А. Д. Гарифуллин и др., Биофизика, 65, 1154 (2020).
- Л. В. Плотникова, А. М. Поляничко, М. В. Успенская и др., Вестн. Санкт-Петербургского ун-та, 4, 34 (2017).
- Л. В. Плотникова, М. О. Кобелева, Е. В. Борисов и др., Цитология, 60, 1037 (2018).
- J. Allan, T. Mitchell, and N. Harborne, J. Mol. Biol., 187, 591 (1986).
- R. Vila, I. Ponte, M. Collado, et al., J. Biol. Chem., 276, 46429 (2001).
- Е. И. Рамм, Е. В. Чихиржина, Е. И. Костылева и В. И. Воробьев, Биохимия, 59, 150 (1995).