Исследование механизма взаимодействия фицина с графт-сополимером натриевой соли карбоксиметилцеллюлозы и N-винилимидазола методами молекулярного докинга, инфракрасной спектроскопии и спектроскопии комбинационного рассеяния

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Методами гибкого молекулярного докинга, инфракрасной спектроскопии и спектроскопии комбинационного рассеяния исследован механизм взаимодействия фицина с графт-сополимером натриевой соли карбоксиметилцеллюлозы и N-винилимидазола. Выявлены функциональные группы и фрагменты молекул графт-сополимера, а также аминокислотные остатки, образующие первичную структуру фермента, вступающие во взаимодействия между фицином и графт-сополимером. Показано, что спектроскопия комбинационного рассеяния дает более полные представления о фрагментах макромолекул графт-сополимера, взаимодействующих с белком, по сравнению с инфракрасной спектроскопией. Установлено, что аминокислотные остатки, образующие активный центр фицина, участвуют в образовании водородных связей и гидрофобных взаимодействиях с графт-сополимером, что приводит к повышению протеолитической активности конъюгированного фермента.

Об авторах

А. В Сорокин

Воронежский государственный университет;Воронежский государственный университет инженерных технологий

Воронеж, Россия

С. С Гончарова

Воронежский государственный университет

Воронеж, Россия

М. С Лавлинская

Воронежский государственный университет;Воронежский государственный университет инженерных технологий

Воронеж, Россия

М. Г Холявка

Воронежский государственный университет;Севастопольский государственный университет

Email: holyavka@rambler.ru
Воронеж, Россия;Севастополь, Россия

Ю. Ф Зуев

Федеральный исследовательский центр "Казанский научный центр РАН"

420111 г. Казань, ул. Лобачевского д. 2/31

Д. А Файзуллин

Федеральный исследовательский центр "Казанский научный центр РАН"

420111 г. Казань, ул. Лобачевского д. 2/31

М. С Кондратьев

Воронежский государственный университет;Институт биофизики клетки РАН - обособленное подразделение ФИЦ «Пущинский научный центр биологических исследований РАН»

Воронеж, Россия;Пущино Московской области, Россия

В. Г Артюхов

Воронежский государственный университет

Воронеж, Россия

Список литературы

  1. M. Tu, X. Zheng, P. Liu, et al., Sci. Total Environ., 763, 142959 (2021).
  2. O. Vavra, J. Damborsky, and D. Bendar, Biotechnol. Adv., 60, 108009 (2022).
  3. R. Vogel and F. Siebert, Curr. Opin. Chem. Biol., 4, 518 (2000).
  4. H. Li, R. Lantz, and D. Du, Molecules, 24, 186. (2019).
  5. Yu. Ozaki, M. Baranska, I. K. Lednev, et al., Vibrational Spectroscopy in Protein Research. From Purified Proteins to Aggregates and Assemblies (Academic Press, London, San Diego, Cambridge, Oxford, 2020).
  6. S.E. Glassford, L. Govada, N.E. Chayen, et al., Vib. Spectrosc., 63, 492 (2012).
  7. S. G. Kazarian and K. L. Andrew Chan, Analyst., 138, 1940 (2013).
  8. S. E. Glassford, B. Byrne, and S. G. Kazarian, Biochim. Biophys. Acta Proteins Proteom., 1834, 2849 (2013).
  9. I. Haris and F. Severcan, J. Mol. Catal. B Enzym., 7, 207 (1999).
  10. A. Barth and Ch. Zscherp, Q. Rev. Biophys., 35, 369 (2002).
  11. D. Ami, F. Lavatelli, P. Rognoni, et al., Sci. Rep., 6, 29096 (2016).
  12. M. Holyavka, D. Faizullin, V. Koroleva, et al., Int. J. Biol. Macromol., 180, 161 (2021).
  13. C. Qu, Yu. Li, Sh. Du, et al., Food Res.Int., 161, 111805 (2022).
  14. Z. Wen, J. Pharm. Sci., 96, 2861 (2007).
  15. A. C. Hernandez-Arteaga, H. J. Ojeda-Galvdn, M. C. Rodriguez-Aranda, et al., Spectrochim. Acta A Mol. Biomol. Spectrosc., 264, 120269 (2022).
  16. A. Kheroufi, M. E. Brassesco, D. A. Campos, et al., Food Biosci., 47, 101707 (2022).
  17. R. Morellon-Sterling, H. El-Siar, O. L. Tavano, et al., Int. J. Biol. Macromol., 162, 394 (2020).
  18. V. A. Kuznetsov, A. V. Sorokin, M. S. Lavlinskaya, et al., Polym. Bull., 76, 4929 (2019).
  19. A. V. Sorokin, S. S. Olshannikova, M. S. Lavlinskaya, et al., Polymers, 14, 2279 (2022).
  20. S. S. Olshannikova, N. V. Malykhina, M. S. Lavlinskaya, et al., Polymers, 14, 3223 (2022).
  21. A. Sorokin, P. Sukhanov, V. Popov, et al., Cellulose, 29, 159 (2022).
  22. H. A. Ambjornsson, K. Schenzel, and U. Germgard, BioRes., 8, 1918 (2013).
  23. L. M. Markham, L. C. Mayne, B. S. Hudson, et al., J. Phys. Chem., 97, 10319 (1993).
  24. H. Takeuchi, Anal. Sci., 27, 1077 (2011).

© Российская академия наук, 2023

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах